新的篇章就此翻开。HPI招募档案的本意是防止雅典娜有什么非分之举，然而她现在意识到雅典娜做出的所谓的“非分之举”，其实是在尽力减缓以吉迪恩为首的域外游荡者势力在组织中进行扩张。从此之后，她在组织里的工作就从铲除雅典娜变为了协助和掩盖她的行动。
不过即便如此，她也能采取些其他方式来为组织效力。直接与雅典娜合作意味着她们两个可以串通一气，轻松做出各种“成果”来满足组织那毫无意义的控制欲，比如“发明”一些雅典娜无法插手的系统。
除了扮演好工程师和雅典娜的内探这两个角色，档案也把握住了她特殊的宗教和政治身份。过去，她从不在这使用她的能力来探查人心，然而现今这已经成为了一种常态。另外，雅典娜也知道谁信仰她而谁不是，因此聚拢人心是异常轻松。
HPI中有足足三分之一成员属于一个自称为苦修会（Order of Endurance）的小团体——她们的死敌。五分之四的高层都与之有瓜葛，新上任的司令米兰达·萨拉查也不例外。不过除了他们，其余三分之二的HPI成员都可以算作她们的潜在盟友——只要她们足够谨慎，不要引起苦修会的怀疑就好。
而这便意味着档案提升政治地位的过程需要一步一个脚印。动作太快，她就会暴露在教团的视线当中，很可能就会在他们的重重阻拦下黯然离场。幸好她并非会生老病死的凡人，只要能提高成功的机会，进展再怎么缓慢她都可以接受。
吉迪恩在临死前没有选择变形为小马，这一风潮随即席卷整个教团，而风潮又很快变成了教义。这意味着丰饶城少了很多小马，但这同样也让苦修会再也无从插手那座城市，而即便会从此带上“只敢作为一头畜生苟延残喘的懦夫”的烙印，教团外的人们在面对新的人生时也难以拒绝。
各类政治活动让档案无暇顾及个人爱好。她不再与她的朋友们一起练习飞行，不过她还是会为她们提供力所能及的帮助，比如为她们安排大量闲暇时间，甚至专门为她们从丰饶城雇来了一名教练。她仍在密切关注着她们的生活，但在公事繁忙之时，除了在食堂里，她甚至都没机会与杰西见上一面。
几个月后，杰西才结交到了真正的朋友，而小埃兹用时更久。在亚历克斯和杰西二人充足的食物供应下，这只幻形灵日渐成长，不过她并没有像她和亚历克斯横穿美洲大陆时那样发胖。
亚历克斯觉得杰西是在打算考取丰饶市工程大学的学位，因为只要她们不在丰饶市内，她就会找雅典娜借一台平板电脑和一间自习室，从此不见踪影。而埃兹就有些无所事事了：在整个基地里，除了卫兵队长的儿子艾萨克（Isaac）之外，她几乎没有同龄玩伴，而她也只能在基地的禁魔区域内才能与其见面。但即便失去魔力会让她不适，埃兹也愿意去陪伴他。他们之间的友谊之深厚连档案都闻所未闻。
斗转星移，日月如梭。在这些年里，亚历克斯补上了她漏学的所有工程技术，在多个学科钻研至深，最后甚至利用它们协助雅典娜在基地最底层建造了一个核聚变反应堆。这倒不是说她的技术真的足以从零开始把它由图纸化为现实：她其实只是对渡鸦之城的那台13-E型仿星器加以放大，把它安装到了天堂谷里而已。
与之相反，杰西最终证明无论她怎样寒窗苦读，她在工程和自然科学方面都学不下去，于是她转而把自己的小宿舍改成了一间店铺，开始提供造梦服务。她在此方面是如此出色，这家店因此火遍全城，甚至连丰饶城的小马在假期里也愿意前往这座坐落于不毛之地的小城，只为在她的小店中做个美梦。杰西趁机小赚了一笔，还赶在这股风潮过去之前揽到了一批回头客。
她提供的梦境大多是旧日地球的剪影，顾客可以重新踏入那些曾经繁华喧闹的城市，随意探索和游览。她还很有商业头脑地为顾客希望在梦境中变回人类的请求收取额外费用。
反应堆建成后，天堂谷开始向东扩建。钢铁骨架拔地而起，随即披上混凝土的血肉，化作了成千上万栋楼房。等到城市主体建设完毕，它就会代替渡鸦之城作为人类新的活动区域，届时下层的几万间房间都将挤满人类。
在这一切都在按部就班地进行时，档案也一直在想方设法帮助外界的小马。雅典娜的话直击问题所在：她在这些年中所做的一切善举都无法改善全球遗民的生活状况。每一天都有无数人类回归，而其中许多人在回归后都饱受煎熬。她该怎样做才能帮到每一个人？她该怎样让自己分身有术？
在HPI中工作大约十年后，档案找到了答案，而她觉得整个天堂谷里只有一只小马能够看清其中的价值：杰西。这只年轻雌驹此时已经完全长成，不过就像所有小马一样，短短十几年的时光完全不会让她的风华逊色半分，恐怕只有几十年的光阴才可能在她的身上留下痕迹。
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