小学生的名字叫江户川柯南，原本是着名的高中生侦探工藤新一，但是某次和自己的青梅竹马毛利兰在游乐园约会时，见到不知名黑衣组织的交易被发现，然后对方打晕了柯南。为了灭口对方喂柯南吃了毒药，但出乎意料的是柯南没有死身体竟因此变小了！为了不给自己的朋友添麻烦，被黑衣组织盯上，工藤新一化名为江户川柯南，暗中调查有关黑衣组织的一切。即使身体变小了，头脑依然灵活，行机子哇一直摸一朵子！（bushi）
而一边的小女孩叫灰原哀，本名宫野志保，曾隶属黑衣组织，代号为“雪莉（Sherry）”，是可使除神经组织以外的所有细胞退化至儿童时期的药物“APTX4869”主要发明者；因姐姐宫野明美遭组织无情杀害，而中断药品研究以示抗议，后被琴酒等人关押于研究所房间时，服下APTX4869，使得自己身体缩小，成功逃离并背叛组织。
寄宿于阿笠博士家中，并在其安排下，替换本名，化名灰原哀，并与江户川柯南就读同所小学。
二人都是被黑衣组织“杀死”的人，所以在光幕上出现和黑衣组织有关的东西时会下意识的产生关注。
“降谷零，公安那边的人，所以说黑衣组织搭上财团X的大腿了吗？”
江户川柯南脸色难看的说道。
灰原哀更是脸色发白，声音有些颤抖的说道：“而且还可能暴露我们没有死的事实。”
柯南自然想到了这个可能，黑衣组织对他们两人带来的阴影是非常巨大的以至于提到黑衣组织二人下意识的反应就是害怕。
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