柯南与服部将和叶小兰等人留在了虎田家，两人赶往龙尾家调查，而此时虎田由衣再次出现，说出了“其疾如风”，毫不避讳地指出和叶喜欢服部，并劝她及时向他表露自己的心意，否则很可能就会错过，“就像我一样”。与此同时，柯南与服部在龙尾家看到了武田信玄的赤铠和旗帜，意识到凶手是在按“风林火山”的规律作案，还缺最后一个“侵掠如火”。因为怀疑这次连环杀人案可能与正在寻找武田信玄的宝藏的五人有关，于是一行人决定分头陪同还活着的龙尾景与虎田繁次。柯南与服部遇见了正在森林中练习骑射的龙尾景和同样找到此地的虎田由衣，并从两人那儿听说了甲斐玄人巡警以及与邻村共同举办的庆典的往事。之后，大和敢助出现，表示犯人就在两家人中，并强硬地把由衣也列入了嫌疑人之一，并命令由衣牵马回去，而由衣只是悲伤而失落地问道：“已经不能再像以前那样称呼我的名字了吗，阿敢？”大和敢助则表示“现在的你已既不再是我的青梅竹马上原由衣，也不是我的前部下上原……只不过是被害人的妻子，嫌疑犯之一了”，柯南和服部也由此确认了由衣原本是刑警。
回去的路上，由衣一边牵着马一边默默地看着一张老相片，相片上是蹲在地上的甲斐玄人、一个少年和一个女孩，三人冲着镜头笑着。回忆中有一个人爽朗的笑声回荡着：“嗯？你是说长大以后要嫁给我吗？啊哈哈哈，你还是饶了我吧！敢助会恨死我的……”
突然，众人听到了一声爆炸般的巨响，宛如雷声一般。赶到时，虎田繁次已经倒在电车轨道边，几乎被烧成了焦炭，远处他随身携带的钓竿盒子边也被放了一条死蜈蚣。众人认为“风林火山”到此已经全部完成了。之后，一个警官在附近发现了一本笔记本，并发现这本笔记本是属于那四位死者的，兼有了交换日记的功能。众人从日记中了解到，四位受害者为了龙尾景而在6年前误杀了甲斐玄人，最终选择了沉默。随后大和敢助随即宣布虎田繁次是自杀，连续杀人案已经结束。服部和柯南发现了疑点，很疑惑大和敢助究竟是没有注意到还是故意没有解出。当小五郎说到虎田繁次表示的应该是“火”时，由衣突然插话说了句“雷”，并提到虎田义郎死前经常做噩梦，“说什么，有声音，有光……快逃”，这引起了两人的注意。
两人回到绫华遇害的地点调查时遇到了一名警官，从警官口中得知了上原由衣和大和敢助的过往：为了追查甲斐玄人遇害的案子，两人约定一起调查，不料半年前大和警官在追查一个被怀疑和此案有关的逃犯时遭遇了雪崩，左眼和左脚受伤后在昏迷中被送进了医院，被同事误认为失踪遇难；而前部下上原由衣也在那以后突然辞职结婚，直到两人居然在这种情境下重逢。警官还提到了，两个人都是因为崇拜甲斐玄人而成为了刑警，在甲斐玄人遇害时由衣也才刚入职。之后，服部和柯南意外从警官那儿得知绫华手指上的眼影痕迹，意识到这是绫华的死亡讯息，联想到由衣所说的“雷”，终于意识到了案情真相。
动画“风林火山”系列的上原由衣形象
之后，警官召集众人，转述大和警官的指示：由于他发现了疑点，他会带领警察从次日开始对两家进行搜查。被由衣问及发现了什么疑点时，警官表示他联络不上大和警官，并提到搜查将会持续三、四天，一直到庆典开始。听到这里，服部和柯南终于明白了大和警官的目的所在，明白大和警官也早已解开了真相。
夜晚，心情沉重的龙尾景在放置着庆典用武田信玄铠甲的房间里练习射箭，这时，房门轻轻地开了，来者是虎田由衣。龙尾景似乎也早有预感她会来，因为在由衣说出“雷”那刻他也明白了一切，知道虎田繁次对应的实际上是“雷”，事情还没有结束。由衣也表示，“风林火山”之后实际上还有两句“难知如阴”和“动如雷霆”，对应“阴”的正是甲斐玄人，并告诉龙尾景，放置蜈蚣的目的是借用武田信玄的典故，找出当年用焰火惊吓甲斐玄人的马的那四人，而为了让不了解武田信玄的绫华和繁次露出马脚，借用了武田信玄的铠甲。当龙尾景不安地问她是否是为了给甲斐玄人报仇而来杀死他时，由衣径直走向房中，拿起了铠甲边的剑，冷笑了一声：
“杀？傻瓜，我是来保护你的……从那个连续杀人魔手中！”
出现在门口的是虎田达荣，手中还拿着猎枪。她很好奇由衣是如何知道真相的，由衣则冷冷地解释了绫华的死亡讯息的含义，并告诉龙尾景，达荣才是真正的杀死甲斐玄人的凶手，那四个人只不过是替罪羊，直到后来义郎隐隐想起当时有枪声打算去报案，却遭遇了天灾。而她的目的是为了一个赌局，她找上了若干村民作为帮凶，想让龙尾景成为最后一个“火”，并轻蔑地评价由衣“为了解开恩师的死因，不惜嫁给自己根本不喜欢的义郎的笨女人”。而与此同时，早在房中隐藏多时的服部和柯南也出现了，帮由衣补充了达荣杀死绫华的方式，并表示甚至已经有人比他们先来了一步，同时，房中的铠甲突然动了起来。那人取下了头盔，原来大和警官早就在此等候了。一番交战后，大和警官等人轻易制服了犯人。
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