晋军乘胜追击，秦军没命的溃逃，被挤倒的、踩死的士兵，满山遍野的都是，那些得以侥幸逃脱的兵士，一路上听到风声和空中的鹤鸣声，就以为是晋军的喊杀声，吓的不敢停下来，也一路狂奔。
经此一战，秦军战死四万余人，被俘七万余人，俘虏前秦宗室四人，分别是前秦太子苻宏、平原公苻晖、东海公苻阳、清河公苻敷，前凉后主张天赐、仇池国末代君主杨纂也一并被俘，斩杀前秦大将王统、朱肜、毛当、徐成、杨安等重要将领十余人，晋军取得了辉煌的胜利。
在桓温在青衣江取得辉煌胜利的同时，宁州刺史孙恩派出的两万宁州兵在孙绰的带领下也已抵达汉嘉郡附近，准备对秦军占据了广汉郡发动进攻，退守巴西郡的益州刺史桓云也率领仅存的益州兵重新占据了剑阁，截断了秦军通过剑阁退回梁州的打算。
更为关键的是，青衣江之战极大的鼓舞了益州境内的汉族武装，他们纷纷行动起来，利用各种机会不间断的打击秦军，使秦军即便撤退也始终处于一种被动挨打的局面，以至于在苻坚逃跑的过程中，看到两旁高山上的草木，也影影绰绰的就以为是满山遍野的晋军士兵，因此只能继续昼夜不停的逃跑，就这样一路跑一路被汉族武装截击，再加上一路上谎不译路、风餐露宿、饥寒交迫，冻饿而死的秦军士兵又有十之七八，等逃回成都时，原本拥兵二十万的秦军，只剩下不到七万余人。
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