变种人没有直接参加战斗，而是直接朝着地面杀过去，那里是神盾局总部所在地，神盾局所有高层都在那里，只要把那里毁了，米国的最尖端战斗力也就不复存在了。
“站住，什么人？”神盾局守卫见到许多强大无比的家伙出现，顿时紧张起来，超级英雄们都在空中和敌人战斗，这时候却有强敌入侵总部，以区区几百个守卫的能力，根本无法阻挡如此强大的敌人。
绯红女巫拿着一颗勋章来到守卫面前，淡定地说：“我是奉了局长的命令去搬救兵的，这些人是应邀保护总部的，请你们放行！”“好……好的……”守卫立刻打开大门，同时通知里面的守卫撤掉防御，变种人大军鱼贯而入，走在最后的魔形女和蛤蟆拧断了两个守卫的脖子。
变种人大军进入总部，随即分散到各个部门，见到守卫直接干掉，那些普通人根本无法阻挡他们，没过多久，除了指挥室以外的所有地盘都被变种人接管了。
前任局长尼克、现任局长菲尔正在指挥室指挥全局，突然通讯中断了，所有的通讯器都是雪花，无法看到战场上的情形，两人立刻意识到不妙，立刻想要封闭指挥室，但是却悲催地发现，所有的操作都毫无用处，作为神盾局的总部，尼克和菲尔十分重视，拥有最先进的防御设施，还有无数的机关，绯红女巫正是明白这一点，才利用了尼克的信物，迅速占领了总部，把机关都破坏了。
两人大惊，想要逃走，却发现门口被万磁王和X教授堵住了，快银和绯红女巫站在两人身后。
看到这四个人，两位局长的心沉到了谷底，他们虽然不弱，但和这四位交手，只有被秒杀的份，守卫们纷纷拔出手枪，下一秒枪都飞到空中，反而对准了守卫们，吓得一众守卫高举双手投降。
菲尔看着绯红女巫和快银，不甘地问：“为什么？神盾局不曾亏待你们，为什么要背叛？”快银淡定地说：“因为我们是变种人。”绯红女巫继续说：“你们怎么伤害我们的族人的，你们忘了吗？今天，我要为所有变种人讨个公道！”说完一挥手，强大的能量光束射向两位局长……
飞行航母之上，战斗进行得异常激烈，夏宇一人压制雷神、海王和神奇女侠，其他的超级英雄也被忍者村的高手和超级赛亚人围攻，自顾不暇。
神奇女侠被木叶三忍围攻，几次想摆脱对方，都以失败告终，怒道：“你们为什么要给那家伙卖命？他可是毁灭了整个日出！”自来也摆手道：“不不不，我们和日出没有关系，我们只是忍者村的高贵忍者，日出，一个卑劣的民族，没资格和我们相提并论！”“你……”惊奇队长气到无语。
她不知道的是，忍者虽然发源于日出，而且曾经兴盛了很久，但是他们在一千多年前就没落了，当战国时代兴盛，忍者村就渐渐消亡，那些辉煌一时的高阶忍者也消失在历史的长河里，武士、剑客取代了他们的地位，虽然忍者的传承并未彻底断绝，但身份大大下降，直到现在，已经很少有人愿意做忍者了，反而以武士为基础的“死神”成了天皇的新宠，这也是那些传说中的忍者村传奇人物再次出现时，日出的忍者们纷纷倒戈的原因。
就在众人激战之时，神盾局总部突然红光四射，随后爆炸，冲击波延伸出几公里，原来的总部已经成了一个一百多米宽的大坑。
“得手了，撤！”水晶大喊一声，带着女儿和绯红女巫的两个儿子，还有他们麾下的变种人迅速撤离战场，而指挥飞行航母的马丽亚·希尔和麾下船员全都头痛难忍，一个个捂着头蜷缩在地上，痛不欲生。
惊奇队长大吃一惊，怒视夏宇道：“是查尔斯！你……你居然和变种人勾结？”夏宇一刀砍断海王的三叉戟，又一刀斩杀了海王和洛基，冷笑道：“这很奇怪吗？人类对待变种人的态度，早就招致了所有变种人的仇恨，现在他们的所有行为，都是你们对他们肆意伤害的结果，你们不应该觉得意外，相反，如果他们还像傻大柱那样跪舔你们，那才是脑子有坑吧？”说话间，又取出混元锤，一锤砸烂了雷神的锤子，把雷神狠狠地打飞出去，随后又打倒神奇女侠，把她踩在脚下。
眼看着超级英雄们抵挡不住了，惊奇队长焦急万分，怒视夏宇道：“你这个暴徒，真要对我们赶尽杀绝吗？”夏宇冷笑道：“你说对了，我就是要把你们赶尽杀绝，你们对我做过的事情，我要百倍、千倍奉还，现在，是时候结束这场闹剧了！”夏宇说完打出一发光弹，闪耀了整个天空，隐藏在云层中的猴哥、蝎子精、蜈蚣精、红孩儿等洪荒高手齐出，杀向超级英雄们，同时通天教主展开诛仙剑阵，三霄和赵公明祭出杀戮陷绝四剑，汹涌的煞气顿时笼罩了整片天地，超级英雄们只觉得呼吸困难，似乎要被恐怖的力量吞噬了一般。
另一边，十一只巨型高达也加入和汽车人的战斗，它们体型庞大，实力更是惊人，轻而易举地就破坏了好几只组合金刚，汽车人和超级英雄彻底抵挡不住了……
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