在此之外，秦代还有一些比较重要的官职，比如博士—“掌通古今”，即通晓古今史以备皇帝咨询，同时负责图书收藏；典属国——与典客一样主管少数民族事务，不同的是典客掌管与秦友好的少数民族的交往，而典属国则负责已投降秦朝的少数民族；詹事——管理皇后和太子的事务。秦王朝建立的这套中央集权机构的政权机构，以后一直被历代王朝所仿效。
秦始皇灭六国后，采纳李斯的建议，废除分封制，改行郡县制。地方行政机构分郡、县两级。郡县主要官吏由中央任免。郡设守、尉、监（监御史）。郡守掌治其郡。郡尉辅佐郡守，并典兵事。郡监掌监察事宜。秦始皇把全国分成三十六郡，以后又陆续增设至四十一郡。
县，万户以上者设令（县令），万户以下者设长（县长）。县令、县长领有县丞、县尉及其他属员。县令、县长主要管政务，县尉掌握军事，县丞掌管司法。县以下设乡，其主要职能有四：1.摊派徭役；2.征收田赋；3.查证本乡被告案情；4.参与对国家仓库粮食的保管工作。
乡设三老掌教化，啬夫掌诉讼和赋税，游徼掌治安。乡下设里，是最基层的行政单位。里有里典，后代称里正、里魁，以“豪帅”即强有力者为之。里中设置严密的什伍户籍组织，以便支派差役，收纳赋税。并规定互相监督告奸，一人犯罪，邻里连坐。此外还有掌管治安、盗贼的专门机构，叫做亭，亭设亭长。亭除了主要管理治安，还负责接待往来的官吏，掌管为政府输送、采购、传递（文书）等事。
韩国的实力在六国中最弱，但地理位置却是秦国统一道路的最大障碍，秦始皇首选的攻击目标为韩国。始皇帝十六年（前231年），韩国南阳郡“假守”（即代理郡守）内史腾，向秦献出他所管辖的属地。内史腾被秦王政任命为内史，后又派他率军进攻韩国。内史腾于始皇帝十七年（前230年）俘获韩王安，韩国灭亡。
始皇帝十八年（前229年），秦始皇派王翦领兵攻赵。赵国派李牧、司马尚率兵抵御。王翦用重金收买了赵王的宠臣郭开，要他散布李牧、司马尚企图谋反的流言。赵王轻信谣言，派赵葱和颜聚替代李牧，此后李牧被杀害。秦王政十九年（前228年），秦军攻破邯郸。不久，出逃的赵王迁被迫降秦，赵国实际上灭亡了。但是公子嘉却带着一伙人逃到代郡（河北蔚县），自立为王。后秦军在始皇帝二十五年（前222年）灭燕国之后将其俘虏。
始皇帝二十二年（前225年），秦始皇派出年轻将领王贲，率军围攻魏都大梁（河南开封）。由于大梁城防经过多年修建，异常坚固，秦军强攻不下。王贲想出了水攻的办法。秦军大批士卒被安排去挖掘渠道，将黄河、鸿沟的水引来，灌注到大梁。三个月后，大梁的城墙壁垒全被浸坍，魏王假只得投降。魏国灭亡了。
始皇帝二十四年（前223年）秦军攻占楚都寿春（安徽寿县），俘虏了楚王负刍，楚国灭亡。始皇帝二十五年（前222年），刚在南方灭楚的大军，又乘胜降服了越君，设置会稽郡。于是，长江流域全部并入秦的版图。
始皇帝二十一年（前226年），秦军攻下燕都蓟（北京市），燕王喜与太子丹逃亡辽东郡。秦将李信率领秦军数千人，穷追太子丹至衍水。太子丹因潜伏于水中幸免于难。后来，燕王喜经过权衡利害关系，派人将太子丹杀掉，将其首级献给秦国，想以此求得休战，保住燕国不亡。燕王喜逃到辽东以后，秦军主力就调往南线进攻楚国。始皇帝二十五年（前222年），王贲奉命攻伐燕国在辽东的残余势力，俘获燕王喜，燕国彻底灭亡。
始皇帝二十六年（前221年），秦始皇命令王贲挥戈南下，攻打东方六国中的齐国。王贲南下伐齐，几乎就没有遇到过什么抵抗。王贲率军长驱直入，来到临淄，齐王建与后胜马上向秦投降。齐国灭亡。
始皇帝二十六年（前221年），秦始皇完成了统一中原的大业之后，经过一系列的准备，始皇帝二十八年（前219年），秦始皇命大将屠睢率50万大军，发动了南征百越的战争，这场战争是秦朝诸战中最艰难激烈一仗。秦军共分五路，一路攻取东瓯和闽越，两路攻南越，其余两路攻西瓯。
《淮南子·人间训》记载了秦始皇南征百越的艰难历程：“使尉屠睢发卒五十万为五军……三年不解甲驰弩，使监禄无以转饷；又以卒凿渠而通粮道，以与越人战，杀西呕君译吁宋；而越人皆入丛薄中与禽兽处，莫肯为秦虏，相置桀骏以为将，而夜攻秦人，大破之，杀尉屠雎，伏尸流血数十万，乃发适戍以备之。”秦军兵分五路，经广西北部的越城岭、湖南南部的九嶷山以及江西南康和余干等地，向两广地区的越族进军。战争前后相持达三年之久。
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