万历时期，诤谏之风进一步发展，消极因素增多，并由量变到质变，正义的外表下隐藏着各种争权夺利的算计。
时人对此己有明确的认识。礼部尚书的于慎行：“近世士大夫以气节相高，不恤生死，往往视廷杖戍谴为登仙之路。一遭斥谪，意气扬扬，目上趾高，傲视一世，正所谓意气有加也”。这反映了诤谏的名节动机。人们看重名节胜过一切，把受廷杖、流放视为登仙之路。既使被罢免，也神气十足。大学士许国也愤慨地：“迩来建言成风，可要名，可躐秩，又可掩过，故人竞趋之为捷径，此风既成，莫可救止。”这反映的是诤谏的功利动机。可获得清名，又可以升官，还可以诿过，一箭多雕。
对此万历也心知肚明，他斥责群臣只会拿道消息对他吹毛求疵，“每每归过于上，市恩取誉。辄屡借风闻之语，讪上要直”，对于真正的问题却视而不见，“鬻货欺君，嗜利不轨，汝等何独无言，好生可恶”，并一语揭穿了他们的真实目的是“每每搜扬君过，沽名速迁为？”但言官们依然我行我素，万历也拿他们没有办法，面对言官群狼式的围攻，暴风雨式的批判漫骂，只好采取鸵鸟政策，对类似的奏折，他“此不过欲沽名尔，若重处之，适以成其名”，于是“卷而封之”，这就是万历“不批”的由来。
万历所谓的“风闻之语”指得是立太子的问题。这是明代历史上继“大礼议”之争后又一个着名大论战，即“国本之争”。
明代皇位继承制度健全，像正德这样即无子嗣又无兄弟的情况都没有出现继位问题。万历朝怎么会出问题呢？据是因为万历不喜欢他的长子朱常洛，而想立他所宠爱的郑贵妃之子朱常洵为太子。
万历不喜欢朱常洛母子，因为他们与一桩丑事联系在一起。万历九年（1581年）的一，万历皇帝像以往一样来到了慈圣太后的住处慈宁宫准备向他的母后请安，不巧的是圣皇太后因事不在慈宁宫郑慈宁宫的一名年仅17岁宫女王氏向19岁的万历献茶，万历见这位宫女端庄秀美、姿色宜人一时冲动宠幸了她。明朝崇尚儒家道德思想，讲究礼义廉耻。此事时间、地点、人物、事件等方面完全不符合儒家伦理道德，对于饱读圣贤之书的万历来，这无疑是一件失礼且令人感到羞愧的事，在他内心肯定不想让人知道这件事。没想到王氏十分不给面子，竟然朱胎暗结，怀了龙种，将皇帝这点隐私暴露在大庭广众之下，令他十分难堪。
万历的生母慈圣皇太后一直期待着皇长孙的诞生，对于这次兔子吃窝边草的事件不仅不见怪，还十分欣喜，1582年6月，她要求万历承认此事，并封宫女王氏为恭妃，万历本想抵赖，于是太后拿出了太监所记内起居注，他只好承认。同年8月，被册封升级的王恭妃不负众望的产下了一个男婴，万历却一点也高兴不起来。
相比之下，朱常洵的诞生则是真正爱情的结晶。公元1582年3月年仅14岁郑氏被选入宫被册封为淑嫔，在以后的两年里郑氏依靠她的美貌、聪明和丰富的文学、诗词的各方面的良好修养征服了皇帝，不久就被封为德妃，万历与郑氏的感情是真正的爱情。万历十四年（1586年）郑氏为万历皇帝产下了他们的爱子朱常洵，万历大喜过望，打算晋封郑德妃为地位仅次于皇后的皇贵妃，而对于先前已为万历产下长子的恭妃王氏却没有得到这样的待遇。
按皇上晋封妃子和立太子没有什么关系，皇上喜欢哪个老婆纯属私事。但此时宫中盛传万历欲立与郑贵妃之子朱常洵为太子，并写有信物交郑贵妃保存。
按照明代“立嫡、无嫡立长、兄终弟极”的继位制度。朱常洵是没有机会超过他的哥哥朱常洛的，然而，一旦皇后去世，郑贵妃可以升为皇后，这样按照有嫡立嫡的法则，就可以名正言顺地立朱常洵为太子。
国嘴们相信万历晋封郑德妃是为朱常洵接班辅路搭桥。于是纷纷上疏指责皇帝专宠郑贵妃，要求按照理论和习惯应当先晋封产下皇长子朱常洛的生母恭妃王氏为皇贵妃，也有人直接要求“册立东宫”。对于言官的指责，万历十分生气，他册封贵妃与立储没有关系，大臣不该把这两件事联系起来指责他（册封贵妃，初非为东宫起见，科臣奈何讪朕）。
当时朱常洵才四岁，皇后还年轻，还有生子的可能，万历认为“元子婴弱，少俟二、三年举校”并非毫无道理。
东林党在万历末期式微后，暗中结交太子朱常洛，把希望寄托在太子身上，万历四十八年七月二十一日，万历驾崩，改朝换代给东林党带来了新的希望。
在万历病重期间，东林党人给事中杨涟，御史左光斗担心皇位继承出问题，比太子还心急，多次催促首辅方从哲入宫打听消息，甚至要求方从哲夜宿内阁以防变故。
过了两，方从哲带廷臣到皇宫问候，此时万历病情危重，太子在宫门外俳徊，没有被召见。杨涟、左光斗见此情景，担心有变，派人传话给太子的亲信太监王安，争取让太子进宫侍候皇上，以防不测。太子见杨涟等人如此维护自己，非常感动。不久，万历去世，遗诏宣布传位太子朱常洛。
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