在前往下个道馆旅行的小智一行人，现在在一处茂盛的大草原上享用午餐，这个时候来了一个不速之客。
“那边的少年，你是神奇宝贝训练家吧”这时候出现了一位穿着红色衣服的女生，她的伙伴是一只长尾怪手。
“我是小智，是一位神奇宝贝训练家”
“我叫做小刚，小姐请问你的名字是”小刚看到美丽的大姐姐，瞬间冲了过去，简直和瞬间移动一样，一眨眼就出现在女生的面前。
“我叫做小凌，能请你和我做一场对决吗”女生做了自我介绍后，并向小智提出了请求。
“当然”小智从来不逃避对战，欣然同意了。
“小锯鳄决定是你了”“布鲁皇上吧”
结果很明显，小智用了三只神奇宝贝打败了小凌的六只神奇宝贝（就是成都御三家）
“没想到你这么强，我完全败了，我还要继续加油”比赛结束后大家一起坐下吃午餐。
“还好了，都是大家努力的结果”小智看着自己的神奇宝贝在吃着饭，脸上不自觉的露出了高兴的笑容。
“对了，小凌，你知道这附近哪里有神奇宝贝中心吗”小刚随后问道，要恢复体力还是去神奇宝贝中心比较好，而且还可以给神奇宝贝们做一下全身检查，防止有隐患，当然还有去就是看看那里的乔伊小姐。
“靠近这里最近的神奇宝贝中心就是穿过这片森林后方的绿色草原镇”
“绿色草原镇，听起来好漂亮，让人有一种休闲舒适的感觉，那里可是城都地区女生最想去的地方啊”小霞听了小凌的话说道，而小智一听绿色草原这几个字，心头瞬间就有结晶塔的帝王，未知图腾和炎帝这几个信息，没想到已经走到这里了。
“我也正要去那里呢”原来小凌也要去那里，于是几人吃过午饭，就结伴向绿色草原走去。
“绿色草原是一个绿意盎然的和平之地，那里吹拂的微风，可以安抚人和神奇宝贝的心灵，我很早之前就想要去看一看”走在路上，小霞对于绿色草原非常期待，不过话说小霞，你想去的不是大海吗？
“女生最想去的地方，那里肯定会有许多的美眉，嘿嘿嘿…”小刚看起来很猥琐，他对那里的大姐姐们很期待。
“这里真的好美呀”走出森林，就看到遍地都是不同颜色的花朵，一直想接下来事情的小智都不由放松了心情，一阵微风拂过，带来阵阵花香，让人沉醉其中。
“越过那个土丘，就可以看到绿色草原了”又走了一小段路，小凌指着前方微微凸起的小土丘对小智他们说道。
“是吗？那就快点去看看吧”四人激动的向前方冲去。
“这是什么”本来满怀希望可以看到美丽的草原，可是映入眼帘的却是另一番景象，却是一座直耸云霄的结晶塔，结晶呈辐射状向四周延伸，没有艳丽的花朵，没有碧绿的小草，更没有悠闲生活的神奇宝贝们，只剩一大片蔓延的结晶，而且还在向外延伸，就在他们的眼前绿地就消失了，变成了结晶地，小霞看到后非常不相信，这到底是怎么回事。
“君莎小姐”而这时，小刚看到君莎小姐从他们后面的一条大路上疾驰而过，并没有停留，而后又有一辆车过来了，是电视台的，他们通过电视报道向全世界展现这里的问题。
“我们先去神奇宝贝中心”在这里也得不到什么有用的信息，所以小智建议说，随后几人就来到神奇宝贝中心，这里还没有被结晶波及。
“好多的专家学者都抵达了这里”到了神奇宝贝中心为神奇宝贝恢复体力后，电视台的报道也来到了这里，随着主持人的话就看到了一辆汽车。
“大木博士”走下车的是大木博士，小智当然要上去打招呼了，随后小智又看到自己的妈妈从车上走了下来，在这里可以看到妈妈，小智非常的高兴“妈妈”。
“小智，你们也在这里啊”花子很高兴可以碰到小智，直接跑过去抱住小智，“你这孩子，又瘦了看来又不爱惜自己了”
“对不起，妈妈”小智也紧紧抱住妈妈，原本自己想说的话被花子这样一抱，全都抛到脑后了。
通过和妈妈的聊天，大家也知道了那座房子是秀力博士的家，秀力博士是大木博士的学生，到过真新镇好几次，而且还指导过小智妈妈的学习，所以他们关系很好，小智妈妈随后拿出一张照片，上面是大木博士、小智及妈妈和秀力博士一家，因为从秀力博士助手那里知道了秀力博士失踪，所以小智妈妈对秀力博士的女儿小米非常担心。
聊着聊着，小智突然脸色一变，严肃的看着结晶塔的方向，他发现一个模糊的波导高速朝这边移动。
“小智，有情况”就在这时皮卡丘也朝着结晶塔的方向叫了起来。
“怎么了”小霞好奇的问。
“有东西过来了”小智看到远处有一个不断跳跃前进的身影，开始严肃起来。
“这是什么神奇宝贝，还是第一次见到”一眨眼的功夫，那只神奇宝贝就来到了眼前，而且它的脚下开始结晶。
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