在解决掉神秘势力留下的特殊能源后，主角又开始了他的日常巡逻之旅。有一天，他路过一个偏远的小行星群落，突然检测到了一丝若有若无的求救信号。等他赶到的时候，发现是一艘出了事故的小型科考船，船上的科学家们一个个都已经快不行啦。主角赶紧把他们带回安全的地方进行治疗。在聊天中，主角了解到，他们在探索的时候发现了一个神秘的遗迹，结果一进去就遭到了莫名其妙的攻击。主角心里犯起了嘀咕，觉得这件事情可能跟之前的神秘势力有点关系。
于是，他跟着科考队来到了遗迹的入口。一进去，里面就弥漫着奇异的光芒，还有错综复杂的迷宫通道。走着走着，主角突然发现墙上的标记看着有点眼熟，果然跟神秘势力有关。就在这时，前方突然冒出来一个超级大的幻影，还大言不惭地说要让神秘势力复活。主角可一点都不害怕，他不慌不忙地利用周围的环境跟幻影周旋起来。他发现幻影的能量来源是遗迹中央的能量柱。主角二话不说，冒着生命危险就冲向了能量柱。一路上，他可是过五关斩六将，克服了好多好多的机关陷阱。最后，终于成功地破坏了能量柱，幻影也一下子就消失不见了。主角又一次成功地阻止了神秘势力的阴谋，然后开开心心地继续踏上了守护宇宙和平的道路。
主角继续前行，本以为危机已经解除，然而在经过一段狭窄通道时，脚下突然开启一道暗门，主角猝不及防地坠落下去。幸运的是，下方是一片柔软的沙地，并没有受伤。他站起身来，发现身处一个封闭的密室之中，四周墙壁上刻满了古老的符文。
正当主角研究符文之时，密室中响起一阵低沉的声音：“你以为这样就能阻止我们吗？这不过是小小挫折。”随后，一道光线从角落射出，凝聚成一个全新的幻影，模样竟和主角一模一样。
假主角冷笑道：“我会取代你，成为这片宇宙的主宰。”真主角一惊，但很快冷静下来，他发现假主角动作略显僵硬。他想到之前看到的符文或许有用，于是一边躲避攻击，一边解读符文。终于，他找到了破解之法，按照符文指示，调动自身能量发出一道强光，假主角瞬间消散。主角松了口气，看来神秘势力还留了不少后手，但他坚信自己定能一次次化解危机，守护宇宙和平。
主角刚松口气准备寻找出口离开密室，却听到一阵机械运转声。只见密室一侧缓缓打开一扇石门，门内透出幽蓝的光。主角谨慎地靠近，进入石门后发现里面是一间摆满各种奇怪仪器的房间。
房间中间悬浮着一颗散发着暗光的球体。主角正疑惑时，那低沉声音再次响起：“这是记忆干扰球，只要启动它，整个宇宙都会陷入混乱。”主角意识到必须阻止，他小心地走向球体。
突然，地面弹出许多尖刺向他射来。主角灵活地躲避，同时用武器摧毁一些尖刺。当接近球体时，他伸出手试图破坏，却被一股力量弹开。主角思考片刻，调动全身力量形成护盾包裹双手再去触碰球体。这次成功抓住球体并用力捏碎，那声音痛苦地咆哮一声后消失不见。
主角知道暂时挫败了神秘势力的计划，他顺利找到出口离开了遗迹，心中坚定信念，继续踏上充满未知挑战但一定要守护宇宙和平的征程。
主角继续在宇宙中巡逻，几日过后，他接到来自总部的紧急消息，多个星球上出现了异常现象。到达第一个星球时，他发现这里的生物全都陷入沉睡，而天空中隐隐有着神秘的波动。顺着波动追查，他来到一处山谷。谷中有一座巨大的装置，不断释放着催眠电波。主角尝试破坏装置，却遭遇强大的防御屏障。
正在苦思对策之际，他发现旁边有一个控制台，上面有着一些熟悉的符号，像是之前在遗迹中见过的符文。主角仔细回忆符文的意义，试着操作控制台。经过几次尝试，他成功关闭了防御屏障，并迅速摧毁了催眠装置。
随着装置的毁坏，星球上的生物逐渐苏醒。主角明白，这肯定又是神秘势力的杰作。他马不停蹄赶往下一个受灾星球，心中下定决心，不管神秘势力还有多少阴谋诡计，他都要一一破解，坚决扞卫宇宙的和平。
到达下一个受灾星球后，主角发现这个星球的海洋无故干涸，陆地也布满裂痕。沿着干裂的大地追踪线索，主角察觉到一股强烈的能量波动源自地心深处。
主角冒险潜入地下，在地心处发现一个巨大的聚能阵。阵中心有一块闪耀着诡异光芒的晶体，它正疯狂吸取着地核能量。主角试图靠近时，周围涌出无数机械傀儡阻拦。
主角与傀儡激战，逐渐摸清它们行动规律，巧妙避开攻击靠近聚能阵。他发现晶体与阵体连接部分是弱点，便集中火力攻击此处。
就在即将击破之时，神秘势力的声音传来：“即使你阻止了这一切，我们还有最后的王牌。”主角不为所动，成功击碎晶体。
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