历尽千难万险，兵败后绕道潜行二千余里，九死一生，终于回到了浙江沿海地区。
此后，他“收集旧部”，准备东山再起。
郑成功得到张煌言生还的消息后，也将自己的部分兵力拨归他统辖，致使义军稍有壮大。
张煌言将义军屯驻长亭乡，“筑塘扞潮，辟田以赡军”需军饷。
同时，张煌言又派遣使者向桂王禀告自己兵败的消息。
桂王得悉后，在敕书中表示安抚慰问的同时，又给他“加兵部尚书”的职衔。
顺治十八年（永历十五年、1661年）清廷为了肃清东南沿海地区的抗清势力，颁布了“迁海令”，“廷议徙海上居民”，以断绝对义军的粮饷“接济”。
义军“无所得饷”，只得“开屯南田自给”。
当郑成功率军东征，从荷兰殖民者手中收复台湾时，张煌言不理解此举的重大战略意义与价值，曾写信给郑成功，“移书阻之”。
不久，清军直下云南，终使南明永历政权覆亡。
逢此危急之际，张煌言“遣其客罗纶入台湾”，催促郑成功出兵闽南，一方面支持东南沿海人民反对“迁海令”的斗争。
另一方面也可牵制清军，以解永历政权之危。
但郑成功“以台湾方定，不能行”为由，加以拒绝。
于是，张煌言只得又遣使者到湖北的郧阳山中，去说服“十三家兵”出战。
“十三家兵”原为李自成起义军的余部，由郝永忠、刘体纯等部将率领。
他们以夔东茅麓山为根据地，坚持抗清斗争。
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