崇祯七年（1634年），农民军攻下河南，秦翼明被封为总兵官，率兵前去讨伐，此后他屡战屡胜，切断了农民军通往郧西的道路，但因为手下战败没有如实上报，他被贬官二级，都督军衔也被革职。
秦翼明后来又多次打败农民军，却被农民军诈降，侵入郧阳、襄阳一带作乱，秦翼明受到崇祯帝斥责，后因弹劾解除官职。
而秦良玉自从京师返回家乡后，没有再出去援助攻打农民军，一直专门惩办四川的起义军。
崇祯七年（1634年）二月，农民军首领张献忠攻陷夔州（今重庆市奉节县），包围太平，见到秦良玉到来才撤退。
秦良玉带兵追击，张献忠被打败，退到湖广地区，后来接受朝廷招安。
崇祯十三年（1640年），张献忠联合另一农民军首领罗汝才再次反叛，罗汝才进军夔州，秦良玉率兵赶来，他不战而退。
秦良玉追击至马家寨，斩杀六百敌兵。之后秦良玉又先后在留马垭、谭家坪北山、仙寺岭屡屡打败罗汝才的军队，斩杀其首领东山虎，活捉另一首领副塌天，并夺走罗汝才的军旗，这支农民军的实力逐渐衰落。
当时四川巡抚邵捷春率领两万老弱残兵戍守重庆，所倚仗的只有秦良玉和张令的军队。
但是邵捷春不懂兵法，调秦良玉驻守在离重庆只有三四十里的地方，让张令去守黄泥洼，失去战争地利。
秦良玉便向绵州知州陆逊之抱怨这种布防存在的问题。
不久，邵捷春将军营移驻到大昌，监军万元吉也进驻巫山，与秦良玉军队相呼应。
这年十月，张献忠在观音岩、三黄岭接连攻破明朝官军，接着从上马渡过长江进兵。
秦良玉联合张令赶紧在竹箘坪阻击，挫败了张献忠军队的前锋。
后张令战死，秦良玉前去援救没有成功，辗转作战也失败了，所率领的三万士兵死伤殆尽。
秦良玉便单枪匹马去见邵捷春，请求调用自己在溪峒的两万士兵来作战，她可以出一半的军饷，另外一半需要官府支付。
但邵捷春因为与杨嗣昌不合，仓库里也没有现成的粮食，于是拒绝了秦良玉的计策。
崇祯十六年（1643年），张献忠彻底攻下湖北，准备再次攻打四川。
秦良玉将整个四川的形势上报给巡抚陈士奇，请求增派兵力守卫十三个关隘之处，陈士奇没有采用她的计策。
秦良玉便又上报给巡按刘之勃，刘之勃同意她的计策，却没有多余的兵力可用。
崇祯十七年（1644年）春，张献忠长驱直入攻打夔州，秦良玉前去援助，因寡不敌众，失败退回。
等到四川全境被张献忠攻下后，秦良玉对部下慷慨陈词，表示自己的两个兄弟都是为国而死，她一个妇人蒙受国恩二十年，如今局势到了这个地步，自己也不会投靠敌人。
之后秦良玉召集所有部下将士，定下军规，但凡投奔张献忠的，都杀无赦，并分兵镇守四处边界，农民军在四川遍地招纳土司，唯独不敢踏足石砫。
据《秦氏家乘》记载，清顺治三年（隆武二年，1646年），福州南明隆武帝加封秦良玉为太子太保，封爵忠贞侯，诏令她出兵抵抗清军。
时年已经72岁的秦良玉，虽欲再次出征，奈何力不从心。清顺治五年（1648年）五月二十一日，秦良玉病逝，终年75岁。
秦良玉是我国历史上唯一一个被单独列传，记载到正史将相列传里的女性将领。
她一生忠于明朝，多次为国出征，维护了明朝的地方稳定和国家统一，巩固了明朝的封建统治。
她的家族满门忠烈，其兄弟、侄子、儿子、儿媳等多人都为国家捐躯。
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