但张凤翼胆小，又主张退守山海关。孙承宗对此感到不高兴，出关巡视宁远，召集众将开会，多数将领都想退守山海关，马世龙建议守中后所，袁崇焕等主张守宁远。孙承宗采用袁崇焕的主张，于是让祖大寿修建防御工事，令袁崇焕、满桂驻守宁远。
但这个胆小的张凤翼就坚决反对，一味要求退守三海关。这样一来，孙师傅认为，这个换了的张凤翼又和自己不对付了，孙承宗担心自己的权利受到限制，上书朱由校说督师和总督不能同时设立，请求将自己罢免。
这就是彻头彻尾的叫天启的板了，按照一个正常的上位者，绝对是不能容忍这样的事情发生的。但天启朱由校最终还是表现了对孙承宗这个老师的绝对信任，信任到了言听计从的地步，立刻终止总督的推选，令辽东巡抚移驻宁远。
张凤翼觉得这是置自己于死地，与万有孚等诋毁马世龙。没过多久，万有孚被蓟州巡抚岳和声弹劾，张凤翼于是称马世龙和袁崇焕陷害自己，捏造谎话欺瞒朝廷，试图阻挠出关的计划。给事中解学龙也大力陈说马世龙的罪过，孙承宗非常生气，上书给朱由校说边关的防守策略，说宁远、觉华不能放弃，并为马世龙辩解，又揭发万有孚与张凤翼等勾结的罪状。结果天启又毫不犹豫的罢免撤销了两个人。
事情其实到了这个时候，孙师傅是老而弥坚的过份了，天启依旧坚信的也过份了。但天启也从这几次事情上感觉，孙师傅似乎对权力太过迷恋了，不能容人，所以，信任依旧，但抱怨也就出来了。
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