最终由于资金非常的紧张，麦哲伦就只能购买了五艘破旧不堪的船只，最大的载重量只有一百二十吨，最少的仅仅只有七十五吨。这些航船是很难经受住大风浪的考验，所以麦哲伦现在要使用这些船出海进行环球航行前，人们知道了麦哲伦的计划之后，认为麦哲伦他买的这些船，简直就是漂浮的棺材！尽管人们真的还把这漂浮的棺材这句话告诉了麦哲伦，但这些并没有破坏麦哲伦的计划，看来他真的是意志非常的坚定。
至此，最终麦哲伦就是开着这五艘帆船，还有和来自九个国家的近二百七十多名水手组成的探险船队，于一五一九年的九月二十日，从西班牙塞利亚港出发，向西驶入大西洋。六天之后就到达了达特内里费岛，稍微做了一些休整，十月三日就继续向巴西远航，途中在几内亚海岸依靠，终于在十一月二十九日，驶抵圣奥古斯丁角西南方二十七里格处，里格是一种长度单位。之后船队继续向南，次年的三月到达了阿根廷南部的圣朱利安港。这个时候的自然条件对航行极为的不利，寒冷至极的天气导致缺衣少食的船员们开始怀疑他们此行的价值，人心是极为的不稳，最终这就发生了三名船长叛乱的事件。麦哲伦凭借着他非常卓越的领导才能，非常果断的就平息了这次的叛乱，就是将三名船长全部处死了！至此船队在圣朱利安港一直待到这一年的八月份，为的就是等待气候的好转。
根据麦哲伦他自己写下的航海日志，船队于一五二零年的八月二十四日，这就离开了圣朱利安港然后南下，十月二十一日绕过了维尔京角，进入了智利南端的一道海峡，在我们今天的时代中，我们把这道海峡叫麦哲伦海峡。麦哲伦海峡这个时候水流湍急，所以麦哲伦和他的船队们只能小心翼翼地探索着前进，一点点也不敢马虎，毕竟他们可是行驶着五艘漂浮的棺材呢，这起是开玩笑的？所以最终这处麦哲伦海峡，麦哲伦他自己也因为小心翼翼，最终经过了二十多天，他们才完全驶出该海峡，更为离谱的是，最终只剩三艘船出了海峡，其中两艘船沉没了。
到了十月二十八日，麦哲伦等人出了海峡西口，然后进入了南面的海域，有趣的是在这片海域的一百一十多天的航行中，竟然没有遇到过巨浪，故而麦哲伦和他的船员们，将这片海域称呼为太平洋。但由于麦哲伦他们在太平洋进行了长时间的暴晒，船上的柏油都融化了，而且饮用水也蒸发殆尽，甚至船上储存的食物也早就变质，更是都生了蛆虫。船员们无奈之下，只得以牛皮绳或者是船舱中的老鼠充饥，就是吃牛皮绳和船舱里面的老鼠。从这里我们也就不难看出，目前的艰难和困苦可见一斑，但是好像最为危险的时刻还没有到来呢。
因为船上出现了这些我们以上讨论到的状况，所以这就是经过了非常严重的减员，其实就是这些船员们死了，说好听一点就是减员，甚至说就是把用处不大的人杀了，嫌弃他们吃牛皮绳和老鼠，这些老鼠和牛皮绳给有用的人吃不好吗？所以最终就经过了大规模的减员，船队这才到达了关岛。在这里船员们这才获得了梦寐以求的新鲜食物，他们此刻感觉他们就像到了天堂中一般。所以他们就停了下来，然后进行了一段时间的休整以恢复体力，之后他们就继续向西航行，到达了菲律宾群岛。
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