通过以上分析，我想我们从制度上已经基本可以清楚司礼监掌印太监和内阁首辅谁的权力大了，仅仅是从制度而言，毫无疑问是内阁首辅的权力要大一些的，但是很多时候，单纯从制度而言，是不符合现实情况的，尤其是在封建王朝中，我们永远不能忽略掉大臣与皇帝之间的个人关系。
从个人关系层面来看
一般情况下，明朝的内阁首辅都是皇帝的老师，比如张居正就是万历皇帝的老师，而司礼监掌印太监是直接负责给皇帝盖章的，所以与皇帝之间的关系也很好，从这样的角度来看，司礼监掌印太监与内阁首辅和皇帝的关系，似乎都很不错，可是这仅仅是表面现象而已。
我们经过深层次剖析之后，一定会发现一个不可争论的事实，那就是皇帝和司礼监掌印太监或者司礼监秉笔太监之间的关系亲近程度，远远超过与内阁首辅之间的亲近程度，为何会造成这种现象呢？
第一个方面就是司礼监的出现本来就是皇帝用来限制内阁首辅的，所以皇帝对司礼监的信任程度一开始就要高于内阁首辅，和司礼监的老大掌印太监之间的关系当然就更加好了。
第二个原因是内阁首辅经常扮演皇帝老师的角色，所以皇帝天生就对司礼监尊重多于信任，那种亲近程度绝对不可以和司礼监相比，就像我们平时和老师之间的亲近程度，一定是比不上自己和跟随自己的小弟之间的亲近程度的。
再加上内阁首辅需要辅佐皇帝处理政务，在国家大事上，两人会产生分歧，明朝的内阁首辅，一言不合就敢直接怼皇帝，因此皇帝对内阁首辅，或多或少会产生一些不满或者是恐惧心理，亲近程度当然是直线下降的。
这也就是张居正在死后会被清算的原因之一，而现在的杨廷和估计也是好不到哪里去的。
作为大明内阁首辅的张居正，生前权倾朝野，荣耀之极。为了挽救大明王朝，呕心沥血，奉献一生。万历皇帝都不直接叫张居正的名字，而是称呼“先生”或“元辅”。
他还曾赐给张居正两幅大字，上书：“社稷之臣”、“股肱之佐”。赐一幅对联：“志秉纯忠，正气垂之百世。功昭捧日，休光播于万年。”
可是就在张居正死后没多久，他就遭到了清算。他的改革措施大部分被废除，所重用的大部分人被贬官或罢黜，张居正本人也被追夺了所有官阶，上柱国、太师兼太子少师等荣誉称号，文忠的谥号也都被剥夺了。最后甚至被抄家，家属或饿死或流放或自尽，张居正也差点被开棺鞭尸。
张居正被清算的原因之一就是因为张居正功高震主，侵夺皇权，且对万历管教严格，最终引起了万历皇帝的强烈不满。
张居正要进行大刀阔斧的改革，那就必须要集中权力。他趁万历皇帝年幼，自己为先皇任命的辅政大臣，而且又获得了李太后的高度信任的便利条件，集大权于一身，几乎是以相权代行皇权，这保证了他改革措施的顺利推行，但同时也为他死后被清算埋下了祸根。
在君主专制体制下，君臣之间的权力是零和博弈，大臣的权力多了，君主的权力就会变少，臣子揽权揽的是什么权，是皇权。而最高权力的拥有者只能是皇帝一个人，其他人谁都别想染指，否则就是死路一条。古代无数的事实，都在告诉人们一个道理：“臣子执威权未有无祸者。”
在万历皇帝年幼的时候无法处理政事，对张居正言听计从，十分尊重。
加上在宫廷中，万历的母亲李太后与最信任的太监冯保与张居正结成了政治同盟，从中斡旋，所以万历与张居正的君臣关系一开始还是很好的，双方并未爆发冲突，度过了一段蜜月期。
但是随着万历皇帝的长大，尤其是在万历六年大婚之后，万历自主意识逐渐加强，他希望在处理政务上自己能说了算，他不想再继续做一个有名无实的空壳皇帝了。
可是张居正仍然大权独揽，在大政方针上，说啥是啥，万历就算有不同的意见，也只能忍着，被迫同意张居正的想法做法。
张居正总是觉得万历太年轻了，处理政事没经验，对万历那是采用手把手的方式教他做皇帝。于是，万历开始不满于张居正的所作所为，不满于自己的权力被剥夺。
除了政务外，张居正作为万历的老师，对万历的私生活管教十分严格，更是引起了万历的强烈不满。
张居正之前经历过嘉靖、隆庆两位皇帝，这两人刚登上皇位的时候，朝野内外都对他们寄予厚望，希望他们可以将大明拨回正轨，但最后其所作所为令人失望透顶。
我相信这影响了张居正，他特别希望万历能成为明君，所以管教十分严格、还管得特别宽。
对于万历的一些贪图享乐的不合理要求，张居正往往会严词拒绝、上书劝谏。万历从小就喜欢书法，张居正却多次要求万历不要在书法上下功夫，应该多看奏章、多学习治国之道。甚至在房事这么私密的事情上，张居正都干预，劝说万历要节制。
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