不过我们要注意的是，这个依然是有限的自由，并不是说旧教会彻底承认了新教的存在，毕竟这里面牵扯着利益关系，甚至还牵扯着权力乃至最为严重的仇恨呢。所以到了一五七二年的八月二十三日，吉斯公爵之子亨利趁着胡格诺派的重要人物聚集巴黎庆祝其领袖亨利婚礼之机，以巴黎各个教堂的钟声为信号，率军对胡格诺教派进行突然的袭击，可见这种复杂的利益，政治、权力、乃至最后仇恨等等的因素导致，这种事情根本没有更好的办法进行解决，只能以一方彻底从地球上消失才能停止一样。
故此这次他们杀死了胡格诺教徒两千多人。但犹豫二十四日正值圣巴托罗缪节，因此这一血腥的夜晚在我们人类的历史上，是被称呼为：圣巴托罗缪之夜。这次旧教派对新教派的屠杀之后，胡格诺派认识到他们根本无法解决这种矛盾，只能以更强大的武力让对方彻底从地球上消失才能行通，故此他们决定和旧教派彻底分家，然后在法国的南部和西南部组成了联邦共和国，这就证明新教派决定以新的国家名义彻底屠灭旧教派的存在。于是在一五七五年发动了全面的起义，很快就席卷了法国南部的大部分地区。
从这里我们也不难看出，这种情况就是法国分裂了，严重的分裂，说这是一个国家已经不太合适，故此这已经像是从一个国家中分裂出来的两个小国家之间的战争，虽然这种战争死掉的人也是原本的法国人，但这些都不是那么重要了，因为只有最后胜利的一方才能作为王者说他是正确的，输掉的一方，必然是错误的，是荒谬的。
在这种巨大的分裂危机之下，一五七六年的五月，法王亨利三世签署：博利厄赦令。因为法王明白他们不这样做，这么做就是真正的大规模的战争，这个后果简直不堪设想，故此法王承认了新教在法国的一切城市里都有了举行仪式的自由。但旧教会的天主教对此强烈的不满，因为这就是法王承认新教会的合法性，这对于旧教会来说，新仇旧恨更是让他们天主教的任何人无法进行接受。
所以天主教的吉斯公爵亨利立刻就成立了天主教神圣同盟，这就预示着两大教派之间的战争又起。到了一五七七年的九月，新教的军队再次战败，所以战败的胡格诺派为了先保住他们教会，这就与天主教缔结了：贝日拉克和约。就是导致使博利厄赦令中给予信教的自由权利又再次受到了限制。
不过这种事情肯定不会以良性的形式发展下去，这已经是真的到了新仇旧恨，更是仇上加仇的地步，尤其是现在再次被限制权利的新教派，他们所有教徒心里肯定不好受，绝对是在想着怎么才能彻底将旧教会的人进行赶尽杀绝。
到了一五八五年，得到了西班牙支持的吉斯公爵亨利在南特重建了天主教同盟，亨利三世这个时候认为西班牙军队会帮他，所以又撤消了对新教的赦令，这下子事情又闹大了，所以胡格诺派则在波旁家庭的纳瓦尔国王亨利的带领之下，于一五八七年，在库拉特又进攻了天主教军队，而且还将天主教的军队击败了，虽然双方都死了很多的人。
至此新教又因为战胜的原因得到了一些自由，虽然旧教会还没有承认这些自由呢，不过这没有多大的关系。因为天主教还是不满，天主教又在旧的仇恨基础上多了新的战败仇恨，所以到了一五八八年的五月份，吉斯公爵亨利进入了巴黎城，直接就包围了王室所在的卢浮宫，亨利三世这个时候逃离了巴黎，因为不跑他就得死，这次可不是开玩笑的，直接围攻的是皇宫了！而且亨利三世还签署了赦令，直接满足天主教的一切要求。主要就是先保住自己吗，自己都保不住了，这还有什么可玩的呢，是不？
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