随着妙蛙种子的加入，小智等人的队伍又扩大了。小智因为手中满了六只宝可梦，妙蛙种子的精灵球便被隔空传送到了大木研究所。
小智看到心心念念的妙蛙种子又消失不见了，大为沮丧。还没和妙蛙种子打招呼呢就被传回进大木研究所，他赶紧通过手环上的电话功能给大木博士致电
收到致电的大木博士接通了，大木博士的投影出现在了小智的手环上，小智向大木博士介绍了旅行新加入的小刚，小刚荣幸之至的和大木博士打招呼。
小智询问大木博士那边是否收到妙蛙种子的精灵球，大木博士朝宝可梦精灵传送装置上看了看，确实有只小智的精灵球传送过来，便将里面的精灵释放出来。
白光显现，妙蛙种子的身影出现在研究所中，一出来妙蛙种子就好奇的打量了四周的环境和眼前穿着白大褂的老人。它的心中有着疑问？它的主人去哪里了？
大木博士蹲下身子双手摊开，做出平易近人的模样让妙蛙种子过来，妙蛙种子还是警惕性非常之强，曾被抛弃的它对人类还是带有偏见，并未上前并朝后挪了挪
它四处看了看都没有小智的身影，急躁起来种子种子的叫着。小智看到秒娃种子焦急的叫声，连忙出声：“秒娃种子，我在这”
妙蛙种子听到研究所里电话投影设备中传来小智的声音冷静下来，大木博士告诉它角落旁那台电话投影设备可以看见它主人，带着它去了。
当秒蛙种子看到小智开心的叫了叫，对大木博士也不再警惕。小智从电话投影设备里向大木博士解释了这只妙蛙种子的情况，拜托大木博士能够照顾几天，大木博士对这只宝可梦的遭遇表示同情
等他到了下个城市的精灵中心便将它交还过来，大木博士小智疼爱有加对此当然没有问题，小智也将已经获得两个徽章的事情告诉了大木博士，大木博士夸奖小智干的不赖。
既收服了妙蛙种子这样的稀有宝可梦又获得了两个徽章，就是收服宝可梦的速度属实有些慢了，小茂都收服几十只了
得到了大木博士的允诺，小智又安慰妙蛙种子。告知它这位穿着宝大褂的老者是他的爷爷，暂时让他照顾妙蛙种子几天，等他到达枯叶市后便将它传送过来，对此妙蛙种子点头答应。
最后小智再拜托大木博士帮他锻炼下妙蛙种子，也告诫妙蛙种子好好训练，下次见面希望妙蛙种子变得更强。
大木博士和妙蛙种子都各自点头答应下来，随后小智便挂断了电话，大木博士对着地上的妙蛙种子道：“来吧，小可爱。我带你到后院里带你挑选你最喜欢的新家吧”说着朝着后院走去，妙蛙种子跟在身后
大木博士的后院简直就是宝可梦的天堂，上万平方米的面积为各种宝可梦量身打造适宜自己生存的新家，大木博士带着妙蛙种子来到了后院茂盛的一片密林区
他摸了摸妙蛙种子的头“以后你就在这里居住吧，你在这好好锻炼，小智过几天把你传送过去了，很快你们就能见面了，你要好好加油啊！”妙蛙种子种子种子的点头答应，处理好妙蛙种子的新家，大木博士又回到了研究所中进行自己的研究
另一边的小智再和大木博士挂断电话便带着小霞、小刚接着赶路了，妙蛙种子交给大木博士照料他并不担心，他们继续朝着枯叶市的方向前进了。。
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在离开不知名村庄后，他们看着地图朝着一片森林出发。令人不用思考就能知道三名路痴看着地图又在森林中迷路了。
在一棵被砍伐的树桩旁，小智等人围坐在周边休息。背包行李放在树桩上，小智看了看四周的宝可梦们，发现这里大多数都是烈雀，还想发掘看看有值得收服的宝可梦没
累坏的小霞抱怨已经朝着枯叶市走了十天了，这十天里不停的赶路，风餐露宿，大声嚷嚷再也走不动了
这时坏笑的小刚调侃小霞脚下有虫，条件发射的小霞立马满血复活生龙活虎般的大跳起来，大叫起来躲到小智身后
当她发现是小刚在捉弄她，脸上露出不满。直接给了小刚一只破颜夺命脚，大声叫着现在我们在身边鬼地方啊
小智看到小霞好笑的样子，拿出地图认真看了看他们所在的位置，告知小霞目前大家正在24号公路上，从24号公路一直走下去翻过山，他们就能到达枯叶市了。
听到小智肯定的答复，小霞立马打了鸡血的满血复活，催促大家赶快前进，小智和小刚好笑的摇了摇头，小霞还真是可爱啊！！
这时小霞发现了高大的一块石墩上，一只橘红色的宝可梦躺在上面，全身长着蜥蜴模样，尾巴上燃烧着火苗的小火龙正眼巴巴的望着什么
小智也发现了这只宝可梦，简直开心到起飞，主角光环就是牛。才收服身为御三家中的草系的妙蛙种子没多久，现在又碰上了火系的小火龙，小智感叹自己的运气真不是盖的
小智兴奋极了，他要将这只小火龙收入囊中。一旁的小霞发现小火龙的状态很差，小刚也出声这只小火龙好像非常憔悴，建议小智赶快将它收服带到附近的宝可梦医院去看看。
小智看到它憔悴的模样并没有派出宝可梦作战收服，小智试着去说服这只宝可梦跟他去医院，可惜它油盐不进。
这时善解人意的皮卡丘和那只憔悴的小火龙去沟通，很快皮卡丘得到原因，便在众人面前比划着手势。
小智等人从皮卡丘的手势中了解到原来这只虚弱的小火龙在这里等待着它的主人，它的主人把它丢在这里，它一直在这里等他
知道前因后果的小智等人希望小火龙的主人能够马上出现，这只小火龙尾巴上的火焰快要熄灭了，现在的状态很差。
小智等人看到小火龙执着的模样也不好在多说，便继续朝着山路前进了，很快他们便发现前面山路和小溪旁有着一家木屋房的精灵中心，
小智、小霞、小刚三人都非常开心，很快他们就要到24号公路了，
三人看到天气突然聚变、乌云密目，马上就要下起倾盆大雨，三人赶紧跑向精灵中心。
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