林羽与苏瑶再次回到天庭，天帝有感于他们虽身处高位仍心系凡间，特赐下神丹一枚，服下此丹可保凡间学堂永享太平。从此，学堂在神丹庇佑下愈发兴盛，林羽和苏瑶也安心在天庭履行护世济世之责，他们的传奇故事更加广为流传。数百年过去，林羽和苏瑶在天庭的功绩越来越多，威望日隆。一日，天庭忽现异动，一股来自混沌深处的黑暗力量悄悄渗透进来，不少天兵天将受到侵蚀，行为变得癫狂。天帝下令彻查此事，林羽和苏瑶主动请缨。
他们顺着气息追查，发现这股黑暗力量竟源于一个古老的邪恶存在，它企图吞噬天庭，进而统治三界。林羽和苏瑶深知此次危险重重，但毫不退缩。
他们四处寻找克制这股黑暗力量的方法，偶然得知天地初开之时遗留的圣物或许有用。历经千辛万苦找到圣物后，二人合力施展最强仙法，将圣物之力融入自身。
再战邪恶存在时，他们以圣物之力净化黑暗，经过一场惊心动魄的大战，终于将其消灭。经此一役，天庭恢复安宁，林羽和苏瑶成为天庭的英雄，他们的名字被镌刻在天庭最荣耀之处，永远被铭记敬仰。林羽和苏瑶成为天庭英雄之后，日子看似平静如水。然而，林羽却总感觉心中隐隐不安。
一日，他独自前往天池边静思。突然，池水中泛起奇异的涟漪，映出一些模糊的画面，似是预示着未来又有大难将至。林羽赶忙找来苏瑶一同查看。只见画面中，人间大地干裂，百姓流离失所，而天庭也是摇摇欲坠，仿佛有一种无形的力量正在抽取三界的生机。
两人决定再下凡间探寻一番。刚到人间，便感受到一股压抑的气息。原来之前的战斗虽平息了邪恶存在，但其残留的怨念汇聚成一种新的邪力，正悄无声息地腐蚀着天地根基。
林羽和苏瑶当即决定用自身的仙灵之气去滋养受损之地。他们走遍山川河流，每到一处便施法补救。随着仙灵之气不断消耗，他们身形渐虚，但看到天地逐渐恢复生机，脸上露出欣慰笑容，最后化作点点星芒消散在空中，他们用生命守护了三界。就在众人以为林羽和苏瑶彻底消失的时候，天空中突然降下祥瑞之光。光芒之中，竟缓缓浮现出两颗晶莹剔透的种子。这两颗种子散发着强大的生命力，它们随风飘落，一颗落在了天庭的神树之下，另一颗落入了人间的灵泉之中。
不久后，天庭的那颗种子生根发芽，长成了一棵散发着柔和光晕的小树。它释放出的能量慢慢修复着天庭曾经受到的创伤，并且增强着天庭的防护之力。
而人间的种子则成长为一朵巨大的莲花，莲花盛开之时，圣洁的光辉洒遍大地，干涸的土地变得肥沃，受灾的百姓也重新过上了安稳的生活。
人们都说，这是林羽和苏瑶的灵魂重生，他们即使牺牲了自己，也依然在守护着三界。从此，这棵树和这朵莲花成为了天庭与人间的守护圣物，每当有危机来临，它们都会释放出力量庇佑众生。然而百年之后，一场前所未有的黑暗再次笼罩三界。那股新生的黑暗力量似乎察觉到了两棵圣物的威胁，于是先派手下的魔物悄悄潜入天庭，意图摧毁那棵小树。但当魔物靠近小树时，却被一道强大的神力反弹回去。原来林羽和苏瑶虽化为圣物，却保留着一丝意识。他们感知到危险临近，提前唤醒了潜藏于圣物中的古老禁制。与此同时，人间的莲花也感应到天庭的危机，它将自身的部分灵力传送到天庭，加强了小树周围的防御结界。
但黑暗力量并未就此罢休，转而全力攻击人间。莲花绽放出更耀眼的光辉，抵御着一波又一波的魔物侵袭。关键时刻，天庭众神在小树神力的加持下降临人间，与众魔展开殊死搏斗。最终，在圣物的庇佑和众神的努力下，黑暗势力再次被击退，三界重归安宁，而林羽和苏瑶守护三界的传说也永远流传下去。岁月流转，千年已逝。三界在林羽和苏瑶圣物的守护下一直平平无事。然而，长久的安逸使天庭众神懈怠，人间也逐渐遗忘了曾经的苦难。
一日，一股神秘的力量悄然侵蚀圣物。原来是千年前黑暗力量残留的怨念汇聚成精，它暗中谋划多年，找到了圣物防御的漏洞。
天庭的小树率先遭受重创，其释放的能量开始紊乱。人间的莲花也随之动荡，光芒忽明忽暗。一时间，三界风云变色，灾难频发。
此时，人间一位少年降生，他天生灵觉敏锐，竟能感受到圣物的痛苦。少年名为晨宇，自幼便钻研古籍，探寻拯救之法。经过无数次尝试，他发现唯有以纯净心灵为引，结合世间生灵之力才能驱逐这股邪恶力量。
晨宇奔走于三界之间，劝说各方放下成见齐心合力。终于，在众人共同努力下，生灵之力汇聚成强大的洪流冲向邪恶力量。怨念精魄不堪一击，彻底消散。圣物恢复生机，三界再度迎来和平，晨宇之名也被铭记史册。
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