由于文化差异和信仰的不同，西班牙传教士对这些不信奉天主的中国商民抱有极大的反感。
马尼拉的萨拉扎主教和神父奥特加都曾在信件中向西班牙国王表达对华人的不满和担忧，认为他们对总督府治理当地土人造成了破坏。
其实华人在吕宋岛群岛的商业活动早已有数百年历史，在这群殖民者未到来之前，他们就通过勤奋工作掌握了整个吕宋群岛范围内的贸易供应链。
然而，随着华人数量的增加，西班牙殖民者感到了威胁，开始对华人施加压力，强加各种人头税、进口税、贡税、居留税、房屋税等，并限制他们的人身自由。
尽管华人对马尼拉王城的建设做出了贡献，但他们仍被禁止居住在城内，只能在城外的巴石河边划定区域居住，这个区域被称为涧内或巴里安。
在西班牙人的打压下，华人并未忍气吞声，而是开始了各种反抗。
1593年，华人雇佣兵潘和五因不满西班牙人的奴役和虐待，发起了暴动，杀死了马尼拉总督达斯马里纳斯和近百名西班牙士兵，随后逃往越南和中国。
真正的导火索是在1603年，福建漳州人张嶷向万历皇帝报告了吕宋岛上有金矿的消息，引发了皇帝的兴趣。
尽管朝廷大臣认为这一说法颇为荒谬，极力劝阻，但万历皇帝仍坚持派遣官员前往勘探。
为首的高寀等人抵达马尼拉后，他们的高调行为引起了西班牙人的警觉。
在谈判中西班牙代表质疑了他们的采矿意图，而负责对话的海澄县县丞王时和因未能回答，场面陷入僵局。
于是西班牙人更加不相信明朝官员只是来寻金，担心他们有其他图谋。在中国官员离开后，西班牙人加固了城防，用欺骗手段收缴了华人的武器。
涧内的华人领袖黄康试图安抚同胞，并与总督沟通，但并没有成功，情况反而继续恶化。
很快西班牙士兵和日本武士攻击了华人社区，导致许多华人被杀。
随后他们奋起反抗，但内部分歧和缺乏武器使他们处于劣势。
然后又有传言称一名黑人女奴预言马尼拉将发生大火（那时候黑人女奴的话他们也听？还这么管用？），并且西班牙总督接到密报，称有华人密谋起义，他随即下令军队准备战斗。
西班牙军队首先攻击了比农多的华人基督徒，导致大量伤亡。
华人起义者在通多沼泽与西班牙军队进行了激烈的战斗，还是由于武器不足和内部分歧，最终失败。
他们在马尼拉城外的战斗中伤亡惨重，被迫退守郊外。
西班牙军队继续对他们进行残酷的屠杀，包括在教堂内避难的华人基督徒。
他们在绝望中进行了反击，甚至一度击败了西班牙军队，但最终因力量悬殊而失败。
无路可逃的华人选择在燃烧的家园里自杀，剩下的那些人也在逃亡中陆续被杀死。
随后西班牙总督下达了彻底消灭华人的命令，马尼拉城的华人几乎被全部杀害。
黄康被抓后被判处绞刑，他在行刑前拒绝了西班牙大主教的忏悔要求，临死前对西班牙殖民者愤怒痛骂，直至被杀！
到1603年底，整个吕宋岛西班牙殖民地内的华人几乎被彻底杀光。
《明史》对此事仅用了五个字进行表达:“竟不能讨也！”
屠杀发生后，西班牙殖民者为了缓和与明朝的关系，避免可能的军事冲突和贸易制裁，他们在次年（1604年）派出使节前往中国“谢罪”。
然而，明朝拒绝了西班牙使者的进京请求，只允许他们在福建等待回复。
此次屠杀以及明廷不闻不顾的态度，对东南亚华人群体造成了深远影响，以致华人在吕宋岛的地位愈加不稳。
并且直接导致1609年华商抗议税收过重时，再次惨遭杀戮，死亡将近三万华人！
初尝两次甜头且未受任何责罚，于是1639年，因西班牙人眼红华人财富，再度无故挥起屠刀，吕宋华人又死伤数万。
这回有有前两次经验，这些畜生也知晓：“没了中国人作为各行各业的工匠为微薄的工资而勤恳劳动，这个殖民地就活不下去了。”
故而此次对方留有活口。
彼时明朝正值崇祯帝在位，但其自身已被流民和鞑子弄得焦头烂额，根本无暇顾及海外商人死活！
最后一次有明确记载的西班牙屠杀华人事件发生于1662年，因郑成功一次不成功的声讨，吕宋华人再度遭遇集体大屠杀！
总之，明清两代朝廷对海外遗民的漠视，对后续屠杀事件负有不可推卸的责任！
当然，除西班牙外，屠杀汉民的还有荷兰这一头海上饿狼！
它给出的理由仍然是‘对华人数量增长感到恐慌，担忧华人会发动叛乱或与清国军队联合对抗公司对当地的统治。’
此说法着实幼稚可笑！
其中最为严重的事件是1740年，荷兰殖民者以华人涉嫌叛乱为由，对巴达维亚城内外华人展开长达七天的屠杀，致数万华人死亡。
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