就在张宏范到达平户，与伯颜商议下一步进军之事时，北条大军终于开始行动了。
鉴于天皇在京都集结大军，北条等人虽然不断派人打听，但是也没有查探到天皇的真实用意，即便天皇军队是来支援他们的，但是一旦天皇军队加入，战争甚至军队的指挥权就很难说了，而军队的效忠，正是武家政权统治甚至存在的根基。
出于这种考虑，尽管日莲法师一再要求镰仓方面向天皇称臣，哪怕是暂时或表面上的，以便集结一切力量抗元，北条倒是犹豫过，但是将领们基于当年“承久之乱”的教训，坚决不同意臣服天皇，几个别当和大番役甚至声泪俱下的讲述当年北条政子对武士们的告诫，北条只好作罢。
其实，这种担心也并非没有道理，后醍醐天皇的确准备利用这个时机把大权从幕府那里夺回，至于元寇，在京都看来，一旦整合了武家“御家武士”的力量，加上自己的皇军、护军、僧兵和效忠天皇的各藩的藩兵，足以把元寇赶走，或者至少取得一个不错的议和协议。
军政不能整合，甚至在元军到来时矛盾愈发激烈，水师更是不能一体作战，原时空里的“神风”没有出现，这个岛国顿时陷入危机之中，但是，由于其民骁勇好斗，民风政风都崇尚武力，跟弱宋完全不同，加上85%以上的国土都是山地，元军想征服这种国家，也并不容易。
由于对京都的不放心，集结在镰仓和京都附近的9万御家武士和十余万藩兵、足轻只派出了不到三分之二前往出云和备后，其余的大部分仍布防在京都周围。
日莲法师见状，长叹一声，他似乎预感到什么，他是被灭国之人，当然非常清楚元军的实力和蒙元中的杰出人物的本事，但他也不想再逃。
正好此时天皇侍臣找到他，因为后醍醐天皇是深信朱子之学的人，日莲当然精通朱子之学，同时他又了解元寇的情况和幕府的情况，是京都方面极为重视的人。
如今见北条不听日莲法师之言，法师与幕府渐行渐远，马上派人与法师接洽，在侍臣拿出天皇手书，尊日莲为国师的手诏后，日莲也不是迂腐之人，他已经看出在这场卫倭国战争中，幕府众人由于过于僵硬，必将以失败告终。
能驱除元寇的，只有天皇，他稍微思考了一下，提了几个条件，在得到天皇的应允后，他带上数十跟他一起从南宋逃出的文人僧侣，在数百护卫的保卫下，以探查京都动向为由，投奔了后醍醐天皇。
5万御家武士和8万足轻以及信浓和上野的各1万藩兵，共15万人带着大量粮草辎重，缓缓向本州南部进发。
忻都已经接到伯颜的命令，带着人昼夜兼程向长门进发，他留下5000人协防赤坂（此时赤坂的守卫者仅剩不足2000人），随即跟洪茶丘一起带兵赶往出云，跟金方庆汇合。
金方庆派了5000人回防赤坂后，以剩下的丽军沿和歌山布设了2道防线，另有3000签军守卫南部防线，洪茶丘仍然留下4000签军和1000丽军布防长门、石见和周防，赤坂城还留下的不到2000人全部交给忽都手下的一个总管统一指挥。
在忻都的建议下，忻都、洪茶丘决心从石见、周防两路出兵北上，这样，必须拿下安艺，小小的安艺已经感觉到了不对，但是，此时能给他支援的只有备后，可是备后正受到金方庆的猛攻。
安艺藩主能做的，只能是带着少数护卫跑到备后，但是，很快金方庆在忽都的支援下，占领了备后，这2位藩主，只能继续逃命。
安艺、备后2藩的拿下，对改善元军的防御态势，起了极大的作用，不过，忽都此时完全被胜利冲昏了头脑，他不顾幕府大军已经快赶到伯暨和美作，坚持要翻越海拔达2000多米的和歌山主峰，向伯暨和备中发起进攻。
伯暨和备中是拿下来了，但是幕府的大军也到了美作，幕府集结了沿路6个忠于幕府的藩的藩兵4万人，共有5万御家武士、8万足轻和6万藩兵（包括信浓和上野的各藩兵），幕府总兵力达19万之众，不过有4万足轻是背负后勤辎重的，没法上前线。
尽管如此，幕府军仍达15万之众，而元军只有忻都的3万人和洪茶丘、金方庆的2万丽军，其余还有些部队，要么在防守赤坂城，要么分散驻扎在长门、周防、安艺、石见、备后、出云、备中和伯暨8藩的一些要点上，海滩边也一直留有一支岸防部队。
这样在美作前线，双方兵力对比是3比1，虽然元军装备精良、训练有素、擅长阵型又善于集中兵力作战，但是面对悬殊的兵力对比，以及明显不利于阵型作战和集兵作战的和歌山山川地形，元军打的非常吃力。
日本的地形，85%都是山川，但是又跟大陆上不太一样，火山喷发形成的地貌特征，造成山脉很少有完整走向的，常常一会山地，一会坡地，一会河流，一会平地，这种地形倒是很适合那种凭个人武力好勇斗狠的所谓武士们，但是对大军展开作战却很是不利。
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