拓跋焘为了摆脱被刘宋和柔然南北夹击的被动局面，以及雪洗云中被围的耻辱，决心先倾全力彻底干掉柔然。429年四月，拓跋焘亲自率军越过大漠，进攻柔然王庭，最终大获成功，缴获军马无数，前后三十多万柔然军民投降了北魏。
但是柔然并未被灭亡，此后经过三十多年的蛰伏发展，又逐渐恢复了元气，开始再次频频侵扰北魏及边境诸国，460年吞并高昌，470年进攻于阗，472年进攻敦煌。北魏一看这个刺头邻居又开始不安生了，需要再次修理一下，于是又先后九次出兵征讨。柔然招架不住，只好主动服软，派人过来跟北魏说总打仗多不好玩啊，要不咱们和个亲，还是当好邻居吧。当时北魏孝文帝拓跋宏刚即位，冯太后代为执政。当时保持政局稳定更加重要，既然柔然主动上门认错，就同意了和亲请求，之后北方维持了一段时间的和平。
在同柔然的战斗中，北方六镇作为前线基地，曾经发挥过重要作用。但当柔然势力变弱，边患压力减少的时候，六镇的重要性也开始逐渐下降。
494年，孝文帝拓跋宏决定将首都由平城迁到洛阳。这次迁都在客观上巩固了北魏政权的统治，但对六镇而言却不是好消息，因为这意味着六镇从此失去了拱卫京师的战略地位。
此外，北魏政府开始推行全面的汉化改革，推行汉语汉服汉姓，史称太和改革。
太和改革体现了中华文明强大的同化能力，促进了北朝各族人民的融合，也使得北魏国力迅速增强。但北魏在汉化的时候，不管精华还是糟粕全盘接收，典型的问题就是实施了门阀化，高门子弟以门第入仕，而六镇军民无论立了多大的战功，总是被排斥在门阀以外，失去了上升通道。镇民原来的特权也逐步被取消，社会身份大幅下降。后来朝廷甚至将罪犯发配过去当兵，六镇已形同流放之地。
同时，由于没有战事，政府的物资供给也越来越少，镇将们失去了原来的聚财通道，开始转向内部盘剥压迫。镇民同镇将之间的矛盾日趋激化，对于北魏朝廷的反感情绪也在不断累积。
可以说，在诸多因素的影响下，六镇已经逐渐变成了火药桶，如果不对镇民的愤懑情绪进行有效疏导，随时可能爆炸。
可惜朝廷并没有意识到这一点，直到去年的饥荒成为引爆的导火索。
简单来说，六镇之乱的根本原因就源自镇民在政治和经济上巨大的身份落差，看不到生活的希望，加之饥荒，不得不反。可惜现在大乱已成，临时再改已经来不及了。眼下叛军的气势正盛，而官军这边则是连战连败士气极其低落，这种情况下想打胜仗基本上是没可能的。
元渊跟于谨商量了一下，都觉得云中虽然地势险要，但毕竟处于长城以北，后勤保障非常吃力，如果被叛军包围就麻烦了。因此最好暂时先退回到长城以内，派精兵守住各处要塞，阻止叛军进一步发展。按兵法来说，就是先立于不败之地，然后静待时机。
元渊跟领导李崇汇报了一下自己的想法，李崇表示同意，但他认为云中是战略要地，不能就这样轻易送给叛军，还是要留人镇守，于是他任命辅国将军费穆为朔州刺史，留一部分部队驻守云中，李崇和元渊则引兵退回到平城（今山西省大同市）。
到平城之后，元渊在于谨的协助下，积极筹划，练兵布防，各项工作做的颇为出色。李崇很欣赏这位后起之秀，加之本人的确年老体衰，精力不济了，所以多次跟朝廷申请将平叛工作交给元渊，自己退居二线，奈何朝廷那边就是不准。
李崇实在无奈，便同元渊商量了一个办法。李崇曾经推荐一位国子博士祖莹作为军中长史。祖莹出身范阳祖氏，也是名门之后，跟祖逖、祖冲之同属一族，他自身的文学造诣也很高，三字经中“莹八岁，能咏诗”说的就是他。这位祖博士虽然才华出众，但有个小毛病，就是行为不甚检点，喜欢贪小便宜。当年在冀州镇东府做长史的时候，就曾经因为贪污受贿被政府除名。这次协助李崇北伐，又有多次虚报战功和贪污军需物质的行为。
于是李崇跟元渊说，现在是你们年轻人的时代，广阳王你资格能力都够，已经可以独立统领大军了。我年纪大了，希望能回去颐养天年，不想挂在边疆塞外。这样吧，你去参祖莹一本，顺便说我几句坏话，比如用人不当啥的，这样我就可以回去了。北边平叛的重任就交给你吧。
元渊本就希望能摆脱各种掣肘，有更大的发挥空间，而且祖莹的确也有问题，不适合再留在军中。既然领导都这么说了，元渊就做个顺水人情，向朝廷参了祖莹一本。结果效果刚刚好，祖莹再次获罪除名，李崇也被免职召回朝廷。
李崇走后，元渊终于得偿所愿，独自统领北伐大军，全权负责北方六镇的平叛工作。
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【备注】关于元渊的名字：后世因避唐高祖李渊的讳，很多文献将元渊改名元深。本书使用原名。
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