这个时候朱由检最大的威胁并不是来自朝廷内部的，而是来自于朝廷外部的。
崇祯初年最大的难题是收复被后金占据的辽东地区。
朱由检将这一重任交给了曾在天启末年相继取得宁远大捷和宁锦大捷的原任辽东巡抚袁崇焕。
袁崇焕此前因私下议和与不救锦州而被弹劾，不得已辞职返乡。
可是最终朱由检还是力排众议，重新启用袁崇焕。
朱由检以袁崇焕取代王之臣，任兵部尚书兼右副都御史、督师蓟、辽、登、莱、天津等处军务。
面对朱由检的信任，袁崇焕也没有含糊。
直接在朱由检面前表态‘五年复辽’，在五年之内就收复辽东地区。
朱由检听了之后大喜过望，让所有衙门给予袁崇焕特事特办，给予其最大的方便。
并且赐予袁崇焕尚方宝剑，遇到特殊情况可以先斩后奏。
袁崇焕到任后，整顿防务，委任祖大寿守锦州、何可纲守宁远、赵率教守山海关。
对外联络明朝藩属哈剌慎朵颜三十六家、，开市给赏，加以安抚。
崇祯二年六月初五日，袁崇焕以先斩后奏的方式杀东江总兵毛文龙于双岛，接着上疏请罪。
朱由检起初得知毛文龙被杀，感到十分震惊。
单就从品级这一条上说，大明律有规定：“凡京官、及在外五品以上官有犯、奏闻请旨、不许擅问。”
毛文龙被斩时的官位是钦差平辽便宜行事总兵官征虏前将军左军都督。
其中的“钦差平辽边宜行事总兵官”属于“使职差遣”，即临时派遣的职务；“征虏前将军”、“左军都督”才是官位。征虏前将军不常设，左军都督是职事官。
即毛文龙真正的官位为五军都督府的左都督，为正一品。
从这一点上说，就算毛文龙真有过错，袁崇焕也只能是“奏闻请旨”、“不许擅问”。
即便袁崇焕手握崇祯赐予的尚方宝剑，但是面对毛文龙这样的重臣，也应该提前知回朝廷。
毕竟，尚方宝剑更多的只是一种象征，而不是真的先斩后奏。
朱由检虽然对袁崇焕擅杀毛文龙的事情感到震惊，但是人已经死了，他也没有办法了。
辽东地区还是要收复的，此刻也正值用人之际。
况且朱由检还天真的对袁崇焕的‘五年复辽’计划有所期待。
所以对于袁崇焕擅杀毛文龙这件事情就没有怎么追究，也没有怎么责备。
崇祯二年十月下旬，后金大汗皇太极在西征蒙古途中决定掉头攻打明朝。
兵分三路突破大安口等处长城关隘，山海关总兵赵率教战死于遵化。
袁崇焕率关宁军从宁远回防蓟州镇，亦堵截失败。
后金军于十一月二十日兵临北京城下，是为己巳之变。
袁崇焕率军救援北京，在广渠门外与后金军激战，迫使后金军退却。
可就是这次金军的直逼北京城，也让朱由检对袁崇焕起了疑心。
大金军队浩浩荡荡直接从蓟州而过，袁崇焕居然视若无睹，就这样让大金的军队兵临北京城下。
而这样的情况一共出现了两次。
并且朱由检还听说了袁崇焕私自和后金议和的消息，这让朱由检彻底失去了对袁崇焕的信任。
袁崇焕擅杀毛文龙后，毛文龙的手下耿精忠、尚可喜带着兵马投降后金。
没有了皮岛在后方的威胁，后金彻底没有了后顾之忧，而大明这边则更加被动了起来。
造成这个局面，都被归咎于是袁崇焕擅杀毛文龙，导致军心不稳。
在加上之前袁崇焕私下议和，后金军队两次平安无事绕过蓟州兵临北京城下。
朱由检便已经对袁崇焕动了心思。
崇祯三年八月，朱由检以谋反大逆罪将袁崇焕凌迟处死。
此时正值辽东战事胶着的关键时刻，但是主帅袁崇焕却被凌迟处死。
辽东的局面越加恶化，大明朝廷彻底陷入了颓败的局面。
另一边，因为小冰河期进入比较严重的阶段。
引发灾荒频繁、粮食歉收，西北和中原受灾尤甚。
而田赋加派依然不减，甚至是越是饥荒而赋税越是繁重。
再这样的局面之下，社会矛盾彻底激化。
遭受大旱的陕西澄城爆发王二起义，他们杀死知县、啸聚山林，拉开明末农民战争的序幕。
因为朝廷没钱、没粮，所以也开始削减了开支，开始裁撤一些衙门和衙役。
首当其冲的便是各地的驿卒。
陕西各地走投无路、已经饿的受不了的农民与边镇逃兵与被裁撤的驿卒等合流，纷纷揭竿而起。
这些起义者各自为战、流动性强。
有了这些人的带头，各地饱受压迫的百姓们也纷纷响应。
一时间，大明朝各地都或多或少的发生了各种暴动或者起义。
这些起义军里面就有一个被裁撤的驿卒，他叫做李自成。
内有农民暴动起义，外有后金虎视眈眈、侵扰边关。
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