他处理政事的主要方法是通过谕旨的形式向下面传递。
万历三大征中，边疆大事的处理，都是通过谕旨的形式，而不是大臣们所希望的平台召对形式。
在三大征结束之后，朱翊钧对于大臣们的奏章的批复，似乎更不感兴趣了。
同年，礼部主事卢洪春上奏批评朱翊钧日夜纵饮作乐，请立太子。
于是，从同年起，为争立皇太子，国本之争开始，大臣们坚持礼法，要求立长子朱常洛为皇太子。
而朱翊钧喜欢郑贵妃所生的福王朱常洵，双方各执一词，争斗了几十年。
与此同时，党派开始兴盛，官员们各自站队，互相倾轧，东林党、宣党、昆党、齐党、浙党……以及阉党，轮番登场。
东林党源于东林书院，东林书院兴于顾宪成，而顾宪成重兴东林书院则是因为万历皇帝朱翊钧免了他的官……
什么叫循环啊？还他喵的是死循环！
从顾宪成罢官那日起，命运的齿轮开始转动，东林党，这个明末超级政治团体开始兴起。
他们乐于跟皇帝斗，跟宦官斗，跟其他党派斗，所谓内斗就要亡国，但亡国也要内斗……哎，就是要斗！
人生短短几个秋啊，不斗不罢休，管他女真、流寇，休想我停手～！
在无休无止的党争中，朱翊钧败了，福王朱常洵也败了，不得不离京就藩。
朱翊钧爱惨了郑贵妃，爱屋及乌之下，也很爱这个肥儿子，直接给了四万顷庄田……
东林党：嚯，刚想歇会儿，你整这死出！弟兄们，来活了！
于是乎，东林群贤再聚首，怼死皇帝不罢休，跟朱翊钧中门对狙，占领上风，一场长达七八年的——福王庄田之争开始。
福王就藩洛阳不过一年，朝廷就发生了着名的梃击案，作案的是一个名叫张差的蓟州男子。
皇太子朱常洛认为这事一定有幕后主使，且很怀疑是郑贵妃心怀不满，然而，郑贵妃指天发誓，自明非她。
朱翊钧眼见事关郑氏，加上多年来人们一直议论他不善待皇太子，感到事情重大，怕火烧自己，很快就亲自裁决张差为疯癫奸徒，处决张差及有关的太监庞保、刘成二人。
同时，特地一反常态的召见大臣议事……上一次召见大臣是二十五年前！
处理完挺击案后，朱翊钧继续摆烂，不出宫门、不理朝政、不去郊外祭祀、不去太庙祭拜、不召开朝会、不见大臣、不批奏章……不讲武德！
从万历十七年开始，朱翊钧不再接见朝中大臣，内阁开始出现只有大猫小猫三两只的情况，六部、科道也开始出现官员空缺。
朱翊钧通通不管，只一个劲的在后宫摆烂，同时派太监担任矿监税使，去搜刮钱财。
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