然而，这个过程存在严重缺陷。除了会对受试个体造成极大痛苦外，所有试图将意识精华转移至素体的尝试也都失败了，因人造素体会迅速腐烂，最终导致不可避免的死亡。因此，在这次实验后，先行者们又将其打入冷宫。
重组机对目标也会造成剧烈的物理影响：重组机启动时会投射出一束橙色的光线，以相当恐怖的方式将目标个体完全化成灰烬，以令人痛苦的瞬序烧蚀他们的皮肤、肌肉和骨骼。这种功能可能是后期为了对抗洪魔而附加上去的，赋予其彻底摧毁洪魔生物质的能力，彻底雾化受感染的目标。
重组光束具有跨越巨大距离和瞬间处理数十万个目标的能力，比如从轨道航天器发射光束，这也是为什么宣教士会从安魂星来到这里的原因。
它可以瞬间处理行星表面的目标。古人类海军大臣福尔藤乔是古人类所有海军力量的最高指挥官，其意识精华也遭重组机摄取，他将重组机描述为“形状怪异、千变万化”和“多元形态”，不知其究竟是一台机器还是生命。
当然重组机也不是万能的，在07环带的时候，偏见之僧受到源基腐化开始使用人类进行洪魔感染实验，它发现洪魔感染者在经过重组机的处理后，可以够保持自己的个性，但洪魔细胞的存在会持续使宿主的身体腐烂变形。
宿主身体的破碎不仅不能消除感染的存在，还会延续到新的素体上。
先行者试图通过各式挽具将感染者的身体包裹起来，以减缓感染者腐败的速度，但受害者仍会继续腐烂变形，变得面目全非，最终死亡或屈服于洪魔。
后来，在先行者于洪魔的最后一战之时，光环阵列启动前一刻，尸脑兽派遣了受感染的人类找到地球上的智库长传达口信，这些通过重组机加工的行尸走肉很快也在智库长的面前彻底腐败，化为乌有。
重组机可以用多种方式提取意识精华。智库长在提取并保存查姆-哈克星的古人类意识精华后，几乎完整地保存了其本质，这些记忆精华不仅保留了自己的人格，还继承了生前的身份，但无法重塑为活体生命形态。
这些存储的记忆精华也可以植入到活体生命的遗传基因中，不仅保留有自我意识，还能在新宿主的体内实现某种意义的“重生”；就比如查卡斯和奋起者，基因中就植入有其他人的意识精华。重组剂也可用于除去基因中的意识精华，但会对携带基因印记的个体造成严重的身心伤害。
在本尊宣教士创造普罗米修斯骑士的例子中，提取的意识精华被作为构建AI的基础，类似于现代人类制作智慧型AI的手段。
这些AI的数据中残留有些许生前的记忆片段，有时甚至会包括自己的人格碎片，但即便如此，这些AI也只会机械地执行自己的职责。这些意识精华被储存在被称为禁锢匣的印记矩阵中，类似用于记录已故先行者最后人格的传统装置。
不过重组剂并非对所有有机生物都有影响；通过基因操纵，某些个体可以对其影响免疫。
在试图研究免疫洪魔的尝试中经历了一次突变后，本尊宣教士获得了免疫重组机的生理特征，但即使他的生理特征能够一定程度对其免疫，但在多台重组机同时开火的情况下，他也无法幸免于难。同样，智库长对约翰-117的进化旅程进行加速后，他也能免疫重组机的影响。
在人类先行者-战争的最后几个世纪中，架构者与护生者联合开发了第一台重组机，重组机在一座被称为重组机锻造厂的设施中建造。在战争后，重组机装置由监管者859静态钟琴负责监督。虽然先行者很快发现了重组机的诸多缺点，但他们也很快发现了这种装置的其他用途。
在上古时期，先行者与古人类战争结束后，查姆-哈克之战人类战败，深受架构者影响的艾秋敏旧议会打算使用残酷的手段向人类复仇。
因此，尽管当时先行者已经拥有其他能够提取个人记忆和意识精华的技术，在智库长及其护生者准备处理最后的人类幸存者时，议会只给护生者提供了重组机这一个选择。
护生者保存了提取到的人类意识精华，并植入给了后世的人类，希望退化后的人类能借助这些“远古之魂”的帮助，尽快重建人类文明。架构者阶级为首的一些先行者打算研究这些人类的意识精华，希望找到人类打败洪魔感染的方法，并在接下来数千年的时间里对这些意识精华进行了“审问”。
由于重组机会带来的风险和道德问题以及对于衣钵概念的矛盾，先行者最终放弃了重组机，最终，重组机的存在成为了只有少数人才了解的受严密保守的秘密。就连重组机的实际性质，先行者们也仍然搞不清楚；对于大多数人来说，他们甚至都不知道重组机是不是真的机器。有些人认为重组机是先行者，甚至是护生者，是感染者自我了解的一种手段。
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