早在常磐市的小智知道常磐市的道馆主就是火箭队的老大-坂木，当时的他才刚刚踏上旅程，直接莽撞的前去挑战，只能是自取其辱，再加上当时只顾着给皮卡丘看病，他早就将这件事忘得一干二净了
不过现在的他，已经今非昔比了。他现在已经拥有了七枚徽章，手上还有喷火龙、皮卡丘、鬼爷这三只强大的宝可梦，他相信遇到坂木，他不可能会输的太过难堪。
这不是他担心的，现在只剩下最后一枚常磐徽章了，这次的联盟大会他一定将摘取桂冠。他带着小霞、小刚两人朝着常磐市的方向前进。
三人再次从红莲岛搭船出发，他们所要搭乘的那艘船即将起航，三人一路追赶，迎面撞上了沙滩边上的一只卡咪龟。
这只卡咪龟看起来十分着急，它焦急的向小智说着什么，但是小智三人根本听不懂，聪明的皮卡丘按响了卡咪龟的精灵球，万能翻译官皮卡丘听不懂龟语
小智的卡咪龟从精灵球出来。一出来它就和这只卡咪龟攀谈起来，从这只卡咪龟的口中，它得知了一件事，非常糟糕，它连忙取出了自己的墨镜，戴到了自己的鼻梁上。
又重新恢复成在杰尼龟军团时期的老大模样。它陪着卡咪龟潜入到水中，朝着一个方向游去，小智知道它是要去克美波美岛，他和小霞、小刚追上去看看。
他们租了一艘船，小霞召唤出了自己的几只水系宝可梦担当发动机，向着前方水中的卡咪龟追去。
很快他们到达了海对面的一座小岛，这座小岛并不被世人熟知，来到了岛上，他们发现岛上出现一大片的龟壳，卡咪龟、杰尼龟都缩进了龟壳中，像是在沉眠。
这不正常的情况引起了小智三人的注意，还没有细想。那只卡咪龟指着前方石台上一块巨大的龟壳。那是水箭龟的壳，它跟这些卡咪龟、杰尼龟都一样，不知道怎么回事，发生了集体沉睡事件
可能这只卡咪龟带着他们来，就是想让他们帮助它解决这个问题吧，难怪它如此的慌慌张张。当小刚靠近火箭龟，奇怪的是他便睡着了。
小智知道问题出在水箭龟的身上，他并没有靠近，让皮卡丘使用电击将在场昏睡的所有卡咪龟、杰尼龟还有小刚统统唤醒。
醒来后的小刚告诉了两人，他昏睡的原因，他听到水箭龟的龟壳中传来的声音，这种声音特别想让他睡觉。那些刚刚醒来的卡咪龟、杰尼龟都认同的点点头。
为了解开这个水箭龟昏睡谜题，众人开始了叫醒水箭龟大作战。对面潜水的火箭队三人也发现了这座岛上的卡咪龟群和水箭龟，他们要将这些卡咪龟们和水箭龟统统抓起来。
一旁的小刚为大家揭秘，他推断出了事情的经过，在几人准备研究水箭龟身上的未解之谜，卡咪龟清醒过来。
它从龟壳中伸出自己的四肢，高大的身躯开始活动。那些卡咪龟看到它们的老大苏醒过来都十分开心，苏醒后的水箭龟大家将背后的水炮枪展示出来，它拼尽全力想要堵住自己炮口的东西给排出。
小智知道堵住水箭龟炮口的正是胖丁，因为胖丁的歌声才导致所有的卡咪龟群和水箭龟昏睡着，在小智等人的帮助下，他们将胖丁解救出来。
出来后的胖丁用歌声将小智等人催眠睡着了，在背后蓄谋已久的火箭队三人早已准备完毕，他们看到小智等人全部昏睡过去后，准备将这些宝可梦全部抓走。
他们用机器暴鲤龙将水箭龟抓走，作战成功后，他们飞快逃离
另一边的小智等人醒来后发现水箭龟消失，卡咪龟群看到老大消失，变得惊慌无助。看到一团乱的局面，小智的卡咪龟挺身而出，它当过老大，统领过下属，用自己高超的领导能力将这些卡咪龟和杰尼龟们忽悠，让它们听命于它。
卡咪龟带着它们去解救水水箭龟，它们顺着水箭龟被拖走时留下的线索，朝着火箭队离开的方向追去
另外一边的火箭队正在庆祝捕捉到水箭龟，他们正在争论水箭龟的归属，一个没注意也被深陷在水箭龟水炮中的胖丁所催眠入睡，入睡的他们并不知道他们搭乘的机器暴鲤龙号开始漏水，他们睡得跟死猪一样，根本不知道他们正在下沉
沿途追来的卡咪龟它们发现了这艘下沉的船，将里面的火箭队三人组和水箭龟解救出来，火箭队三人被解救到岸上，他们正在昏睡中，小智三人望着熟睡的他们将他们唤醒
醒来后的火箭队三人以为小智他们要找他们算账，有些害怕。他们看到这里集聚了这么多人和卡咪龟群，赶紧撤退逃到岸边停靠的机器暴鲤龙
三人启动机器暴鲤龙让它变换成战车，开着机器暴鲤龙战车的火箭队在岛上大杀四方，所向披靡，卡咪龟群的水枪攻击对它完全不起作用。
小智知道只有昏睡的水箭龟才能阻止火箭队，他们便想办法唤醒水箭龟，小智让卡咪龟和皮卡丘去唤醒水箭龟
皮卡丘的电击疗法对昏睡的水箭龟非常有效，被困在水炮中的胖丁也被皮卡丘的电击波及，没有再次唱歌。卡咪龟看到胖丁从水炮中的缝隙中露出了自己的大脸，用水枪攻击帮它脱困。
水枪精准攻击到胖丁身上，胖丁被水枪的冲击力冲走，脱困而出。原先睡着的水箭龟也被皮卡丘唤醒，它一清醒便看到一个奇怪的巨物在欺负它的小弟们，身为这片岛屿的龟中之王，它怎么能容忍有外来侵略者欺辱它的子民
它迈动自己高壮的身躯，朝着巨物冲去和它扭打在一起。水箭龟的力量十分惊人，机器暴鲤龙战车被它惊人的怪力掀翻了，然后它使用水炮绝招将这个机器暴鲤龙打飞上天。
事情就告一段落了，水箭龟的昏睡之谜解开了，原来是胖丁卡进在它的水炮中了，现在胖丁脱困，被小智等人解救下来，它也清醒过来赶跑了坏人
小智三人便告别了克美波美岛上的水箭龟族群离开了，他们得继续出发了！
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