光阴似箭，日月如梭。
自铁心渡劫完成，到再次前去神兵小将世界过去了两个月时间。
而南宫问天一行人则是回到了南宫城，问雅和玉灵龙重回故乡，十分雀跃，问天想到快要救出父亲，亦充满斗志。
在回到南宫城以后，问天一行人解决了飞龙一族的危机，将天蝎将军赶跑，净化了毒蝎子。
而后问天却在南宫城门口遇到了被天地盟主洗脑魔化的巨灵龙与东方铁心，问天因顾及巨灵龙，铁心，凤凰的安危无法使出全力，败在铁心与凤凰手中，被十方明亮所救。
在这之后，问天一行人遇到了养伤回来南宫城的三叔，被三叔指点，知道了南宫城之外有一只野生的神兵兽神舞，能唤醒过往美好的记忆，随即问天一行人便去寻找神舞。
问天一行人来到神舞所在的仙音林，阿孝以音乐吸引出了神舞，遭遇天地盟主手下与魔兽攻击，问天因神舞引导，领悟出了自信力量，将天晶变为旋风天晶。
后重新回到南宫城，以神舞唤醒了前来的铁心与凤凰，然后便遇到了双刀螳螂前来阻止问天一行人，问天与铁心两人合力也没有击败双刀螳螂，即将被刀芒所伤之时。
在东方海恢复元气的惊邪出现，与双刀螳螂大战，最后变身神兵惊邪打败了双刀螳螂，由问雅净化了双刀螳螂。
夜晚问天等人休息，神舞演奏音乐唤醒众人美好的回忆，但问天因为太兴奋而无法睡觉，出去走动。
结果却遇到了被天地盟主魔化洗脑的南宫逸，因自己不想伤到南宫逸，迟迟没有还手，即将被南宫逸带走之时，天晶兽赶来阻止了南宫逸，随后与问天一起变身。
但问天怕天晶威力太大伤到南宫逸，无法发挥出实力，被南宫逸击败。
之后众人赶来，让神舞唤醒南宫逸，但天地盟主却让南宫逸戴上免疫神舞乐声的耳塞，使得神舞也无法唤醒南宫逸。
南宫逸见问天一行人多势众，唤来了巨灵龙，跳上巨灵龙之后，告诉问天前往元首宫来与他决战，之后不战而退。
问天等人回到南宫城，问雅净化南宫城中的所有魔兽，而阿雪用神农尺恢复所有受伤的人与神兽的伤势。
最后问天经过东方雄，铁心与天晶兽的鼓励，重新焕发斗志，决定前往元首宫，打败天地盟主，救回南宫逸与巨灵龙。
神舞与凤凰请来了她们的神兽朋友，大鹏鸟，带着问天他们去往元首宫。
大鹏鸟的速度很快，有诗赞曰：大鹏一日同风起，扶摇直上九万里。
前往元首宫的路上，有天地盟主的魔兽军团来阻止问天一行人，但被问天，阿孝，惊邪一起打败，最后来到了元首宫。
天地盟主关闭元首宫大门，要求问天一行人去往元首宫东南西北四个副殿，打败里面的守殿之人拿到钥匙才能进入元首宫。
问天等人为求速战速决，兵分四路，各自前往一个副殿打把守殿之人，获得钥匙。
第一副殿由问雅，西门孝，小太虚前往，守殿之人是凶阎王与催眠怪猫。
第二副殿由北冥雪，十方明亮，神农兽前往，守殿之人是绝天机与隐形变色龙。
第三副殿由东方雄，东方铁心，凤凰，惊邪前往，守殿之人则是天地盟主的手下，接替喜无常职位的怒无常与铁壳甲虫。
第四副殿则是问天，天晶兽，玉灵龙，神舞，三叔前往，守殿之人是南宫逸与巨灵龙。
四大副殿中，众人先是被击败，但玉龙国元首，心灵传音，告知众人以自身的智慧战胜了对手。
第一副殿中，凶阎王让催眠怪猫催眠了西门孝与小太虚，但问雅以手中笛子，吹奏音乐唤醒了西门孝与小太虚最后击败了凶阎王与催眠怪猫，拿到了第一把钥匙。
第二副殿中，隐形变色龙隐形来对付阿雪与十方明亮，神农兽，先是将他们击倒，但阿雪叫十方明亮发光，直接打破了变色龙的隐形方法，随即打败了绝天机与隐形变色龙，拿到了第二把钥匙。
第三副殿中，怒无常命令铁壳甲虫对付铁心他们，惊邪变身应战，但没有起效果，最后商议出办法，让凤凰操控水，将铁壳甲虫与怒无常淹没，最终击败了二人，拿到了第三把钥匙。
第四副殿中，问天变身旋风天晶，使用旋风将南宫逸与巨灵龙困住，让玉灵龙将南宫逸和巨灵龙身上的耳塞取下来，而后让神舞变身，唤醒了南宫逸美好的回忆，使其恢复本性。
其余小队之人，则来到第四副殿之中，与问天等人汇合。
东方雄询问南宫逸第四把钥匙的下落，但天地盟主却没有将第四把钥匙交给南宫逸，众人见此，出了第四副殿，来到了元首宫大门前。
当到达元首宫大门前之时，天地盟主的手下，炎神王带着魔兽烈火大象出现，阻拦问天他们。
南宫逸挺身而出，与之大战，却被烈火大象打出元首宫，掉落万丈深渊。
而这时，南宫铁心正好自东方海赶来，途中又遇到了西门豪，北冥正，北冥雷，太虚兽，将之邀请进入永恒天舟。
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