对于着火的南京户部衙门，林良珺第一时间组织扑救，但是依然烧了半个笔架阁，南京户部一半档案付之一炬。
其他部分的官吏就没有高拱这么忠于大明，不少衙门的官吏直接封存了档案，官员站在衙门口“喜迎王师”。
甚至看守南京旧宫的太监，都打开了宫门，等待“王师”接收。
临淮侯李廷竹也知道大势已去，他带领亲兵返回侯府，本来想要护送家人离开南京城。
只不过临淮侯府也是重点目标，临淮侯府直接被林良珺派遣的小队包围，李廷竹抵抗了一阵，就被手下绑了开府门投降。
进入到火器时代之后，在对方取得绝对优势之后，在候府这种建筑物内固守已经成了一种徒劳的抵抗。
李廷竹被抓，南京城内那些军头都害怕被东南新军清算，纷纷想要带领部下北上。
别看这些军头平日里吃兵血腐化堕落，可是他们是世代军门，自然知道如今天下已经大乱，乱世之中最值钱的就兵马。
这些军头试图将士兵带出去，只要自己手上有兵，那么返回大明朝廷也不会受到惩罚，又或者可以拿着这些兵马和苏泽讨价还价，再或者还可以带着这些兵马落草为寇，割据一方。
只可惜他们的如意算盘打的很好，却忘记了自己平日里如何欺压士兵的。
很多军头带着人还没出城，就直接被士兵捆了，直接送到了东南新军这边。
还有的平日里民怨比较大的，将士兵当做奴隶的军官，更是直接被愤怒的士兵冲上去砍死，成了南京城内一具无人认领的尸体。
也幸亏第二旅和第三旅的参谋们，根据南京的城防地图，很仔细的推敲了接管南京的方案，但就是这样，也闹出了不少乱子，出现了各种各样的情况。
林良珺和林德阳分别让军法官的人在街头巡逻，又抓了几个不守军纪的士兵，这才算是初步恢复了秩序。
关押甄别投诚官员和士兵，处理战场，清理南京城内的尸体，维持治安，控制各部衙门，等到三月二十日的，南京城终于安定下来。
三月二十日，李时珍从苏州府带领学徒五十人进入南京城。
林良珺干脆直接将南京城中央的旧宫，也就是明故宫拿出来，交给李时珍来做医院。
李时珍倒是也没顾这些，他带着学徒立刻对南京城内的疫病情况进行调查，迅速扑灭了几次小型瘟疫。
接着，李时珍巨大的号召力，让整个南京城懂得医术的人都来皇宫报道，对于战争中受伤的士兵和市民也开放了义诊。
至于东南新军，这一次整个东南新军进攻南京的战役中，仅仅阵亡三人，伤五百人。
这伤亡的士兵，没有一个人是在攻城的时候受伤的，全部都是维持治安的战斗中伤亡的。
三月二十一日，已经被各种民政事务忙的焦头烂额的林良珺，终于等来了救星。
“徐参赞！”
看到徐渭的长胡子，林良珺立刻惊喜的说道：“您怎么来南京了？大都督来了吗？”
徐渭摇头说道：“大都督在上海等你们呢，大都督派我来，接任南京城的军务民政。”
听到徐渭这么说，林良珺立刻大喜过望说道：“终于把您盼来了！大都督能派您来太好了！我这就就交接，然后立刻去上海！”
徐渭说道：“传大都督军令。”
林良珺立刻站直身体，徐渭拿出文件说道：
“第二旅，第三旅攻克南京，所有士兵嘉奖银元五枚，各级军官多奖励银元五枚。官兵皆受旌表，银元已经运到南京立刻发放，旌表等战后再发放。”
“第二旅，第三旅各级军官叙功一份，每个连队推荐一名战斗英雄，参加下一轮军校进修。”
“从第二旅和第三旅中各抽调一千人，组成南京卫戍第五旅的骨干，由徐渭在南京招募第五旅士兵。”
“允许第二旅在南京补充吸收兵员三千人，第三旅在南京补充吸收兵员三千人。”
“接到命令开始，休整三日，第二旅，第三轮所部向上海开拔。”
林良珺立刻喜滋滋的接过军令。
紧接着徐渭又拿出另外一份政令。
“大都督府政令。”
“任命徐渭为南直隶巡抚，接管南京城防务和政务。”
林良珺仿佛解脱了一般，立刻将南京城内所有的政务都移交给了徐渭。
他自己则忙着整编士兵，另外还要和第三旅的林德阳抢夺兵源。
虽然在刚刚的攻打南京作战中，两个旅配合默契。
但是此时两个旅已经是竞争关系，主要是这扩军的兵源，好的士兵自然是大家都要抢。
双方争抢的，就是高拱训练的一千南京新军。
两人都从熊况那边拿到了新军军官的名单，然后开始了疯狂的抢人大战。
高务观这种，有起义功劳，本人又是新军中尖子生的，自然被双方轮流招揽。
最后高务观还是带领部下加入了第二旅，林良珺立刻任命他为参谋，并且许诺一定会让他去军校进修。
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