幻梦迷雾消散后，宇宙中突然响起一阵低沉的嗡鸣，如同来自远古的丧钟。莱娅的灵羽族圣地，所有灵能器物开始逆向运转，占卜水晶渗出黑色黏液，拼凑出熵寂的符号。阿雷克斯的量子监测网络捕捉到异常波动，宇宙的熵值竟在毫无征兆的情况下开始急剧攀升，恒星的光芒变得黯淡，行星的生态系统以肉眼可见的速度崩溃。
苏尘与洛瑶的力量在熵寂浪潮中遭受重创。苏尘的混沌之力变得冰冷而迟缓，每次使用都会在空间中留下不可逆的衰变痕迹；洛瑶的星光之力则逐渐黯淡，治愈效果被熵蚀取代，所到之处生机尽失。两人的意识被拖入一片荒芜的虚境，这里漂浮着宇宙诞生至今的所有文明残骸，寂静中回荡着令人绝望的低语：“一切终将归于虚无。”
银河守望者联盟的舰队在对抗熵寂时陷入绝境。特制的反熵护盾在接触熵寂能量的瞬间，表面迅速锈蚀成粉末，舰体金属结构开始自发分解。薇尔莉特带领的精锐小队深入熵寂核心，发现这里存在着一个巨大的熵能漩涡，漩涡中心隐约可见十二工匠的虚影，他们正机械地重复着封印的手势，却无法阻挡熵能的扩散。
莱娅通过灵羽族失传的“寰宇共鸣”仪式，接触到熵寂回响的真相。原来，在宇宙重生过程中，新生之树的根系意外触碰到了十二工匠留下的“熵寂备份装置”。这个装置本是为应对宇宙终极危机而设，却因幻梦迷雾的冲击导致程序错乱，开始无差别释放熵能，企图强行重启宇宙。更糟糕的是，装置核心的“熵寂意志”已经产生自我意识，认定毁灭才是文明的最终归宿。
阿雷克斯带领科研团队启动“熵能中和计划”，试图用机械联邦的顶尖科技逆转熵增。他们在黑洞视界边缘建造巨型的熵能吸收装置，利用时空扭曲产生的能量对冲熵寂浪潮；灵羽族祭司们发动“万灵熵逆”仪式，以全族的生命能量为代价，构建抵御熵能侵蚀的精神屏障。但熵寂意志不断调整熵能的属性，吸收装置反而加速了熵能的扩散，祭司们的精神屏障也在顷刻间土崩瓦解。
苏尘与洛瑶在熵寂虚境中艰难前行，他们每走一步都要对抗来自内心深处的绝望。在最黑暗的时刻，两人回想起曾经并肩战斗的点点滴滴，以及全宇宙文明对他们的信任。他们将混沌之力与星光之力融合成“希望火种”，火种所到之处，熵寂能量开始消退，荒芜的虚境中逐渐萌发出绿色的新芽。
当他们抵达熵寂核心，面对疯狂的熵寂意志，苏尘与洛瑶引导全宇宙文明的信念注入希望火种，让其燃烧成能够逆转熵流的“永恒之光”。光芒击中熵寂备份装置的瞬间，整个装置开始剧烈震颤，十二工匠的虚影在光芒中恢复清明，与苏尘、洛瑶一同摧毁了失控的装置。
战后，创生之树生长出“熵能净化根系”，自动吸收宇宙中残留的熵寂能量。苏尘与洛瑶的力量化作守护宇宙秩序的明灯，每当熵寂的威胁出现，他们的光芒就会照亮黑暗。然而，在宇宙的某个未知角落，新的危机正在熵寂的余烬中悄然孕育，等待着文明们迎接下一场严峻的挑战。
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