1347年10月，黑死病首次在欧洲抵达西西里，地点是梅西纳（Messina）。
在15至18世纪，随着大量来自伯罗奔尼撒（Peloponnese）和阿尔瓦尼特人（Arvanites）的大规模移民，西西里再度受到东正教及希腊语和阿尔瓦尼卡语的影响，他们逃避奥斯曼帝国对伯罗奔尼撒的征服而迁移到西西里。
1492年西班牙宗教裁判所的开始，导致费迪南德二世下令驱逐所有西西里的犹太人。
1542年和1693年，岛的东部遭遇了毁灭性地震。
就在后一次地震发生前几年，岛上还遭受了一场瘟疫。
1693年的地震导致估计有六万人遇难。
在17世纪期间发生的几次叛乱被武力镇压，尤其是巴勒莫和梅西纳的叛乱。
北非奴隶袭击使沿海的定居活动受到抑制，直到19世纪。
1713年乌得勒支条约（Treaty of Utrecht）将西西里割让给萨沃伊家族（House of Savoy），然而，这段统治只持续了七年，之后与奥地利哈布斯堡王朝的查理六世交换了撒丁岛。
当奥地利人专注于波兰王位继承战争时，来自西班牙的波旁王子查尔斯。
最初，西西里得以保持作为一个独立王国的个人联盟，而波旁家族则从那不勒斯统治着整个王国。
然而，拿破仑的法兰西第一帝国的到来使那不勒斯在坎波特涅塞战役（Battle of Campo Tenese）中沦陷，波拿巴王国的国王被任命。
波旁家族的费迪南德三世（Ferdinand III）被迫撤退到西西里，他仍在英国海军的保护下掌控着这个岛屿。
随后，西西里加入了拿破仑战争，英国的威廉·本廷克（Lord William Bentinck）在岛上建立了军事和外交存在，以保护免受法国入侵。
西西里志愿者加入了英国军队，组成了皇家西西里团（Royal Sicilian Regiment），在梅达战役（Battle of Maida）中参战，随后转移至伊比利亚半岛。
在战争胜利后，西西里和那不勒斯正式合并为波旁王朝统治下的双西西里（Two Sicilies）。
1820年和1848年，反对波旁政府的大规模革命运动在西西里爆发，西西里寻求独立。
其中1848年的革命导致了西西里短暂的独立。
然而，在1849年波旁家族重新夺回了对岛屿的控制，并统治至1860年。
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由朱塞佩·加里波第（Giuseppe Garibaldi）领导的千人远征（Expedition of the Thousand）于1860年占领了西西里，成为复兴运动的一部分。
征服始于马尔萨拉（Marsala），当地西西里人加入他攻占意大利南部。
加里波第的行军最终以围攻加埃塔（Gaeta）结束，在那里最后一位波旁王朝（Bourbons）成员被驱逐，加里波第以撒丁王国（Kingdom of Sardinia）维克托·伊曼纽尔二世（Victor Emmanuel II）的名义宣布他为独裁者。
西西里在1860年10月21日的公投中成为撒丁王国的一部分，超过75%的西西里人支持合并（尽管并非所有人都被允许投票）。
因此，在1861年3月17日，西西里成为意大利王国（Kingdom of Italy）的一部分。
尽管意大利王国在现代基础设施方面进行了大量投资，西西里的经济（以及更广泛的梅佐乔尔诺（mezzogiorno）经济）在意大利统一后依然相对不发达，这导致了一波前所未有的移民潮。
1894年，被称为西西里法西（Fasci Siciliani）的工人和农民组织抗议岛上恶劣的社会和经济状况，但几天内就遭到镇压。
1908年12月28日的梅西纳地震（Messina earthquake）导致超过80,000人遇难。
这一时期也标志着西西里黑手党（Sicilian mafia，亦称为Cosa Nostra）与意大利政府首次接触。
黑手党的起源仍不确定，但普遍认为它在18世纪初期以私人执法者的角色出现，雇佣来保护地主和商人的财产免受经常袭击乡村和城镇的强盗（briganti）侵害。
意大利王国对抗黑手党的斗争充满争议和模糊。
意大利宪兵（Carabinieri，意大利的军事警察）和有时意大利军队常常参与与黑手党成员的斗争，但由于黑手党与地方政府之间的秘密合作，以及意大利司法系统的薄弱，他们的努力往往无效。
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