离开果实七岛后，小智三人继续以橘子联盟为目的踏上海上之旅，他们坐在乘龙的背上欣赏着沿途的美景，到目前为止小智已经获得了两枚橘子联盟徽章了，小智看着挂在衣领上用贝壳打造的两枚徽章十分开心。
一旁的小霞和小健都十分艳羡，用贝壳打造的徽章更具一股独特之美，而小智只剩下再获得两枚徽章便能参加橘子联盟大赛了
很快他们就看到了前方的小岛-斯达奇岛，而天色也要很晚了，小智便让乘龙停靠在这座小岛上休整。
到了这座小岛的宝可梦中心时已经是深夜了，小智正与大木博士通电话
“大木博士，你还好吗？我最近传过去的宝可梦还好吗”听到小智这么说的大木博士不由露出了幽怨的眼神
“好你个小智，你不知道把我害的多惨，你传回来的卡比兽实在太大了，我费了老半天尽才把它安置好，但是最关键的是它实在太能吃了，都快要把我吃穷了”大木博士对着影像中的小智大吐苦水
小智尴尬一笑：“哈哈哈，大木博士，辛苦了。那水晶大岩蛇呢”
一说到水晶大岩蛇，大木博士又立马精神了
“你传回来的那只大岩蛇实在太有研究价值了，竟然是水晶做的。我将它安置在后院的水池中了，没想到小智啊，你的运气这么好啊。这么珍稀的宝可梦你都能碰到”大木博士说着说着自己也艳羡起来了。
“我现在就天天在研究你传过来的那只大岩蛇，发现了一些线索。相信不久就能有所突破，这都多亏了你给了我这么好的研究对象啊”大木博士慈爱的望着小智
“哈哈哈，大木博士，瞧你说的，我的宝可梦都需要你的照顾，把它们交给你我放心。你想怎么研究就怎么研究，但你一定可要注意身体哦”小智关心大木博士，他十分了解大木博士，遇到感兴趣的课题一练就是四五天的通宵达旦，如果不是妈妈花子帮忙照看的，说不定他都要回来吃席了。
小智又和大木博士交代了些消息，知道了斯达奇岛的宝藏和300年前的冠军奖杯。他们决定要去参观一下，小智和大木博士挂断电话后便和小霞与小健出发了
第二天小智他们想要参观博物馆，当他们来到博物馆门前时，只见里面已经是围的水泄不通了，警察联盟也派出了警察拉出了警戒线警戒他人靠近，同时在周边布置了警力。
小智三人看到怎么突然摆这么大阵势，难道是出大事了，他们凑近到人群中去。看到了君莎小姐，君莎小姐面色沉重，她正在四处打量、搜寻可疑的人和盗贼留下的线索
小智他们从人群里议论纷纷的讨论中得知了古代冠军奖杯被偷的消息，他们都非常震惊，到底是谁吃了熊心豹子胆，胆敢在君沙小姐他们警察的眼皮子底下偷窃。
冠军奖杯是昨晚被偷窃的，目前警方发现的唯一线索就是拿着奖杯的盗窃者跌倒在地面上留下的人形凹痕，小智远远望去发现这个人形跟小次郎长的十分相似，怀疑可能是火箭队他们盗走了奖杯。
没有看到奖杯，小智他们只能遗憾的离开，在回程的路上他们还在念叨想要目睹冠军奖杯的真面目，可惜奖杯被偷走了。
在行走间小智发现了躲在树丛里睡觉的火箭队，昨晚就是他们盗窃的奖杯，在将奖杯成功偷出后他们不敢住旅店，生怕引起警方的注意，所以他们躲在这片树丛中睡觉。
小智在他们身边发现了冠军奖杯，这个时候火箭队也被惊醒了，他们发现小智要抢他们偷过来的奖杯，和小智等人争执起来，同时趁乱抱着奖杯逃跑。
小智他们在后面一路追赶，火箭队他们开走了一艘海刺龙做的船，这艘船采用人力发动，火箭队便使用脚踩着控制装置，当做发动机让它前行。
他们行驶在一望无垠的海面上，后面的小智看到火箭队他们逃向大海，便派出了乘龙，他们骑乘在乘龙身上一路追赶。
很快海上出现了大雾，他们全部都被大雾笼罩，分辨不清方向，这时对面出现一艘破旧的帆船，这艘船已经千疮百孔，锈迹斑斑，船上的桅杆和帆布都已经泛黄并破败不堪。
火箭队和小智他们都发现了这艘船，武藏和小次郎他们提前登船，他们看到这艘船空无一人，船里锈迹斑斑觉得这可能是艘幽灵船。
正如他们所猜测，这艘船正是幽灵船，他们看见了白布铺成的白色幽灵，他们被吓呆了，他们掉进了船坞中。
后面的小智等人也登上了这艘幽灵船，小霞不小心踩空，波克比掉进了船坞中，小智他们十分担心，便也跳进船坞中，进入船坞寻找着波克比
首先跳进船坞的火箭队二人遇到了两只穿着白布的幽灵宝可梦，它们发现了火箭队，抢走了火箭队背后的奖杯，它们只在意奖杯并不会索人性命。
火箭队的奖杯被它们抢跑了，他们想要反击但是都被它们给吓跑了。另一边的小智等人正在搜寻着波克比，小健派出了他的玛丽露，靠着它灵敏的耳朵发现了波克比的位置，他们顺着声音终于找到了波克比
那几只披着白布的幽灵也出现在了波克比身边，它们围着波克比转，小智他们发现了这些幽灵围着波克比，小霞十分紧张波克比会受到伤害。
她派出了海星星，使用水枪攻击，水枪技能击飞了盖在幽灵身上的白布，它们的真面目露出了，正是鬼斯、鬼斯通，它们在逗弄着面前的波克比，陪着它玩。
小智发现了桌上放了冠军奖杯，想要将它拿走。突然遭到了鬼斯和鬼斯通的阻拦。
鬼斯和鬼斯通怕小智误会，控制了火箭队那只会说话的喵喵，说着它们和这艘船长的故事，这个冠军奖杯正是船长的最珍贵的宝物，可是船长先生在出航那天遇到了暴风雨，去世了。
这艘船也沉入了海底，冠军奖杯一直在这艘船中，可是突然被闯入者给夺走了，它们两个也从精灵球得以出来，为了夺回它们主人生前最爱的冠军奖杯，它们用超能力将船浮出水面，就为了有一天能够夺回冠军奖杯
所以说什么也不会将它给交出来的，小智三人被它们感动了，没想到还有这么忠心的宝可梦，他们表示会保守秘密。
听到这么说，鬼斯它们也放心了，让船飞上了天空消失在天边，它们要找个无人的地方，保护它们主人最珍贵的宝物。
小智三人远远的望着，祝福它们。而小智他们也将继续踏上旅程
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