对于申时行的这个要求，庞尚鹏等人自然是坚决反对的，翁万达是闽中贤达，而且在这件事情上，翁万达并不是主要的推动的，顶多是和严嵩一样，顺水推舟罢了，申时行知道此事不便追究严嵩，但是却对翁万达穷追猛打，其中的缘由自然是很清楚的。
庞尚鹏当即说道：“若如元辅之意，严文僖何如？”
申时行当然知道庞尚鹏他们会拿严嵩说事，申时行当即说道：“严文僖还是元辅，我等不便置喙，只能奏请陛下圣裁。”申时行自然是对于此事早有准备的，也有充分的说辞，严嵩毕竟是首辅，自然是要朱载坖圣裁的，所以有关严嵩的事情，不在讨论的范围之内，对于申时行的这个说法，陈经邦等人也都表示了反对。
陈经邦说道：“首揆，翁襄敏朝廷重臣，勋名卓着，嘉靖中套虏跳梁，边事孔棘，阃臣战守无策，屡获重谴。故边阃有命，莫不惴惴孤任使是惧。独翁襄敏公以雄才当之，功盖可纪云。分部苍梧，身肩其事，首诛土酋之外构者，两江积寇以次剪平。寻募死士，间入莫氏伪都，尽获要领。机算既定，则请大司马帅诸军临之，莫氏震惧，束身归命者谁之力哉？西北之烈，何足以概之也。”
陈经邦强调的是翁万达也是为朝廷立下过大功的人，就这么将因为一件事情将其痛加贬抑，是会使人寒心的，再者说斯人已逝，又并非大罪，何必如此穷追不舍呢？在这个问题上，内阁也并不是都支持申时行的，沈鲤、陈于陛、王家屏等人也都认为不必过于严苛。
申时行于是问道：“此事总宪和大司寇怎么看此事？”
面对申时行的询问，左都御史温纯不急不慢的说道：“首揆，诸位，以老夫看来，似乎不必过于严苛的，以情理度之，彼时翁襄敏位居本兵，每日所经手之文牍何其之多，九边事务尚且自顾不暇，闽中事务，未必能够详看深思，不察之下，加以副署，此人之常情也，且关乎乡党，又有侍郎詹荣在旁，考其本心，未必必欲置朱纨于死，即便是陈九德等人，恐也未必有杀人之心，以此重惩，为朝廷为政之道也。”
温纯的话，得到了很多的官员赞同，对于这些部堂级官员们来说，每日里要处理的各种文书是非常之多的，不可能一一是看的，要是都想翁万达这样，过了几十年之后再来追责，那谁受得了，何况就此事而言，翁万达并没有多大的错误，穷究此事，对于朝廷来说并没有好处，对于这些官员们来说，这样显然是不对的，所以他们对于此事是极为不赞成的。
温纯作为左都御史，公开的反对穷究此事，刑部尚书蔡国珍也认为穷究此事不合适，翁万达在此事上仅仅是失察，并不是有意在陷害朱纨的，何况朱纨毕竟是自杀，在这种情况之下，朝廷严惩翁万达显然是不合适的，在遭到了众多的大臣们反对之后。庞尚鹏也出来说道：“朱纨已获赠谥，重惩陈九德几人即可，何必株连？”
最终经过一番讨价还价之后，内阁和部院达成了协议，陈九德、詹荣等人，削籍、除官、追夺出身以来文字和一切恩荫赠官等，对于翁万达则是以失察降官一等，以示惩戒，内阁据此上奏朱载坖，朱载坖也予以了批复，同时命令将朱纨移入悯忠祠祭祀，以示朝廷之恩，对于朱纨的后代，也要加以恩荫。
对于朝廷来说，朱纨案总算是完结了，但是由朱纨案所引发的事情还远远没有结束，朝廷上下现在争论是非常之大的，毛海峰以水师提督亲赴闽粤，剿除海盗和打击走私，他自己本来就是其中的行家里手，这些后来的小字辈自然是不是他的对手，在毛海峰的大力剿除之下，闽粤的走私商人和私人港口基本上都被毛海峰所铲除了。
同时将盘踞在闽粤的这些所谓海盗，朱载坖也命令水师严厉打击，对于海盗，一律处斩，严厉打击，而对于那些设立私港，接纳走私船只的宗族势力，也要严厉的予以打击，除了水师的清剿之外，海关总署也在严厉的打击各种走私行为，一大批纵容走私的官员被御史所弹劾，移送法办，整顿了海关的风气。
同时对于行商与外商的勾结走私，朝廷也进行了严厉的打击，罢黜了一批行商，同时通过关扑的形式确定了一批新的行商，保证朝廷的赋税，而且在海关结算上，全面推行票证结算，杜绝大明的货币外流，防止出现钱荒的情形，同时对于货币的出口问题，朝廷也规定的详细的措施，并非不能够出口货币，但是第一是有配额的，对于倭国、朝鲜、暹罗、占城、吕宋等大明的藩属，因为要通行大明的货币，所以是有配额的。
这部分的货币出口，属于配额贸易，由大明银行负责，与各个藩属国确定所需要的货币数量，然后再由朝廷的铸币厂铸造之后，按照朝廷所规定的兑换比例予以兑换，此外由于这些外商在大明经营，也必须要兑换货币，所以也可以由大明朝廷的银行和一些得到少府监批准的钱庄、票号从事货币的兑换工作，要制定严格的兑换标准，查缉走私货币的行为，对于这些加以严惩。
而庞尚鹏所组织的对于海关、税务总署以及各分司的监察审计也暴露出一些问题，苏松等地的海关和地方势力的勾连也比较深，所以庞尚鹏奏请在海关、税务实施更易制度，不允许海关、税务系统的官吏长期在一地任职，同时海关等衙门官吏犯赃罪，比照风宪官例加三等重处，这些都得到了朱载坖的批准。
在太子的主持上，各银行的业务和收储的货币有了很大的提升，使得朝廷对于金融的控制加强，防止出现钱荒等情形。
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