董卓大怒：“尔要试试吾宝剑是否锋利吗？”
袁绍拔剑对峙道：“我剑也未尝不利。”
然后绍拿着佩刀作揖而去。董卓知道袁绍的声望地位，也拿他没办法。董卓将废立之事汇报给太傅袁隗，袁隗同意，袁绍因而弃官逃亡至冀州勃海郡。
八月三十日，董卓在朝会上提出废立之事，并以霍光事为例，自比田延年（谁反对就立刻处死），满朝文武只有尚书卢植站出来抗辩，董卓被顶撞得无言以对，气得罢会。后来董卓还想寻找机会杀害卢植，但被蔡邕、彭伯（或作：彭伯群）劝阻，卢植则弃官逃亡。
九月一日，尚书丁宫在崇德前殿主持废立仪式，太傅袁隗将刘辩扶下御座，解除玉玺印绶并转交给刘协，然后扶刘协正式登基，是为献帝。紧接着，董卓让尚书宣读策文，并弹劾何太后害死董太后的罪责，将其迁入永安宫。九月三日，何太后被毒杀身亡。董卓不允许朝廷为何太后举办丧礼，而是让刘协到雒阳城内奉常亭表示哀悼，公卿大臣们穿白衣上朝三天。
九月十二日，朝廷遥封远在幽州的幽州牧兼太尉刘虞为大司马（上公之位），董卓由司空改任太尉，兼领前将军，加节，赐斧钺、虎贲，更封郿侯。
九月末，董卓与司徒黄琬、司空杨彪一同携带鈇锧到朝堂上书，要求为建宁元年（168年）九月政变时，被政治定性（诬陷）为叛贼的陈蕃、窦武以及次年（169年）在“第二次党锢之祸”中被捕遇害的众多党人平反。刘协（袁隗）准奏，恢复陈蕃等人的爵位，并提拔他们的子孙为官。
董卓亲近周毖（周慎之子），伍琼，原大将军府官员何颙、郑泰也成为其幕僚。董卓在幕僚们的建议下，亲近士人，征召名士（如：荀爽、韩融、陈纪）入朝为官，其中，蔡邕成为董卓最信任的幕僚。
同时，董卓又选拔大量名士（如：韩馥、刘岱、孔伷、张咨、孔融、应劭、张邈）担任地方太守等要职，甚至不计前嫌，对厌恶自己而弃官而走的袁绍、王匡、鲍信等人授以太守，以示和解。
十月三日，董卓趁着何太后遗体下葬的时候，开启文陵（汉灵帝陵墓）时，使人偷取其中珍宝。
董卓仗着军权的威势，放纵士兵在雒阳城内劫掠富户，搜刮财物，奸淫妇女。
十一月一日，董卓自拜相国，有“入朝不趋，剑履上殿”的特权，自此董卓在朝廷中的权势已经如日中天。董卓又封自己的母亲为“池阳君”，设置令、丞。
董卓性格残忍，好用刑法立威。侍御史扰龙宗拜见董卓时忘了解除佩剑，董卓借题发挥，下令将其活活打死；又指使人将何太后的母亲舞阳君杀害，甚至将何苗的遗体从坟墓中挖出来肢解扔在园林之中。大司农周忠的儿子周晖听说雒阳变故，故至雒阳，董卓非常厌恶他，派兵将其劫杀。
张扬、曹操、卫兹等人都在地方招兵买马，试图对抗董卓执政，东郡太守桥瑁甚至伪造三公文书散发到各地州郡政府，陈述董卓罪恶，呼吁各地起兵反董，恢复刘辩的帝位。
初平元年（190年）正月十二日，董卓使弘农王郎中令李儒毒杀刘辩，以断绝桥瑁等反董联军的政治企图。
广陵郡功曹臧洪说服太守张超，联合其兄陈留太守张邈一同举兵，兖州刺史刘岱亦加入，在酸枣举兵，自此关东反董之势如野火燎原。
初平元年（190年），关东各州郡政府官员推举袁绍为盟主，领车骑将军，讨伐董卓。反董势力分为三处：酸枣联军为兖州、豫州两路人马；河内联军为冀州人马；鲁阳联军为荆州人马。
二月，董卓提出迁都长安的计划，太尉黄琬、司徒杨彪因为反对而被免职。他同时又借此杀害周毖、伍琼以泄愤，但他不久又后悔了。
董卓担心据守长安的京兆尹盖勋和左将军皇甫嵩响应反董联军，故将二人征入雒阳。皇甫嵩到任后，董卓因为旧怨，便指使他人陷害其入狱，欲致其于死地；皇甫嵩之子皇甫坚寿与董卓关系不错，于是亲自求见董卓，替父求情，董卓这才答应释放皇甫嵩。
二月十七日，东汉朝廷迁往长安，三月五日，刘协入长安未央宫。董卓则留守雒阳毕圭苑中，对抗关东联军。由于是强迫迁都，董卓动用军队驱赶雒阳居民，导致大批百姓丧命，兰台（东汉政府的图书馆）的藏书也在途中损失大半。他则在雒阳放火焚烧宫殿、官府、民宅，趁机搜刮财物，又指使吕布挖掘帝王、公卿大臣的陵墓获取珍宝。
三月十八日，长安朝廷将太傅袁隗、太仆袁基灭族。四月，遥拜大司马兼幽州牧刘虞为太傅，然而道路断绝，诏书不至。
六月，长安朝廷派出韩融为首的使者团，分为两路，试图劝袁绍、袁术罢兵，二袁不听。
酸枣联军在曹操、鲍信等人带领下，试图占领成皋县，董卓派徐荣率军迎战，在荥阳汴水旁大败联军。十一月，董卓率军渡过孟津，击败河内太守王匡军。此时，孙坚领荆州、豫州军北上雒阳，在梁县东，被徐荣击败。
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