高斗枢之外，朱慈烺也督促内阁和军机处，要他们抓紧时间，为高斗枢运去更多的粮草和弹药，以为冬季备战。
此次渡海作战，一共动用了五万大军，但最后真正渡海的，只有三万人，因为战事顺利，作为预备队的善柳营和精武营第四镇的两万人，最后并没有登船渡海，现在在辽南经略高斗枢的麾下，有辽东总兵官兼京营副将周遇吉的人马，精武营阎应元的第一镇，徐文朴的第三镇，登莱游击佟定方的一千骑，登莱水师郑森和天津水师施琅的一部分人马，再加上许天庞率领的降兵，一共三万余人，
其中，阎应元、佟定方和许天庞驻守金州，阎应元加为金州副将，周遇吉带领徐文朴和水师兵马守旅顺，高斗枢也驻节旅顺，统筹全局指挥。
金州旅顺的地方并不大，太多的兵马摆不开，何况大军所需都要通过海运，海路茫茫，往来装卸，并不容易，而军机处经过推演，认为两万兵马足可以坚守这两地，只不过考虑到两地新复，人心不稳，建虏又会大规模的反对，谨慎起见，最终定下了渡海的三万兵马全部留守的决定。
步军之外，朝廷改登莱水师为旅顺水师，大部分的登莱船舰都调往旅顺，郑森改为旅顺水师提督，加左都督。施琅的天津水师仍然分驻天津和秦皇岛，负责战时大规模的策应。
为了旅顺水师之事，朝廷曾经试探郑芝龙，问他可不可以调一部分船舰到旅顺，以保留登莱水师？
但郑芝龙用各种理由推脱。
虎不离穴，郑芝龙显然知道，一旦自己或者是自己的主力船舰被调离福建，即便自己儿子为水师提督，是陛下的宠臣，怕也不能完全保护自己，因此，他不肯再放走手中的船舰。
朝廷没有勉强，朱慈烺还是决定，暂时不动郑芝龙。
不过为了警醒郑芝龙，朱慈烺派已经名震天下、为贪官污吏所畏惧的佥都御史左懋第前往福建海关巡视。
……
在成功收复金州旅顺，三万大军固守，建虏暂时没有大动作的情况下，朱慈烺将目光转回了内政。
这一次大军渡海攻击，虽然顺利的取下了金州和旅顺，成功开辟了第二战场，但消耗的粮草辎重却也是相当惊人，三万大军，数万民夫，半个月的时间，就将朝廷积攒在登莱的粮草搬了一个空。这还只是一次小战，如果是大战，所需要的钱粮怕是要十数倍的增加。
战场，打的不是兵马，而是钱粮啊。
所以充实国库、筹集钱粮的难题仍然是大明朝廷所要面对的第一座大山。
----虽然去年盐税大增，外贸市舶税也有显着增加，在削减宗室待遇，遣散宫女，压缩内廷时支用之后，朝廷支出有所减少，但比起军费的巨大消耗，仍然是杯水车薪。
朱慈烺知道，到现在为止，自己的财税改革只是做了半套，在不能推行“士绅一体当差一体纳粮”所有人一律平等、一体纳税的重大国策之前，大明朝廷要想彻底财税困局，实现国富民强，几乎是不可能的，只是时事所迫，在连续实行了科举改制、摊丁入亩等一系列已经将天下读书人得罪了大半的政策后，他必须得缓一缓了，不但是给士绅们适应的时间，也是给大明这艘巨轮缓缓转舵的时间，如果转的太急，改的太暴，说不得会发生碰撞或者是倾覆的大事故。
因此，在现有改革没有彻底显出成效、人心没有稳定之前，士绅一体当差一体纳粮的大招，他还不能使出。
治大国如烹小鲜嘛。
他还需要一定的时间进行磨合和等待。
……
暂时还不能彻底大改，朱慈烺现在要做的，就是挖掘潜力了。
前番说过，大明朝的财税弊端，一个是穷苦百姓纳粮、有钱人纳凉之外，另一个就是户籍制，农户军户匠户盐户，种种条条框框，人生下来就注定一生要做什么，一点都不能逾越，这其中，军户和朝廷财税收入的关系最大，军户本来是要从军的，但因为军中待遇太低，太多辛苦，很多军户选择逃亡，而他们留下的军田就为各级军官和各地权贵之士私吞了，从嘉靖朝以来，朝廷数次严查，但每次都是雷声大雨点小，在巨大的利益结构面前，都不了了之。
孙传庭在陕西练兵时，就大力清理军屯，其结果就是只用少量的朝廷钱粮，就为朝廷练出了新兵。
隆武元年，朱慈烺刚刚登基之时，就下令清理军屯，各地也都有动作，但进展不一，陕西最快，孙传庭本来就已经清的差不多了，有了陛下的命令，就更是犁庭扫穴，不留一丝了，而进展最慢的是南直隶，直到去年年底，也不过才完成了三分之一。
不是史可法不努力，实在是南直隶牵扯太多，和京师一样，南京也有二十四卫，虽然很多都是名存实亡，但卫中的军田和军户却都是在的，更有世袭的勋贵层层把持，用各种理由推诿，清理进度十分缓慢。
今年是朝廷四年期限的最后一年，无论如何，南直隶军屯都必须在今年清理完毕，不然史可法这个南京兵部尚书肯定就做不下去了，而南京利益集团对清屯的阳奉阴违、明着配合，暗里捣乱的顽固，也到了最后阶段，偏偏今年又叠加了一个“摊丁入亩”，这对士绅云集，大商大贾众多的南直隶是一个相当大的冲击，很多士绅不满，在南京户部门前或者是都察院聚集抗议，递请愿书，南京户部尚书高宏图虽然尽力解释，但南京士绅对于摊丁入亩仍然很有大的怨言，私下里，有人鼓动要罢市、罢交。
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