魏忠贤不敢公然加害崇祯，暗中毒害还是有可能的。所以，崇祯在入宫当天，一夜未眠，取来宦官身上的佩剑以防身，又牢记皇嫂张皇后的告诫，不吃宫中的食物，只吃袖中私藏的麦饼。整个宫中，都处在一种非常恐怖的气氛当中。
登基之后的崇祯深知，要除去魏忠贤，必须先稳固自己的地位，并保证自己的安全。他一面像哥哥朱由校一样，优待魏忠贤和客氏，一面将信王府中的待奉宦官和宫女逐渐带到宫中，以保证自己的安全。
魏忠贤始终无法猜透崇祯的心思，他不知道新上任的皇帝，到底将如何对待他。他的策略，就是送一些美女给崇祯。崇祯不怎么好色，在当时战战兢兢的心态下，自然对美色毫无兴趣。但怕引起魏忠贤的疑心，崇祯将魏忠贤送来的4名绝色女子全部留下，但都仔细搜了身。结果发现，4名女子的裙带顶端，都系着一颗细小的药丸，宫中称为“迷魂香”，实际上是一种能自然挥发的春药。崇祯命4人将药丸毁去。
魏忠贤千方百计地想引导崇祯做一个荒淫皇帝。一计不成，另生一计，就派一个小太监坐在宫中的复壁内，手中持“迷魂香”，使室中自然氤氲着一种奇异的幽香，以达到催情的效果。这一招，同样被崇祯识破。崇祯对此大发感叹：“皇考、皇兄皆为此误矣!”
既然美色无法打动崇祯，魏忠贤干脆采用更露骨的试探方式。一些无耻的臣工们仍然不停地上书，为魏忠贤大唱颂歌。崇祯读这些奏疏的时候，总是“且阅且笑”。魏忠贤向皇帝上了一道《久抱建祠之愧疏》，向皇帝请求停止为他建造生祠。崇祯的批复不温不火：“以后各处生祠，其欲举未行者，概行停止。”这种顺水推舟之举，抑止了朝野上下对魏忠贤的崇拜，又不致引起魏忠贤的恼怒。
崇祯还不断嘉奖魏忠贤、王休乾、崔启秀等人。自然，崇祯心中明白，这一切早晚都会收回来的。他在静静地等候时机，暗中设法削弱魏忠贤的影响力。
政治斗争是非常微妙的。也许，当时朝廷中的大臣们，都在寻思保全自己的良策，有投机的，有不动声色的，有冒死直谏的。最后倒魏，竟然首先是由魏忠贤的党羽发动的。天启七年十月十三日(农历，下同)，御史杨维垣上疏弹劾崔呈秀，却美化“厂臣”魏忠贤——“呈秀毫无益于厂臣，而且若厂臣所累。盖厂臣公而呈秀私，厂臣不爱钱而呈秀贪，厂臣尚知为国为民，而呈秀惟知恃权纳贿。”这分明是丢车保帅之策。
崔呈秀在魏忠贤将门下号称“五虎”之一，是魏忠贤的得力干将。而且，由于是魏忠贤的亲信，崔呈秀的儿子崔铎虽然目不识丁，居然中了进士。除去崔呈秀，等于断了魏忠贤一臂。崇祯免除崔呈秀兵部尚书一职，令他回乡守制。这掀开了倒魏的大幕。
敏锐的官员们觉察到政治局势的动向，于是弹劾魏忠贤的奏疏接二连三地出现。崇祯一直不动声色，任由臣工们攻击魏忠贤的浪潮一波胜过一波，中间还得面对魏忠贤的哭诉。十月二十六日，海盐县贡生钱嘉征上疏，列举魏忠贤的十大罪状：一、并帝；二、蔑后；三、弄兵；四、无二祖列宗；五、克削藩封；六、无圣；七、滥爵；八、掩边功；九、伤民财；十、通关节。
应当说，钱嘉征此疏并不是空洞的议论，十条罪名大都可以坐实。于是，崇祯立即开始行动，召魏忠贤，命令太监当着魏忠贤的面宣读钱嘉征的奏疏。魏忠贤“震恐伤魄”，立即去找他的赌友——原信王府太监徐应元，讨教对策。徐应元劝魏忠贤辞去爵位，也许可以保富贵。次日，魏忠贤请求引疾辞爵，得到崇祯的允许。
十一月一日，崇祯斥责徐应元，并再次将魏忠贤贬往中都凤阳祖陵司香。然而，魏忠贤是过惯了有权有势生活的人，出京的时候，竟然还带着卫兵1000人、大车四十余辆浩浩荡荡地向南而去。一个戴罪的宦官竟然如此跋扈，无疑刺激了崇祯敏感的神经。于是，崇祯接着下了一道谕旨，命锦衣卫旗校将魏忠贤缉拿回京。
十一月六日，在阜城县(今河北阜城)南关的旅舍中，亲兵散尽的魏忠贤孤零零地呆在旅馆中，听着旁边房间里一名书生的《桂枝儿》小曲。只听得“势去时衰，零落如飘草……似这般荒凉也，真个不如死”。
魏忠贤在旅馆中绕房疾走，最后自缢而亡。从此，树倒猢狲散，清算魏忠贤余党的行动也很快着手进行。
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