在绿林起义军发展过程中，西汉宗室刘玄被起义军拥立为帝，年号更始。刘玄被立为帝后，绿林军在名义上成为了“汉军”，他们打着恢复汉室的旗号，进一步扩大了政治影响力，吸引了更多的人加入到起义队伍中来。更始政权建立后，绿林军兵分多路，展开了更大规模的军事行动。其中，王匡、王凤等率领主力部队向北进攻洛阳，申屠建、李松等则率领另一路部队向西进攻长安。在进攻洛阳的战斗中，绿林军与王莽军展开了激烈的争夺，经过多次战斗，终于攻克了洛阳，随后继续向长安进军。与此同时，向西进攻长安的绿林军也进展顺利，他们沿途击败了王莽军的抵抗，逼近长安。公元 23 年，绿林军攻入长安，王莽在混乱中被杀，新朝覆灭。
然而，更始政权建立后，内部矛盾逐渐凸显。刘玄本人缺乏政治才能和领导能力，他无法有效地控制绿林军内部的各个派系，导致将领们之间争权夺利，矛盾重重。例如，在长安城中，将领们为了争夺地盘和财富，相互争斗，甚至发生了武力冲突。同时，更始政权在对待赤眉军的问题上也出现了严重失误。起初，赤眉军曾表示愿意与更始政权合作，但刘玄等人对赤眉军心存疑虑，拒绝了他们的合作请求，并试图对赤眉军进行分化瓦解。这一举动激怒了赤眉军，他们决定与更始政权决裂，转而向西进军，攻打长安。
公元 25 年，赤眉军在樊崇的率领下，攻入长安，推翻了更始政权。刘玄被迫投降，后被赤眉军处死。赤眉军进入长安后，虽然掌握了政权，但他们也面临着诸多问题。由于缺乏政治治理经验，赤眉军无法有效地组织生产、恢复社会秩序，长安城中粮食短缺，物价飞涨，百姓生活困苦不堪。同时，赤眉军内部也开始出现分裂和混乱，将领们为了争夺权力和财富，相互争斗，军队纪律松弛，战斗力下降。在这种情况下，赤眉军在长安的统治并不稳固，他们不得不四处寻找出路。
在绿林、赤眉起义军相互争斗、内部混乱的同时，刘秀在河北地区逐渐崛起。刘秀是西汉宗室成员，他为人谨慎、机智勇敢，具有卓越的政治才能和军事指挥能力。刘秀在河北地区得到了当地豪强地主和官僚的支持，他以恢复汉室为号召，组建了一支强大的军队，开始了自己的统一大业。刘秀首先在河北地区击败了王郎等割据势力，巩固了自己的根据地。随后，他又陆续收编了一些农民起义军和地方武装力量，进一步壮大了自己的实力。公元 25 年，刘秀在鄗城（今河北柏乡北）称帝，年号建武，建立了东汉政权。
刘秀建立东汉政权后，将主要精力放在了统一全国的战争上。他首先将矛头对准了赤眉军，采取了一系列战略战术，对赤眉军进行围剿。刘秀利用赤眉军在长安城中的困境，派军在赤眉军东归的路上设伏，多次击败赤眉军。公元 27 年，赤眉军在宜阳（今河南宜阳西）陷入刘秀军队的重重包围，樊崇等人被迫投降。刘秀对赤眉军将领进行了妥善安置，将他们分散到各地，使其无法再形成威胁。在击败赤眉军后，刘秀又陆续消灭了其他割据势力，如刘永、张步、公孙述等，经过多年的战争，终于实现了全国的统一，建立了一个相对稳定的东汉王朝。
绿林赤眉起义是西汉末年一场大规模的农民起义运动，它反映了当时社会矛盾的激化和人民对美好生活的渴望。起义军在初期以反抗官府压迫、争取生存权利为主要目标，得到了广大贫苦百姓的支持与拥护，他们的斗争精神和英勇事迹值得肯定。然而，由于农民阶级自身的局限性，如缺乏政治远见、组织纪律性不够强、内部容易产生矛盾等，使得起义军在取得一定胜利后，无法有效地建立起稳定的政权，最终导致了失败。而刘秀则在起义军的混战中抓住机遇，凭借着自己的才能和智慧，建立了东汉王朝，实现了全国的统一，开启了中国历史上又一个新的时代。绿林赤眉起义作为中国古代历史上重要的农民起义事件，对研究当时的社会状况、农民运动的发展规律以及封建王朝的兴衰更替都具有重要的意义。
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