库恩万万没料到明军会打得如此之顽强，命令调转船头撤退。
密集的炮弹打击之下，荷兰人数百只战舰挤在狭小的水域争相逃命，船头船尾相互碰撞
突然间，郑芝彪率领早已埋伏好的数十条小船燃着熊熊大火从水湾中窜出，窜到荷兰战船阵型中间。
荷兰战船更加惊慌失措了，你碰我我碰你乱作一团，眨眼间的功夫就有十几条船着了火。
库恩眼见大势已去，心中满是悔恨，后悔不该小瞧了明军。
然而此刻他已无暇多想，只想尽快带领剩余舰队逃离这片死亡之地。
郑芝龙、郑芝豹率领三百余只船乘胜追击，不停地向荷兰战舰发射火箭，投掷火球，荷兰战舰上的火势越发凶猛。
岸上的明军看到此景，士气大振，重新集结兵力冲向岸边的荷军残余部队，杀得一干二净。
库恩狼狈不堪逃回澎湖，清点战船数量，一百五十艘战舰仅剩下九十余艘。
一直在观望的葡萄牙人、英国人很快得知了福州海战荷兰人损失惨重的消息，纷纷趁火打劫。
葡萄牙驻马六甲总督霍斯睿带领九十余艘战舰向巴达维亚港发起了进攻，荷兰守军仓促应战。
在马尼拉的西班牙人，在澳门的葡萄牙人，在香山岛的英国人全都落井下石，派出战船截断了荷兰人的补给线和退路。
泰昌六年三月十九日，一直坐山观虎斗的德川家光终于下场上了。
他率领四百艘战船直逼澎湖，与明朝水师成北、西两面夹攻之势。
熊廷弼命令荷兰人投降，库恩却企图顽抗到底，在岛上修筑防御工事。
浙江水师提督庞保成、福建水师提督汪国柱、广东水师提督瘳一胜带领船队绕到澎湖岛东面，登陆成功。
日本水师，郑芝龙水师则分别在北面和西面担任主攻。
战斗进行得极其惨烈，双方的死伤都很严重。
荷兰人腹背受敌，库恩虽然极力抵抗，但手下士兵已无心恋战。
在激烈的战斗中，郑芝龙率队突破了荷兰人的一道道防线，登上了澎湖岛，库恩慌乱之中，亲自上阵督战，却被一颗流弹擦伤。
此时，荷兰人的弹药即将告罄，军心大乱，库恩却仍然妄图凭借岛上攻势顽抗到底。
与此同时，葡萄牙人在巴达维亚港取得了决定性胜利，荷兰人失去大本营的命运已成定局。
消息传到澎湖，库恩深知无力回天，终于彻底绝望了，准备投降。
激烈的战斗中，日本水师出了大力，损失亦极惨重。
德川家光以此为由，要求与熊廷弼一起接受库恩投降，并且要分走荷兰人一半的战舰。
熊廷弼冷冷一笑。
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