闰五月，得到兰州失陷的消息，赶忙带着厅内几百守军退回西宁，并且求援凉州府，尽管得到凉州府支援，但城中兵马也就一万多点，不敢轻易出城。
而苏四十三的三万大军，以缴获的火器装备凑齐了超过万余火器营，一万骑兵，一万步兵，随军携带火炮二十门，大多数都是弓马娴熟，精于战斗。
苏四十三带着大军每日行军二十里，一路上整军训练，互相磨合，等到西宁城下，一路行军四百余里，大军也能暂时进行简单指挥。
六月初一抵达西宁，休息一日，便出兵进攻，全军三面围攻，同时发挥各个营官的主观能动性，缓慢进攻。
全军各种战术频出，让守军官兵疲于应付，士气逐渐低迷。
幸好西北各军经常遇到民乱，战力保存良好，一直坚守了十余天才被攻破。
此战授予两名参将，马步景，孙从云，皆是新教信徒大户家的子嗣，自小熟读书法兵略，兰州一战崭露头角，升任守备，这次更是带着各自的守备攻陷东西两面城墙，为先登，连升两级。
苏四十三留下马步景在西宁驻守，宣扬教义，并留下一万起义军老兵，让马步景再简练兵马两万，守御西北。
苏四十三带着剩余一万七千多人回转兰州，此一去，近三千人留在西宁城下。
而在兰州西北，沿着长城，数百里地域的数十军堡也全部被拿下，庄浪厅驻守的数百官兵一击即溃，新教占领兰州至庄浪厅两百余里的长城。
到六月初，兰州城南北西三个方向数百里全部握在手里，西北多出一个震惊四方的造反团体。
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