1357年，刘福通分兵三路北伐。东路由毛贵率领，经山东、河北进攻大都；中路由关铎、潘诚等率领，攻向山西、河北一带，经大同直捣元上都（今内蒙古多伦西北），放火烧毁“富夸塞北”的蒙古皇宫，继续转战辽东各地；西路由大刀敖、白不信、李喜喜率领，直趋关中，攻下兴元（今陕西南郑县）、凤翔（今陕西凤翔县），转战四川、甘肃、宁夏各地。农民起义军节节胜利，出现“官府四散躲”，“红军府上坐”的大好形势。
在三路大军北伐的同时，刘福通也开始出击。至正十八年（1358年）五月，刘福通率部攻克汴梁（今河南开封），定为宋政权都城。这时，红巾军的势力已“东逾齐鲁，西出函秦，南过闽广，北抵幽燕”，达到了极盛时期。
元朝统治者先派遣的回军、汉军溃败后，又派御史大夫也先帖木耳带兵镇压，结果又大败而归。
红巾军兵力分散，三路大军流动作战，三路大军北伐相继失利，汴梁城破，刘福通保护韩林儿冲出重围，逃奔安丰。
至正二十三年二月，早已占领了濠州（今安徽凤阳）的张士诚，趁安丰（今安徽寿县）空虚之机，遣其将吕珍攻破安丰（今安徽寿县）。
义军领袖刘福通遇难，中原地区的红巾军被地主武装镇压下去。1363年，红巾军建立的韩宋政权结束了。
而在南方，在朱元璋尚未加入起义军时，刘福通领导的红巾军在北方已发展至十余万人。但红巾军存在组织不够严密、战略规划不完善等问题，在元军的围剿和内部诸多困难下，发展面临困境。
刘福通拥立韩山童之子韩林儿为小明王，建立“大宋”政权。
朱元璋最初在南方起义，后来，随着其影响力的扩张，他的活动范围逐渐向北扩展，从而与北方的小明王政权产生了交集。随着局势变化，朱元璋势力崛起，韩林儿名义上被尊奉为主，实际被朱元璋控制，最终韩林儿在前往应天府途中溺亡，死因存疑。
朱元璋的起义军发展迅速。原是郭子兴红巾军部左副元帅，被小明王的宋政权任命为江南行省左丞相。后独树旗帜，背叛农民军，成为地主阶级的代理人。
还有徐寿辉在湖广一带领导的起义军，建立了天完政权。郭子兴在江淮地区起义，他的队伍后来成为朱元璋崛起的基础之一。
明玉珍在四川重庆一带起义，建立了大夏政权。
这些起义军有的在发展过程中被元朝镇压，有的被其他起义军兼并。朱元璋在崛起过程中，通过军事手段和政治策略，逐步整合了部分起义军的力量，不断壮大自己的势力。
元末红巾军虽然失败了，但农民军坚持斗争13年，历经“大小数百战”，波及大半个中国，对瓦解和推翻元朝的统治起了决定性作用。
南方各起义军的发展以及最后推翻元王朝创造和奠定了条件和基础。朱元璋趁元军疲于对付北方红巾军，无暇南顾之机，采取一系列有效措施，逐渐发展壮大起来。
采取先西后东，先强后弱的战略，在具体作战中，稳步推进，集中优势兵力，先剪枝叶，然后动摇其根本，从而削平群雄统一了江南，为北上灭元奠定了雄厚的物质基础和军事基础。
北方起义军是失败了。但是南方以朱元璋、陈友谅的起义军还没失败，当时他们两大势力是南方的主要势力，不管谁战胜都将一统南方，以南方之力对抗当时四分五裂的北方元军都将统一天下，之所以朱元璋胜利那是军事上的战术问题了。
本来朱元璋只在应天府江苏江西一带，但是打败陈友谅，两湖在其手中，本来他是兵精，如今粮也足了，南方已在其手，之后抓准时机，乘北方元军内部自相残杀之即，假道山东，直取大都水到渠成了。
这其中很大的缘故在于，南方当时已经是中国经济的重心，南方包括江淮在朱元璋手中、元军已经没了粮饷的来源，尤其当时明军已经拥有火器和大量的骑兵，本来北方对南方最有利的骑兵优势也不复存在。
元朝的腐朽统治在红巾军的冲击下摇摇欲坠，最终走向了覆灭。而红巾军的精神，将永远铭刻在历史的长河中，激励着后人不断追求自由、平等和正义。
1368年正月，朱元璋在南京称帝，建元洪武，国号大明。元王朝在各地农民军打击下终于灭亡了。
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