于是熊廷弼把自己所领的两千兵马交由王化贞来殿后，并且把全部随军的辎重都放火烧了，以便封堵道路、迟滞建奴大军的行动。
正月二十六日，熊廷弼护送辽东各地难民推入了山海关内，王化贞也随后进入山海关。
努尔哈赤在广宁城内正考虑接下来进攻何处之时，接到了斥候的急报，得知熊廷弼和王化贞已经退入了山海关，不由大喜过望，立即下令八旗大军分兵攻占辽西各地。
在接下来几个月的时间里，建奴大军接连攻陷义州、平阳桥、西兴堡、锦州、铁场、大凌河、锦安、右屯卫、团山、镇宁、镇远、镇安、镇静、镇边、大清堡、大康堡、镇武堡、壮镇堡、闾阳驿、十三山驿、凌河、松山、杏山、牵马岭、戚家堡、正安、锦昌、安、镇彝、大静、大宁、大平、大安、大定、大茂、大胜、大镇、大福、大兴、盘山驿、鄂拓堡、白土厂、塔山堡、安堡、双台堡等四十余座城堡。
在此之后，努尔哈赤为了避免辽西的百姓仇视大金，给八旗勇士造成不必要的伤亡，下令把辽河以西的百姓全部强行驱赶到辽河以东，分成三万人一批尽行惨绝人寰的屠戳，整个辽河一带顿时成为了人间地狱，共有数十万无辜百姓被建奴集体屠杀，昔日繁花似锦的辽河以西顷刻之间成为了一片毫无人烟的蛮荒之地。
广宁之战的结果传回朝廷之后，顿时引得满朝武惊骇不已。广宁城失守不仅仅是丢了一座城池，而是意味着大明彻底失去了整个辽东。启帝闻讯之后极为震怒，立即下旨将熊廷弼和王化贞抓捕回京下狱。
两年之后，熊廷弼以"失陷广宁罪"遭处死弃盛传首九边，虽然刘云威和魏忠贤为熊廷弼百般维护，但依旧没有挽回熊廷弼的生命。而王化贞也没有得到好下场，在数年之后被朝廷处死。当然这些都是后话了。
启帝和魏忠贤、黄嘉善商议由何人出任辽东经略一职，魏忠贤和黄嘉善先是举荐了宣府巡抚解经邦为兵部右侍郎兼都察院右佥都御史经略，但是解经邦惧怕建奴兵威，于是三次疏力辞重任，最后被启帝下旨革职为民、永不叙用。
之后，黄嘉善又举荐王在晋经略辽东，但是王在晋也是推辞不已，而启帝却是不准，下旨令其"刻期道"，王在晋无奈之下只好前往山海关职。
赶到山海关的王在晋面对辽东局势，给朝廷书道：“辽事离披，一坏于清、抚，再坏于开、铁，三坏于辽、沈，四坏于广宁。初坏为危局，再坏为败局，三坏为残局，至于四坏--捐弃全辽，则无局之可布矣!逐步退缩之于山海，此后再无一步可退。”于是，王在晋建议朝廷固守山海关，以便遏制建奴的攻势，争取时间积蓄力量。
在考察了山海关之后，王在晋建议在山海关外八里铺修重城，以加强山海关的守卫力量。但是，王在晋此议遭到了宁前兵备佥事袁崇焕、主事沈棨等饶极力反对，双方爆发了激烈的争论，甚至争论引起了启帝和内阁首辅叶向高的关注。
最终，在启帝的干涉下，大学士管兵部事孙承宗自请行边，亲赴山海关查勘地形情况。启帝闻言大喜，特加孙承宗为太子太保，赐蟒玉、银币以示隆礼。孙承宗在仔细考察一番之后回到京城，面奏启帝道：“王在晋不足任，笔舌更自迅利，然沉雄博大之未能。"
启帝闻言震怒不已，于是改任王在晋为南京兵部尚书。孙承宗见辽东形势危急便自请督师，启帝当即准许，任命孙承宗为辽东经略。！
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