另一边的小智等人正在小刚的带领下熟悉村子，路上小刚告诫小智和小霞这里的宝可梦不能去抓的。小霞无情的拆穿了小刚的面具。
“这是害怕你心爱的小翠伤心吧”回应小霞的是小刚那无情的拳头对她的额头来了爆栗，小智在旁边看的有些心疼但不好表现出来。
小霞遭到无情痛击揉了揉额头，看到小刚通红的面孔。“你的脸可变成番茄了喽”小刚在一旁呆若木鸡，接受着小霞的调侃。
既然小刚都这样说了，作为小刚的伙伴当然要重视小刚的想法，小智答应小刚不会擅自收服村子里的宝可梦
另外一边那些机关在这些黑牙组织的成员面犹如小玩具一样，他们漫不经心的朝着村子前进。
小智、小霞与小刚等人则在照顾这些被抛弃的宝可梦，善良的小霞则来到那只走路草面前向它道歉。
知道走路草的遭遇后安慰它。告诉被抛弃并不是它自己的原因，都是它那过分的训练家的错
她希望这只走路草走出阴影，想到自己过分的行为便羞愧的抽泣起来。
远处的小智看到小霞哭便赶了过来，皮卡丘和走路草都跑来安慰哭泣的小霞。
走路草用它手上嫩绿的叶子替小霞擦拭泪水，小智和皮卡丘也上前做鬼脸逗她开心，小霞看到走路草并未责怪自己才放下心来。
这时草丛突然窜出的妙蛙种子撞向了小霞，小智眼疾手快赶紧抱着小霞的细腰躲避开来
被小智抱着的小霞红了脸，责问妙蛙种子为何要攻击她。小智看到妙蛙种子不为所动并还要攻击小霞非常生气，便准备让这只妙蛙种子吃点苦头
他认为这只妙蛙种子因为原主人的抛弃性格变得扭曲，喜欢报复人类。
结果听到小翠小姐的解释，这只妙蛙种子承担了保护村子的任务，所以才会对接近村子里的人类抱有敌意。
小智和小霞都一脸吃惊，小智感到抱歉。他错怪了这只使命感极强的妙蛙种子。
小霞也明悟为何在她收服走路草时，妙蛙种子对她发动攻击，原来是为了保护走路草。
小智听闻后非常感动，内心对这只妙蛙种子升起敬佩之意，同时内心更想收服这只妙蛙种子。但很遗憾，他答应了小刚不能够擅自收服。
正在这时，那些身穿黑衣背后印着骷髅头的的黑牙组织再次出现
一上来他们便释放出一种像宇宙飞船般的机器人，两只长长、触手般的大手和两只铝合金的粗壮机器腿，身体由飞碟组成，头上有这一根天线，就像是复制自爆磁怪的样貌般的大型机器人
这个机器由组织中的三人驾驶，他们操控机器，用它高压管般的超大触手打开了涡轮开关，很快超强般的马力造成超大的风力，强劲的风力给周边植物和给村庄造成难以磨灭的打击
他们驾驶机器向村庄里走去，触手引发的超大风力将村子里的宝可梦一只只的吸进其中
站在妙蛙种子身旁的走路草便也不能幸免于难，它瘦小的身躯很快就要被吸进触手中去。
身旁的妙蛙种子当然不能坐以待毙，它作为这个村子的守护者，保护这些宝可梦是它的使命和责任
它使用藤鞭技能牢牢抓住了走路草的身躯，可惜强大的吸力并不能让它将藤鞭收回把走路草拉回身边
妙蛙种子见无法拉回走路草便主动靠近，缩短藤鞭与它的距离。最后走路草被它拉回到背后，被它扛在背上。
机器中的几人看到这只妙蛙种子坏他们好事，加大马力准备将它和走路草一起吸进去。
加大马力后的吸力极强，差点被吸向触手中的妙蛙种子使用藤鞭牢牢抓住不远处那颗超级粗壮和茂盛的大树的躯体才幸免于难，但这不是长久之计、它陷入了困境
另一边的小智等人释放了手中的宝可梦，他们打算阻止这些邪恶的黑牙组织成员
这次黑衣组织出动了两组五人的小分队，十人中七人都都释放出了大狼犬，剩下三人在开那台古怪的机器人
七人手中也拿着一些先进的科技武器将使用这些高科技的武器对着村子中剩余的宝可梦进行抓捕
他们释放的七只大狼犬则将那些宝可梦围在其中，七只经过训练、发育极好的大狼犬做出了呲牙的凶恶模样，摆出一副随时进行攻击的模样
小智等人看到绝不让这群可恶坏蛋得逞，各自唤出了自己的宝可梦，小智派出比比鸟去支援妙蛙种子。
大针蜂、巴大蝴去对付那些大狼犬，可达鸭和皮卡丘则是去阻止那七名黑牙组织的成员，
小霞、小刚这边也派出了自己的宝可梦进行参战。
小霞派出了自己的蚊香蝌蚪、海星星、墨海马、小钳蟹、大舌贝和角金鱼，小刚则派出小拳石和大嘴蝠
全员作战行动开始，三人一声令下，各自的宝可梦向四处跑去。
大针蜂朝着那些大狼犬们使用毒针，巴大蝴则对它们使用催眠粉，蚊香蝌蚪、海星星、墨海马对它们使用了水枪，大嘴蝠使用叫声、小拳石则用了冲撞
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