克利奥帕特拉二世在公元前115年4月前去世，此时克利奥帕特拉三世成为政府中的主导力量。
托勒密九世被迫与其姊妹妻克利奥帕特拉四世（Cleopatra IV）离婚，克利奥帕特拉四世随后嫁给了她的堂兄、塞琉古国王安条克九世（Antiochus IX，统治时期115–95 BC），其母克利奥帕特拉·提亚（Cleopatra Thea）是克利奥帕特拉三世的姐妹。
安条克九世当时正与其同父异母兄弟安条克八世（Antiochus VIII，统治时期125–96 BC）交战，而安条克八世的妻子是克利奥帕特拉四世的姐姐特莱菲娜（Tryphaena）。
在前往与安条克九世会合的途中，克利奥帕特拉四世在塞浦路斯（Cyprus）停留，招募了一支军队并控制了塞浦路斯舰队，以支援安条克九世。
正因如此，在公元前114/113年，托勒密十世（Ptolemy X）自称为“塞浦路斯之王”（King of Cyprus），公开宣示对抗托勒密九世。
与此同时，托勒密九世迎娶了其妹妹克利奥帕特拉·塞勒涅（Cleopatra Selene），并很快与她生下一女贝勒尼基三世（Berenice III）。
克利奥帕特拉·塞勒涅并未与她的新丈夫共同担任共治者，这与传统做法有所不同。
在此期间的文献中，王室配偶为克利奥帕特拉三世和托勒密九世，他们被纳入托勒密王朝的宗教祭典中，作为“菲洛米特·索特神”（Theoi Philometores Soteres，即“爱母的救世神”）受到崇拜。
托勒密九世在安条克九世与安条克八世的冲突中支持安条克九世。
公元前114年，克利奥帕特拉四世被安条克八世的妻子特莱菲娜俘获并杀害，而安条克九世于公元前111年为此报复，杀死了特莱菲娜。
公元前109年，托勒密九世向安条克九世派遣了新部队，以协助他对抗哈斯蒙尼王朝（Hasmonean）的犹太统治者海卡努斯一世（Hyrcanus I）。
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公元前107年秋天，克利奥帕特拉三世与托勒密九世之间爆发了新的冲突。
保萨尼亚斯（Pausanias）称，克利奥帕特拉三世刺伤了她的一些太监仆人，并将他们展示给民众，作为其子试图刺杀她的证据，导致亚历山大的民众暴动并将托勒密九世逐出城外。
在这一事件发生时，托勒密十世（Ptolemy X）已离开塞浦路斯（Cyprus），航行至佩鲁修姆（Pelusium）。
克利奥帕特拉三世随后将他接至亚历山大，并将他立为自己的新共治者。
托勒密九世在逃离亚历山大时，将他的两个儿子留在了城内，同时也遗弃了克利奥帕特拉·塞勒涅（Cleopatra Selene），后者似乎已经与托勒密十世成婚。
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托勒密九世被逐出亚历山大后，前往塞浦路斯（Cyprus）岛。
那里，忠于克利奥帕特拉三世（Cleopatra III）和托勒密十世（Ptolemy X）的军队拒绝了他，迫使他撤退到塞琉西亚·皮埃里亚（Seleucia in Pieria）。
从那里，他于公元前106年再次发动对塞浦路斯的入侵，并成功征服了该岛。
最初，他控制了基伦奈（Cyrene），但在公元前105年之后，它似乎被他的同父异母兄弟托勒密·阿皮翁（Ptolemy Apion）控制。
阿皮翁通过发布遗嘱保护了自己的地位，遗嘱中规定如果他无嗣而死，所有领土将归罗马（Rome），这种方法常被希腊化时期的国王用来防止对手篡位或刺杀。
然而，阿皮翁实际上在公元前96年无嗣去世，意味着罗马继承了这些领土。
公元前103年，哈斯莫尼王朝的新国王亚历山大·雅纳乌斯（Alexander Jannaeus）率军征服了托勒梅斯·阿科（Ptolemais Akko）。
该城向托勒密九世求援，他赶来救援并迫使雅纳乌斯解除围城。
之后，他入侵加利利（Galilee），并在约旦河（River Jordan）附近的阿索丰（Asophon）战役中击败了雅纳乌斯，并在犹太（Judaea）肆意掠夺。
由于担心托勒密九世计划将犹太作为入侵埃及的跳板，克利奥帕特拉三世和托勒密十世自己也入侵了犹太。
托勒密十世先是通过海路入侵腓尼基（Phoenicia），然后向内陆进军至大马士革（Damascus），而克利奥帕特拉三世则围攻托勒梅斯·阿科。
托勒密九世试图绕过他们进入埃及，但托勒密十世及时赶回并阻止了他。
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