在新内阁成立后不久嘉明又对国家安全委员会进行了大规模的改组，秘书长的权力被削弱不再拥有统兵权及一般决策权（也仍须报紫辰殿备案）只是负责召集和协调军方系统与内阁各部门的配合与协作，以及各军兵种之间的协调；但由于新任秘书长楚天雄兼任内阁副总理和国防大臣，因此他实际上所掌握的权力并不比前任小多少！不过由此可以看出天佑皇帝对军权的看重和对权力过度集中的警惕。
对国安会的改组主要是侧重于继续深化军队改革，即军队‘皇家化’！也即是无论何时何地军队都只能忠诚于帝国皇帝！为此嘉明还大刀阔斧地推进调兵权与指挥权的分离，国防部及其所属的陆海空三部和战略导弹司令部拥有对各大军区各兵种的统一调兵权；而指挥权则归属于总参谋部！另外同样直属国安会的总政战部被赋予了指导全军政治思想领域（宣传教导军队必须无限忠诚于帝国和皇室）的一系列权力！至于总后勤部则将所有与生产营运有关的东西全部剥离改以竞标采购的方式专门负责对军队的所有物资和武器装备的保障供给，由此也大大减少了军队权力寻租产生腐败的空间。
国安会另一个最重要的组成部分就是情治谍报单位－－－国安部，嘉明将之前的国防情报局等分散于各部门的这些谍情局统一划到国安部名下并按对内归属国安总局，对外则归属帝国情报总局。
嘉明还将原警政署升格为挂靠内政部的警政总局，并加大了警察在处置反恐和危害公共安全罪行等方面的权力，比如临时突检各类公共场所和随机抽查街上行人的身份证明等等；但此举就招致远避海外的人民党和一些异见人士的抨击，指天佑皇帝和他的朝廷践踏人权并加强独裁！嘉明却丝毫不为所动地又作出一个大举动：将原属各州的治安部队统一编为直属国安会的内卫部队！同时又从身边银衣卫和紫衣卫中抽调优秀人才到各州担任其内卫部队的司令官，此举无吝于再次加强了朝廷的中央集权并大大削弱了地方分裂势力。
由于之前因应官场腐败而设立的帝国特别调查委员会成立之初效果十分显着，天佑皇帝曾对它寄予厚望认为举凡官场陋习及民间不平之事都可解决，但在经历了三十年的高效运转后也渐显疲态；而且随着经济的高速成长加之朝廷各部门和各级政府日益深陷各种利益旋涡中，最后竟连特调委的两大组成机构－－－特别巡察厅和秘密调查局也未能幸免！尤其是在天佑二十五年震惊全国的福州贪腐窝案一连将东南区的巡察官和秘查使全部扫落下马！也让嘉明震怒之余下定决心要对这一帝国廉政秩序最后一道防线进行必要的整顿。
经过一段时间的深思熟虑和参考古今中外的成功经验后，嘉明认为特调委以及秘查使和巡察官的权力过大且无制衡而导致的绝对权力产生绝对腐败！痛定思痛后他决定收回一部分权力，规定凡秘查使和巡察官所办涉及朝廷县处级以上官员和所涉金额超过十万龙币以上案件均须上报特调委总部备案，涉及州部级三品大员一律须报紫辰殿备询！此外他还下令非特别情况不得滥用金龙令以及调动军警等特权（如遭遇叛乱和恐怖行动等须直接上报总部并紫辰殿处理），为此嘉明还下旨让财政部拨专款用于更新所有巡察官和秘查使的全球卫星定位高清视频通话系统；这样无论发生什么突发状况都能随时随地与总部保持联系并让总部也能掌握所有在外人员的动向。
此外嘉明还规定无论是秘查使还是巡察官都无审判权但保有案件监督权，即所有民事或刑事亦或经济治安等案件都会交由各专门机构去办理，而他们拥有追查和问责甚至弹劾的权力！但若是他们借由手中特权诬陷或打击迫害别人，一旦被总部查实势必遭到严惩！同时为顺应时代潮流特别院就是为了将调查权和审判权分开，但不曾想积重难返司法部继承了刑部的查案和审判权甚至还一度控制了终审权让最高法院徒具空壳；这种身兼办案和审案的多重角色本身弊端就严重，以至于有一度全国冤假错案不断让京城满大街的都是上访甚至要告御状者！
天佑皇帝在查觉事态的严重性后曾让李清扬出面召集相关部门开了不下六七次协商会议，但每次都是无果而终！于是他果断撤换了司法部和最高法院的主要负责人，并通过《天龙律》里面的帝国组织机构章程规定了司法部除了保留案件调查权和复核权外不再拥有审判权！此外另设狱管局和律政署负责管理全国大型监狱和从事法律法规等相关人员的管理。
而对于最高法院的最终定位即在涉及《天龙律》这一最高法典上具有无可争辩最后裁决权，除非皇帝陛下特赦或作出御断！因此无论是司法部调查局所办的案子或是警政部门等其它机构报请复核的案件一律要上交最高法院或其指定的巡回法庭及州高等法院审判！其余州一级及府县地方上也一律照此办理。
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