后来，他称这是倭寇欲置自己于死地，故自己为全性命，不得已而附敌。这次锄奸行动，非但没有阻止周作人“落水”，反而成了他接受伪职的借口。
枪击事件后，周作人很快接受了伪北大图书馆馆长一职，随后担任伪北大文学院院长。
比周作人小七岁的郭沫若与他情况类似，都是留倭，都娶了倭寇女人，都生了孩子。郭沫若抛妻弃子，回国抗战，还发表《国难声中怀知堂》一文劝周作人，文章写道：倭寇人信仰知堂（周作人的号）的比较多，只要他南下，即使不发表什么言论，也是对倭寇军部一个有力打击。
周作人执意留下，并把自己的“苦雨斋”改名为“苦住庵”，好像是与北平民众同甘共苦。其实，北大南迁以后，周作人的经济来源有两个，一是给胡适主持的文化基金编译委员会翻译希腊神话；二是在司徒雷登主持的燕京大学担任客座教授。与其他生活无着的教授比，周作人过得不错。1938年1月26日，国难当头，他写了两首打油诗，仍是喝茶、看报、吃猪头肉。
在传言频出时，张中行曾作为“粉丝”和学生，给周作人写过一封信，信里说“别人可，他决不可”。何以不可，张没有明说，心里想的是，那将是士林理想的破灭。对此，周没有回信。
周作人与倭寇人同台的照片刊登后，由老舍倡议、楼适夷起草、经郁达夫修改、十八人署名的《致周作人的一封公开信》，苦劝他立即南下，或做文坛苏武，否则“一念之差，忠邪千载”。
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