穆宗下诏全部同意了他的请求，仍指令谭纶、戚继光商讨分别成立三个营的事情。谭纶趁机说：“蓟镇训练了十多年的兵马，然而最终不见成效，是因为任务不专一，训练也不落实。现在应该责令臣谭纶与戚继光，专门负责，不要让巡按、巡关的御史参与到这中间。”自从战事兴起，边防大臣受舆论牵制，不能有所作为，所以谭纶上奏陈述此事。而且巡抚刘应节果然有不同的意见，巡按御史刘随、巡关御史孙代又弹劾谭纶专横。穆宗采纳了张居正的意见，将练兵作战的事情全部委托给了谭纶，并且告诫刘应节等人不得阻挠。
隆庆四年，谭纶升任都察院右都御史兼兵部左侍郎，协理京营戎政。
隆庆五年八月因修成敌台之功，谭纶升任兵部尚书兼都察院右副都御史仍协理戎政。
十月穆宗允许谭纶告病乡休假，隆庆六年七月新即位的明神宗朱翊钧启用谭纶为兵部尚书。
次年正月，给事中雒遵弹劾谭纶不称职，谭纶也一再奏请罢职。神宗下优诏挽留，在此期间他被加封为太子少保。
卒于任上:万历五年四月初三日，谭纶痰疾发作在京师府邸中去世，享年五十八岁。神宗下诏“从厚治葬有仪”赐“祭葬”追赠太子太保，谥号“襄敏”；允许其长子谭河图世袭锦衣卫指挥，次子谭洛书世袭国子监监正。
九月，神宗命中书负责其葬事，派兵部主事一员护丧，偕其弟谭?扶柩还乡。
万历七年，谭纶入葬宜黄县待贤乡麓塘村玉泉山麓庞家畲，由南京兵部尚书凌云翼撰神道碑，兵部侍郎曾省吾撰墓志铭。
军事思想:在近三十年的军事斗争实践中谭纶不断加深了自己对战争规律的感悟，逐步形成其军事思想。谭纶的军事思想内容丰富，体系完备。
对前人思想既有继承亦有发展，谭纶的治军思想，边海防建设思想，战争指导原则等大都来自于他近三十年抗击南倭北虏的战争实践。
集中反映了他对明代战争规律的精辟认识和深刻感悟，是对中国古代军事理论的丰富和发展。
戏曲:谭纶精通音律，“凡梨园度曲”皆亲为教演，务穷其巧妙，旧腔一变为新调。”
后世纪念:谭纶墓位于江西省抚州市宜黄县二都镇帘前村，建于万历七年。墓座北朝南，由祭道，神道，墓体三部分组成，2013年被中华人民共和国国务院公布为第七批全国重点文物保护单位。
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