命左右将刘亦推出斩首。刘遐得知刘隗逃回淮阴，于是发兵一千攻刘隗，刘隗人马不足百，向后赵遣信归降，石勒同意，刘隗只得率家人亲信投奔后赵。
元帝司马睿得知王敦军所剩两万，而京师周围可用兵卒不足三千。问朝中所剩之人谁能带话于王敦，无人敢去。靳阳淳请奏让他去，于是晋元帝司马睿派遣靳阳淳前去，去转告王敦自己要对他说的话。靳阳淳至王敦处，钱凤说前来归附又一人。
王敦出城靳阳淳看到王敦本人喊道：“我代陛下传话！”
王敦说：“请言！”
靳阳淳说道：“公若不忘晋，从此息兵，还可共安天下。如不能共安，当归琅琊，以避贤路。”
王敦听闻，喜悦之情全无。听从钱凤建议，大赦天下。王敦自己任命自己为丞相、录尚书事，封武昌郡公，食邑万户，总百揆，揽朝政。
王敦总揽朝政，要肃清刁协、刘隗党羽，流放官员二十人。
王敦找不到刘隗，于是面见魏宗，王敦问道：“先生知霍乱天下者于何处也？”
魏宗算了一卦说道：“刘将军已经归赵。”
王敦说道：“归赵？逆贼刘隗，悖逆陛下，罪该万死！”
魏宗看了王敦一眼说：“王州牧你悖逆陛下，罪大恶极，逼迫朝中忠臣，悖逆天下，乱城贼子！”
王敦说道：“先生不妨算一卦，我与何日而去？”
魏宗算了一卦说道：“两年之内！”
王敦说到：“先生不妨给自己算一卦，什么时候死？”
魏宗说道：“此时此刻！”
王敦喊道：“来人，将魏先生请入江河！”
王敦将魏宗投湖淹死。又命人搜捕戴渊、周顗、熊远。
因戴渊、周顗、熊远素有人望，将三人收捕。王敦任用王导为尚书令。
堂弟王彬痛哭流涕，劝王敦不要杀周伯仁，王敦说道：“不杀此人，何以安天下？”
王彬说道：“不可杀，你若杀之，我必逆汝！”
王敦没理会王彬。
王敦去拜访王导。
王敦询问王导：“周顗做三司，可有担忧？”王导不回答，只是拿绢布擦鼻子。
王敦又问：“不做三司，可做尚书令、尚书仆射？”
王导依旧沉默不语。
王敦自认听懂王导之意，便对王导说：“如不为官，那便杀之。”
王导还是沉默。王敦看王导不言，说道：“汝二人速来为友。如今封官不言，定要我杀之。”
王导冷冷的看向周伯仁，伯仁看向王导突然大笑。又说道：“我今去之，你当策辅晋室，以诛不臣！”
王敦听后，便将周伯仁三族处死。
王敦又命熊远打开粮库。
熊远说道：“恐我难以效力！”
王敦说道：“为何？”
熊远说：“我乃忠臣，断然不会奉逆贼之命！”
王敦冷笑一声，抽出剑来，一剑斩了熊远。
熊远被杀时年五十四岁。
而与此同时，沈充攻入吴郡，杀吴郡内史。占领吴郡，威胁朝廷。
二日，王导直入内廷，王导去御史处查看上疏，在案牍上发现了周伯仁奏表，仔细查阅。得知周伯仁是为王导开脱罪名，而并非有害自己。王导拿着周伯仁的表书。
痛哭道：“我虽不杀伯仁，伯仁由我而死，幽冥之中，负此良友。”
甘卓一路走走停停，快至武昌时。王敦以朝廷的名义发出驺虞幡，命甘卓退兵。甘卓担心继续进攻武昌会逼得王敦劫持天子，遂下令撤军。乐道融与都尉秦康都认为应继续进军，并建议甘卓分兵截断彭泽湖口，断绝王敦在建康与后方武昌的联系，然后一鼓解决王敦。甘卓优柔寡断，犹豫不决。
甘卓说道：“早知王敦必胜，众卿误我啊！”
于是率领部众撤回梁州。随后，王敦又对朝廷官员及军镇将领多有贬谪或更换。
王敦当时驻兵石头城，一直不肯到台城朝见司马睿。长史谢鲲试图劝说王敦，让他朝见天子，以除君臣隔阂。
但王敦却担心入朝生变，竟回镇武昌，遥控朝政。魏乂攻破湘州，擒获司马承，将其用槛车解送武昌。王敦命荆州刺史王廙在半路将司马承杀害，司马承临死前说到：“贼人王敦，必死于非命！”说完王廙斩司马承。
同时又指使襄阳太守周虑袭杀甘卓，甘卓祈求周虑，说道：“府君放我离去，可得财货无数！”
周虑说道：“我受王敦之意，袭杀汝众。汝率军一方，却迟滞不前，至使天子蒙难，我必杀之。”说完斩甘卓。
王敦至此得湘州和梁州二地。
王敦攻入建康见到王导，对王导说：“那时不听我言，致使今日免冠。”
刘隗、刁协、戴渊相继杀逐以后，皇权旁落，王敦欲篡政夺权。
王导对王敦说道：“如此汝座实反贼之名！如逆贼王莽，皆实我当首起义兵以诛不臣！”
王敦被王导气势吓到说道：“绝无此意，仅为诛刘隗等人。”
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