四、效力上刚性不足
《规定》第14条规定，进行调查核实，不得采取限制人身自由和查封、扣押、冻结财产等强制性措施。从权力运作手段上来看，调查核实只能依托诸如查询、调取、复制卷宗材料；询问当事人；委托鉴定、审计等柔性执法方式，缺乏强制力。
另外，从检察建议法律后果来看，如果对方单位拒不配合整改落实，检察机关也只能采取报告、通报等方式，只有公益诉讼检察建议可以通过后续的起诉手段来制约这种不配合整改的行为。在这种背景下，加之强调检察建议的回复率，就容易造成检察机关与被建议单位就回复问题上达成协商意见或者作出部分妥协，这无疑削弱检察建议的权威性。
另外，从民事再审检察建议来看，尽管其和抗诉在监督方式上属于平级，但是效力相差很大，抗诉必然能启动再审程序，但是检察建议并不必然启动再审，且由于两者适用范围不同，在法院不接受检察建议情况下，也不宜直接以抗诉手段来替补。因此在缺乏保障机制情况下，检察建议就会陷入尴尬境地。
五、衔接配合缺乏有效指引
首先，从内部衔接上来说，根据上述规定要求，检察机关法律政策研究部门在检察建议书签发前负责对文书的必要性、合法性、说理性进行审核。但是实践中检察建议制发的数量越来越多，研究部门仅凭对文书的形式审查，也难以发现真正的问题，备案审查实则是对格式规范的审查，无法起到指导性和意见补足功能。
其次，从外部衔接来看，对于不同检察机关之间以及检察机关与相关部门之间的配合协作，由于缺乏规范指引，在具体操作上不可避免会出现问题。比如实践中早已出现两地检察机关共同制发检察建议的情况，但是检察建议书对此如何表述？两地检察机关角色如何定位和分工、监督落实由谁推动、责任如何分配等问题尚无定论，由于缺乏法律依据，异地检察机关不愿配合的话，就只能层报共同上级检察机关，浪费大量的司法资源，造成程序衔接的错乱和异化。
六、监督结果缺乏实效化考评
检察建议工作的开展，很大程度上依赖于考核指标，而考核过于注重检察建议的制发数量，对于检察建议的质量、效果如何进行评估，并没有具体严格的规定，实务部门往往仅关注检察建议的回复率情况，并且书面审查为主，在对回函未加以严格审查情况下，不可能发现被建议单位整改措施是否真实有效等问题。
至于在检察建议收到回函后，是否再进行回访和评估更是只能靠基层单位自行落实和推动，即使检察建议推动涉案单位堵漏建制成效显着，甚至可以说优秀的检察建议能够推动某个行业的深层治理，形成行业的规范标准，补足行业短板，但是如果没有一个科学合理的评判标准及考评因子，承办人员的主动性就需要怀疑。况且一般检察建议的回复期限为两个月，在较短时间内承办人员在沉重的办案压力下也很难有时间落实回访工作。
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