小智三人继续旅行，今天三人赶到了川溪谷。他们刚刚抵达这里的宝可梦中心，柜台的乔伊小姐便询问是否是小智三人。
小智点头，乔伊小姐告诉他，有人给他留言，乔伊小姐将纸条递给小智
小智打开一看，原来是大木博士。大木博士有事要和小智联络
最近这段时间，小智都很长时间没有和花子和大木博士联络了。
看到大木博士找他，小智便拨通了宝可梦中心的联络电话
很快大木博士的身影出现在其中，小智和大木博士问好，大木博士看小智终于收到他的留言了，还没有讲多久大木博士便被小智的臭臭泥给黏上了
小智看到臭臭泥精神不错，蛮开心的。大木博士对小智抱怨要处理这家伙实在太不容易了。
他又夸奖小智，最近小智传回来一个大家伙。那可不得了，一只巨大的化石翼龙，大木博士对小智刮目相看，这风采都快追上年轻时候的自己了
这只化石翼龙一回来就没给他惹麻烦，好在有老伙计的帮助，化石翼龙才老实很多
顺便他也在研究化石翼龙身上的秘密了，这段时间他也没少忙活。
他让小智继续保持，不要骄傲。
然后他说起正事，他告诉小智宝可梦图鉴又出升级版了，上面新加入了很多新种类的宝可梦情报，大木博士让他将宝可梦图鉴放进下方的机器里面更新，这样就可以传输到大木博士那里，大木博士将它更新完毕
现在小智的宝可梦图鉴已经是升级版了
小智三人坐在附近的餐厅里，看着地图，下一个道馆是哪里呢？
小霞在一旁抢答，下一个道馆应该是红莲道馆
小智也喃喃道：“红莲道馆的亚伯”
小刚则在擦拭着这枚宝可梦蛋的身体，三人都在兴奋这枚精灵蛋能孵化出何种的宝可梦，非常期待
三人的对话被火箭队三人组听见，他们准备对这枚宝可梦蛋下手。
三人前来捣乱，将宝可梦蛋各地顺走了，火箭队三人将蛋偷走逃跑，小智三人在后面去追。得到宝可梦蛋的火箭队三人，尽全力去孵化
小智三人一路追踪发现了火箭队藏身的屋子
派出了比比鸟、隆隆石和海星星将宝可梦蛋夺回
两边便发生了战斗
火箭队派出阿伯蛇，和双弹瓦斯
各自都使用了双方的技能，场上一片烟雾缭绕，争抢声不绝于耳。
经过双方的角逐，这枚宝可梦蛋最终落入了皮卡丘的手中，这枚蛋即将孵化
从中孵化出一只波克比，这次学聪明的小智提前让波克比出生后第一眼见到的是小智，小智赶到小霞提前让波克比喜欢上了他
小霞和小刚看到波克比对小智如此的依赖，本来都打算想要这只波克比便打消了念头
波克比可是神兽，小智才不会傻兮兮的让给小刚和小霞
为了公平对战，几人进行了宝可梦对战。胜者决定波克比的归属
经过一番比拼，最后是小智获得了波克比的归属
同时通过宝可梦图鉴的情报，小智也知道了波克比会将第一眼看到的人当做自己的父母，波克比对小智是言听计从，就这样小智收服了波克比
小智将它收进精灵球后，提前将鬼爷送回研究所，让大木博士好好陪它玩。
然后小智再将波克比放出，准备和皮卡丘那样，将波克比带着身边。
小智现在携带的六只宝可梦是：皮卡丘、比比鸟、妙蛙种子、火恐龙、卡咪龟和波克比
小智看到小霞是如此喜欢这只波克比，为了怕她难过，将自己在原野区的尼多兰送给了小霞，小霞虽然遗憾，但是想着小智的东西就是她的东西，也热情的疼爱这只波克比，小智给的尼多兰，她也并没有拒绝。
三人便继续朝着目标前进！！！！
在旅途中继续出发的小智三人来到了一片树林
小智在旅途上遇到了挑战者，那是一位中年大叔
他派出了铁甲犀牛，小智则派出了妙蛙种子
双方开始对战，体型壮硕的铁甲犀牛朝妙蛙种子冲撞
妙蛙种子受了伤，小智关心心切，让它回来，但妙蛙种子有着不服输的性格，不打赢便不回来。
小智看妙蛙种子如此坚持，便让它使用飞叶快刀，飞叶快刀将铁甲犀牛击中，封闭了它的行动，趁机会妙蛙种子用藤鞭将它打败。
小智的妙蛙种子获胜，大叔夸奖小智非常厉害
一旁的小霞和小刚都夸奖小智的宝可梦非常有骨气
场上妙蛙种子非常不舒服，背上的大蒜头开始发光，小智和皮卡丘担忧起来
小智三人连忙将妙蛙种子送到了乔伊小姐那里，乔伊小姐看到妙蛙种子的奇异特征有些眉目，她需要在对妙蛙种子进行彻底的调查。
进入诊疗室，乔伊小姐通过仪器检查记录分析。
乔伊小姐告诉小智，妙蛙种子这是进化的预兆
小智听到妙蛙种子是要进化了，而不是生病，小智非常开心。
小智问乔伊小姐，它的妙蛙种子什么时候进化，乔伊小姐带他们来到窗户边，外边的花朵全部盛开绽放，甚至发出亮光。
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