小智等人乘船来到伊吕波三岛，在这里意外遇到前来调查珍珠贝为何在特定岛上，只会进化成猎斑鱼或樱花鱼的谜题的小田卷博士！
根据博士的研究，解开进化的秘密的关键，在于深海之牙与深海之鳞上。于是小智等人为了解开海底谜题，与岛上的观念不同，却又相互喜欢对立进化型的奈美子小妹妹和菊间小弟弟一起前往古老传说中的洞窟探索！
最终在两座岛屿上，分别找到了深海之鳞与深海之牙，奈美子的珍珠贝进化成她喜欢的樱花鱼，菊间的珍珠贝进化成他喜欢的猎斑鱼！成功化解了吕岛与波岛的矛盾！
告别小田卷博士，小智等人离开了伊吕波三岛来到了刚迦岛，在这里小智与岩清水来了场双打比赛，以过动猿与美纳斯组合轻松打败了岩清水，美纳斯成功进阶普通顶峰。
在这里还碰到了，不知道发什么疯要锻炼肌肉的火箭队，因为他们没有捣乱小智也就没管他们！
可是他们前往绿岭市时，却搭上了火箭队的船，让小智直呼大意了，好久没见火箭队使他竟然放松了警惕，被抓住的皮卡丘在两队争夺，皮卡丘烦的直接一发十万伏特，火箭队飞天，小智等人落海！
现在小智一行人正在抱着一块浮板，漂泊在海上，小智一直在发动全力波导之力，希望能找到船只，他们就可以获救了！
这时，小智的波导之力发现了一个熟悉的波导向他们靠近，小智嘴角一抽，突然不想被救了，因为这个熟悉的波导，小智没记错的话好像是火村！
真是怕什么来什么，就在这时，海面一阵颤动，从小智等人下方升上来一只红色的潜水艇！
小遥惊喜道：“太棒了！是潜水艇！”
“说不定，我们可以请这些人救救我们。”
小智连忙阻止道：“等一下，这个潜水艇不出意外的话是火岩队的！大家快躲起来！”
“火岩队！”x3，连忙跟着小智藏了起来。
果然火岩队的队员正在眺望塔上观察，小智等人便潜伏在潜水艇上，一路来到了火岩队的海上基地！
“报告，第三行动队，巡逻任务已经执行完毕。”其中一名火岩队队员向着一位红头发的大叔报告着，而旁边站着的正是小智的老相识火村！
不过那个大叔也是有些本事，竟然发现了隐藏的小智等人，既然被发现了，小智干脆大大方方领着众人走了出来，有烈空坐与代欧奇希斯在小智丝毫不怂他！
“是你！”火村见到小智，当即怒视的看着小智，他还没去找小智麻烦，先被小智摸到基地来！
小智没有理会他，反而认真的打量着红发大叔道：“你应该就是火岩队的老大——赤焰松吧！”
而几只大狼犬正怒视着小智等人，只要他们有什么异常就会立刻发动进攻！
赤焰松丝毫瞧不起小智等人，虽然打败了火村，但还能与自然之力与神对峙？！不过是几个少年少女而已：“虽然你多次妨碍火村行动，但我们无意加害你们，只是我们现在非常忙碌，在这一场作战计划结束之前，请你们在这一艘舰上乖一点！”
就在赤焰松的注意全都被小智等人吸引时，一个身穿火岩队队服的女人趁机跳出潜艇，向着基地跑去！
而在小智手上吃过不少亏的火村，还想提醒一个老大赤焰松，反而被赤焰松毫不在意的打断道：“水舰队那边的状况如何？”
“是！”火村叹了口气，开始汇报情况，“我想他们应该潜航在这附近，在目前这个时间点，梦斯岛近海并没有办法得到确认。”
“嗯！是嘛！”赤焰松点了点头，在他看来现在能和他对抗的只有得到固拉多的水舰队了！
只是他的火岩队真的漏洞百出，真是所有的卧底都潜进来了，不仅小智等人潜入，就连水舰队卧底与联盟卧底都潜入了！
甚至水舰队卧底行动队队长泉美，已经打晕了看守人员，见到了她，不！整个水舰队梦寐以求的超古代神奇宝贝——盖欧卡！
也不知道盖欧卡与固拉多怎么搞的，明明有强大的神兽实力，竟然还被火岩队与水舰队抓住了，真丢神兽的脸！
泉美不再犹豫，连忙开始帮助盖欧卡解除封印！
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小智等人被赤焰松带到了一个办公室，赤焰松如同胜利者般坐在中央，笑道：“好了，你们坐下来吧！这样站着实在很难跟你们谈话。”
小智也不客气拉着小遥小胜，与小刚坐了下来，只是小遥姐弟被大狼犬盯的有些瑟瑟发抖，不断的朝小智身上靠。
小智忍住将小胜推到一边去的想法，这时赤焰松开口问道：“你应该对我们的事情稍微有点了解吧！”
“当然了解，你们的目的都是超古代神奇宝贝，你们的目标是固拉多，而水舰队的的目标是盖欧卡而已！你们其实都差不多吧，都为此来达到各自的某些目的！”小智直言不讳道。
顿时，大狼犬怒视起了小智等人，但小智丝毫不怂！
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