冲突长达十年：
在数年前，人类从梦幻的基因中克隆出超梦，超梦逃脱了人类的控制并破坏了红莲镇上的宝可梦屋。不久之后，红莲镇的火山喷发破坏了岛上的许多区域。在现代时期，秋叶原博士创造了第一只人造宝可梦多边兽。另外熔岩队和海洋队的老大唤醒了固拉多与盖欧卡并使它们再度交战，又再度被烈空坐平息。
在现代，由于环境的异常变化，神奥地区开始变得寒冷。邪恶组织银河队使用红色锁链使湖之众神召唤出了帝牙卢卡，帕路奇亚和骑拉帝纳。由于主角的干涉，银河队的计划没有得逞。那时在天冠山顶出现了一个时空裂缝，也是毁坏的世界的入口。骑拉帝纳和银河队老大赤日进入了毁坏的世界，之后这个入口的关闭让神奥地区恢复了平和。
在近年，以Ｎ为首的等离子队在合众地区活动。魁奇思以合众的建国传说四处游说，表面上是想解放宝可梦，实际上在酝酿更大的阴谋。而Ｎ则为他的理想捕捉了捷克罗姆或莱希拉姆，当击败冠军阿戴克后，主角在各个道馆馆主的帮助下，唤醒了另一条龙宝可梦在Ｎ的城堡及时阻止了Ｎ，但Ｎ幕后的魁奇思露出了他的真面目。由于主角的活跃，逮捕了魁奇思，Ｎ乘着捷克罗姆/莱希拉姆飞走。国际刑警官员帅哥在主角的帮助，逮捕了等离子队余党，合众地区的风波被平定。2年后，等离子队分裂成两派。魁奇思带领等离子队企图用酋雷姆的力量冻结合众地区，后来被主角及Ｎ阻止。魁奇思却让酋雷姆和捷克罗姆／莱希拉姆 合体。最后，酋雷姆被主角制服，合众地区免于受到危机。
就在这段时间里，卡洛斯地区的闪焰队打算使用“最终兵器”改变这个世界。因而唤醒了哲尔尼亚斯X／伊裴尔塔尔Y。主角制服了它们以后，卡洛斯地区3000年前的国王ＡＺ的后代，闪焰队老大弗拉达利使用能进行超级进化的宝可梦打算阻止主角离开闪焰队秘密基地。最后，主角成为冠军，回到密阿雷市接受表扬。ＡＺ与花叶蒂再次相遇。卡洛斯地区脱离了危险。
近年，以太基金会理事长露莎米奈为收集究极异兽，她通过一系列手段打开了究极空间，但是她的女儿莉莉艾和儿子格拉吉欧都离她而去。之后以太基金会分部长扎奥博邀请了主角和哈乌来到以太乐园，在他们与露莎米奈一同见到了ＵＢ01：寄生物，之后乘势绑架了莉莉艾。在主角和哈乌解救出莉莉艾后，主角和莉莉艾前往到波尼岛，让小星云进化为索尔迦雷欧S／露奈雅拉M，并进入究极空间让露莎米奈迷途知返。在打败了露莎米奈后，露莎米奈理解了莉莉艾的感受。主角一行人乘坐索尔迦雷欧S／露奈雅拉M返回到阿罗拉地区。
若干年后，伽勒尔联盟的会长洛兹使用一系列手段唤醒了无极汰那，并称要“保护伽勒尔地区的未来”而获取无尽能源。后来，主角一行人来到了微寐森林并找到了腐朽的剑和盾。主角与赫普随即赶往拳关竞技场并来到了地下工厂中。主角遇到了洛兹并与他对战，洛兹在战败后阐述了他的理由。在拳关竞技场塔顶，丹帝试图使用精灵球捕捉无极汰那，可惜并未成功。这时，主角与赫普挺身而出，但他们的攻击对无极巨化后的无极汰那没有效果。此时，他们想起了腐朽的剑和盾，并拿出了它们，苍响和藏玛然特出现并与两人共同作战，最后成功击败了无极汰那。最后，主角在微寐森林再次与苍响/藏玛然特相见，并让伽勒尔也恢复了和平。
在这之后，帕底亚地区的派帕为了寻找自己长期不露面的母亲奥琳博士／父亲弗图博士，与几名同学：主角、妮莫和牡丹前往帕底亚巨坑，在第零区内发现了被封锁的悖谬宝可梦。众人在第零区深处的零区研究所，惊讶地发现之前的博士是AI机器人的事实，真正的博士已经在一年半前因第4观测站发生的事故过世了。博士AI请求众人帮忙关闭能够捕捉不同时间线的宝可梦并将它们呼唤到现代来的时光机，以制止悖谬宝可梦再度被召唤而影响帕底亚地区的生态，但关闭时光机的同时博士AI会因保卫时光机的程序而进入战斗模式。在主角击败了博士AI之后，乐园防卫程序又接管了博士AI以阻止时光机的关闭，并封锁了众人的精灵球，放出了另一只故勒顿／密勒顿，千钧一发之际主角的故勒顿／密勒顿与乐园防御程序展开对战，最终恢复正常的AI一方面为了关闭时光机，另一方面也为了实现博士的遗愿，决定通过时光机前往古代／未来。
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