对于贸易的顺序安排也极为混乱。没有按照先来后到或者其他合理的规则进行，导致先来的使团可能长时间等待，而后到的使团却能凭借不正当手段优先获得贸易机会。
明朝对于日本使团所带来的货品估值不科学。要么高估导致朝廷损失，要么低估引起使团不满。
在朝贡贸易的管理流程上存在诸多漏洞。比如对使团成员的身份审核不严格，让一些不法分子有机可乘；对于贸易过程中的监督也十分薄弱，无法有效防止作弊和欺诈行为的发生。
这些问题的存在，使得日本大内氏和细川氏的使团在贸易的份额、顺序以及相关利益分配上产生了难以调和的严重分歧，最终引发了“争贡之役”。
双方使团在宁波港相遇，矛盾迅速激化，从言语冲突升级为激烈的武力冲突。两伙人拔刀相向，大打出手，一时间宁波港陷入一片混乱，鲜血横流，造成了众多人员伤亡和财产损失。
这一恶劣事件的影响极为深远。嘉靖皇帝得知后极为震怒，认为日本使团的争斗严重破坏了朝廷的尊严和秩序。同时，也让他意识到沿海地区对外贸易管理的混乱和潜在的安全隐患。
嘉靖八年（公元 1529 年），朝廷采取了一系列具体措施：首先，撤销了市舶司，完全禁止官方的海外贸易；其次，严禁沿海居民私自出海捕鱼、贸易，一旦发现有人出海，参与者将被处以极刑，家族也会受到牵连。
海禁政策带来了一系列严重的后果。沿海地区经济遭受重创，大量以海为生的百姓失去生计。据不完全统计，仅浙江沿海一带，因海禁而失业的渔民和商人多达数十万人。
由于正常的贸易渠道被堵死，走私贸易盛行起来，海盗活动也日益猖獗。汪直等海盗集团势力迅速庞大，他们与倭寇相互勾结，进一步加剧了沿海的混乱局势。
虽然海禁政策在一定程度上减少了倭寇获取物资的渠道，但终究未能从根本上解决倭寇问题。
直到隆庆元年（公元 1567 年），明穆宗宣布解除海禁，调整海外贸易政策，允许民间私人远贩东西二洋，史称“隆庆开关”。这一政策的转变，为沿海地区的经济发展带来了新的机遇。
“隆庆开关”之后，沿海地区的经济逐渐复苏。曾经被迫失业的渔民和商人重新投入到合法的海外贸易中，港口又恢复了往日的繁忙与喧嚣。
海盗和倭寇残余势力时不时地骚扰沿海。地方官府加强了海防力量，组建了精锐的水师，日夜巡逻，保卫着海疆的安宁。
明朝时期的海上贸易在不同阶段呈现出不同的特点。
明初，统治者采取相对保守的政策，海上贸易受到一定限制。明成祖朱棣时期，郑和下西洋展示了明朝强大的航海能力和贸易意愿，一定程度上促进了与沿线国家的贸易往来。
海外贸易分为朝贡贸易和商舶贸易两种形式，朝贡贸易是唯一合法的海外贸易形式，法律规定没有朝贡便不许贸易，贡舶贸易获得了无与伦比的优先地位，甚至可以免税。
港口众多，据《明史·地理志》记载，明代州县中小港口仍有 48 处。如广州、泉州、宁波、福州等，都是当时重要的贸易港口。
经济总体繁荣，特别是在朱棣时期达到巅峰。这一时期，农业生产技术和纺织业有很大发展，发明了“代耕”新式农具，使用高效“榨油枯饼”作肥料，植棉采用“张五典种棉法”，灌溉采用徐光启仿制的“龙尾车”取水，实行了农业多种经营。江南稻谷、北方小麦亩产较高，甘薯、玉米等已在南北各省种植。
中国与近百个国家有过外交关系，这些国家前来朝贡目的主要有三类：一是希望得到明朝封赐；二是仰慕明朝文化；三是以贡使身份来华贸易。贸易物品包括丝绸、瓷器、茶叶、铁器、药材等，丝绸和瓷器是主要出口商品，香料、珠宝、象牙等是主要进口商品。
嘉靖二年“争贡之役”之后，海禁政策，除宁波港受影响，广州、泉州等地的贸易也急剧萎缩，繁荣的商业景象变得萧条，众多商户陷入困境。
海禁政策约束，但民间走私贸易始终存在。一些商人冒险与海外国家进行秘密交易，在一定程度上维持了部分贸易流通，但处于非法和不稳定状态。
到了隆庆开关后，海上贸易逐渐复苏，沿海港口重新焕发生机，贸易规模扩大，各国商船往来频繁，货物种类更加丰富多样。
在与各国的贸易交往中，明朝的文化、技术传播到海外，也吸收了他国的先进理念和技术，促进了经济发展，丰富了文化内涵。
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