兵部明职掌全国军卫、武官选授、简练之政令。清职掌全国绿营兵籍及武职官员的机构。职掌内外武职官员的除授、封荫之典，乘载、邮传之制，甄核、简练之方，士籍、军实之数。兵部下设四司﹕武选清吏司，考核武职官员的品级与选补、升调、承袭、封赠诸事，并管理土司；车驾清吏司，掌全国马政及驿传等事；职方清吏司，掌武职官员的叙功、核过、抚恤、军旅之简阅、考察、巡防等事，并管理关禁与海禁；武库清吏司，掌全国之兵籍、军器并武科考试之事。此外，清设稽俸厅，掌稽察武职官俸；会同馆，管理京师驿传事务；捷报处，掌递送文书。类似今天的国防部，中央军委及其各军事机关。
刑部为主管全国刑罚政令及审核刑名的机构，与督察院管稽察、大理寺掌重大案件的最后审理和复核，共为“三法司制”。刑部的具体职掌是﹕审定各种法律，复核各地送部的刑名案件，会同九卿审理“监候”的死刑、案件以及直接审理京畿地区的待罪以上案件。刑部的内部组织机构的设置是按省设司，明为十三司，名称与户部诸司同。清增加直隶、奉天、江苏、安徽四司，为十七司。清刑部各司除分核本省刑名外，职掌他省及衙门的部分文书收发和某些日常政务。此外，清设督捕司，掌督捕旗人逃亡事；秋审处，掌核秋审、朝审各案；减等处，掌汇核各省及现审各案之遇赦减等事；提牢厅，掌管狱卒，稽察南北所监狱的罪犯，发放囚衣、囚粮及药物等；赃罚库，掌收放现审案内赃款及没收各对象，并保管本部现银及堂印；赎罚处，掌罚罪事；律例馆，掌修订法律。类似现在的司法部和公检法部门。
工部为管理全国工程事务的机关。职掌土木兴建之制，器物利用之式，渠堰疏降之法，陵寝供亿之典。凡全国之土木、水利工程，机器制造工程（包括军器、军火、军用器物等），矿冶、纺织等官办工业无不综理，并主管一部分金融货币和统一度量衡。明清工部下设四司﹕营缮清吏司，掌宫室官衙营造修缮；虞衡清吏司，掌制造、收发各种官用器物，主管度量衡及铸钱；都水清吏司，掌估销工程费用，主管制造诏册、官书等事；屯田清吏司，掌陵寝修缮及核销费用，支领物料及部分税收。除四司外，清设有制造库，掌制造皇帝车驾、册箱、宝箱、仪仗、祭器等；节慎库，掌收发经费款项；料估所，掌估工料之数及稽核、供销京城各坛庙、宫殿、城垣、各部院衙署等工程。类似现在的工信部、水利部、城乡建设部。
光绪三十二年，清政府宣布“仿行宪政”，将户部改称度支部，兵部改称陆军部，工部与新设之商部合并为农工商部，原来的理藩院改称理藩部，刑部改称法部，另增设民政部、邮传部。将原设之太常寺、光禄寺、鸿胪寺并入礼部，礼部内部机构中添设承政、参议二厅，仪制、太常、光禄三司及礼器库、礼学馆。至宣统三年（1911）四月，清政府成立责任内阁。五月，责任内阁颁布官制，设立制诰、铨叙等局，吏部遂撤。六月，将礼部改为典礼院，成为清政府专管朝廷坛庙、陵寝之礼乐及制造典守事宜，并掌修明礼乐、更定章制的机关。六部之制，遂告变革。
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